New Cellularand Molecular Biotechnology Journal

fa کاهش بیان ژن‌های دخیل در سنتز کراتین در بیماران مبتلا به لیشمانیوز جلدی Decreased expression of genes involved in keratin synthesis in patients with cutaneous leishmaniasis فیزیولوژی Physiology مقاله پژوهشی Research Article سابقه و هدف: در بسیاری از کشورها، از جمله ایران، لیشمانیوز جلدی یک بیماری شایع و در حال افزایش است. درمان مناسب و سریع بسیاری از این بیماران، بعلت عدم آشنایی کافی با عواملی که در پاتوژنز لیشمانیوز جلدی نقش دارند، بسیار مشکل است. با استفاده از روشهای توالییابی RNA با کارایی بالا و بررسی نحوه بیان ژنهای مختلف در بافتهای گوناگون، افق جدیدی بر روی شناسایی عوامل پاتوژنز بیماریها و بدست آوردن روشهای درمانی جدید باز شده است. مواد و روشها: این مطالعه در دو بخش بیوانفورماتیکی و بالینی انجام شد. مرحله اول تحقیق بر روی دیتای GSE127831  از سایت NCBI انجام گرفت. بعد از فیلتراسیونهای اولیه،  آنالیز های DGEs و  Gene Ontology  بر روی ژنهای بدست آمده انجام گرفت. در بخش بالینی، میزان بیان نسبی ژنهای منتخب در مرحله قبلی در 27 نمونه پوستی حاصل از اطراف زخم لیشمانیوز و 12 نمونه سالم پوست، بروش qPCR ، اندازهگیری شد. یافتهها: آنالیزهای بیوانفورماتیکی نشان میدهد فعالیت عمده یکصد ژن اول از لیست ژنهایی که بیشترین کاهش بیان را در زخم های لیشمانیوز دارند مربوط به ژن های کد کننده انواع پروتیین های کراتین میباشد و مسیر ژنتیکی " تشکیل فیلامانهای داخل بافتی" بیشتر از همه تحت تاثیر قرار میگیرد. تعداد زیادی از ژنهای فعال در ساخت کراتین، کاهش بیان شدید و معنی داری در طی  لیشمانیوز جلدی پیدا میکنند. اندازه گیری سطح بیان ژنهای  KRTAP11-1  و KRT33B و KRT85 و KRT35 و KRT86  و KRT81  که بیشترین کاهش را در مرحله بیوانفورماتیک نشان داده بودند نشان دهنده هماهنگی نتایج مراحل بیوانفورماتیکی و بالینی میباشد. هر چند مقدار کاهش بیان در نمونههای ما کمتر بود. نتیجه گیری:  یکی از علل اصلی ایجاد زخمهای دیر بهبود یابنده در لیشمانیوز پوستی کاهش بیان گروه خاصی از ژنها میباشد که مسئول تولید کراتین میباشند. کراتین مولکولی مهم در ساخت و نگهداری از بافت اپیتلیال و پوست میباشد.   Aim and Background: In many countries, including Iran, cutaneous leishmaniasis is a common and increasing disease. Proper and quick treatment of many of these patients is very difficult due to insufficient familiarity with the factors that play a role in the pathogenesis of cutaneous leishmaniasis. By using high-performance RNA sequencing methods and investigating the expression of different genes in different tissues, a new horizon has been opened on the identification of disease pathogenesis factors and obtaining new treatment methods. Material and Methods: This investigation was divided into two phases. Data from the NCBI website, "GSE127831" were used for the bioinformatics analysis. We conducted investigations of Gene Ontology and Differential Gene Expression. In the clinical investigation, we used qPCR to assess the expression of the genes identified in the previous stage in 27 skin samples taken from wounds caused by cutaneous leishmaniasis and 12 healthy skin samples. Results: According to our bioinformatics investigations, the first 100 genes with the highest drop in expression in leishmaniasis wounds are mostly involved in the production of different keratin proteins. They are mostly involved in "Intermediate Filaments Organization". The qPCR test showed that the expression of KRTAP11-1, KRT33B, KRT85, KRT35, KRT86, and KRT81 genes was greatly reduced. It shows the coordination of the results of bioinformatics and laboratory stages. Conclusion: The downregulation of a specific set of genes involved in keratin formation is one of the key factors contributing to the poor healing of wounds in cutaneous leishmaniasis. keratin is a crucial chemical in developing and maintaining epithelial tissue and skin.   آنالیز بیوانفورماتیک , آنالیز بیان افتراقی ژنها, آنالیز هستی شناسی ژن, لیشمانیوز جلدی, کراتین, Iau Science Bioinformatics Analysis, Differential gene expression analysis, Gene Ontology Analysis, Cutaneous leishmaniasis, Keratin, Iau Science. 83 92 http://ncmbjpiau.ir/browse.php?a_code=A-10-1925-2&slc_lang=fa&sid=1 Kavoos Momeni کاووس مومنی 100319475328460014787 100319475328460014787 No Saeid Ghorbian سعید قربیان ghorbian20@gmail.com 100319475328460014788 100319475328460014788 Yes Department of Molecular Genetics, Ahar Branch, Islamic Azad University, Ahar, Iran گروه ژنتیک مولکولی، واحد اهر، دانشگاه آزاد اسلامی، اهر، ایران Ehsan Ahmadpour احسان احمدپور 100319475328460014789 100319475328460014789 No Rasoul Sharifi رسول شریفی 100319475328460014790 100319475328460014790 No