RNA interference(RNAi) در فرآیند خاموشی ژن نقش دارد که منشاء آنDouble–stranded RNA  (dsRNA)

می باشد. معمولاً در انواع مختلف سلول ها dsRNA از24-21 نوکلئوتید تشکیل شده که Small interference RNA (siRNA) نامیده می شود و با هدایت RNA-induced silencing complex (RISC) ،mRNA هدف شناسایی و شکسته می شود.  siRNA فعال کننده قوی سیستم ایمنی اولیه است که می تواند بیان سایتوکاین ها و اینترفرون ها را با مقدار زیاد القا نماید. Toll like receptor (TLR) اولین خط دفاعی سیستم ایمنی ذاتی است که بیان ژن های زیادی را در سلول میانجی گری می کند. برهم کنش siRNA در داخل سیتوپلاسم توسط حسگرهای RNA از قبیل: ( (Retinoic-acid Inducible Gene-IRIG-I ،(PKR) RNA-Activated protein kinase R، (IRF) Interferon Regulatory Factor و`2`-5 الیگو آدنیلات سنتتاز(2`-5`OAS) انجام می گیرد. با ایجاد تغییراتی در اسیدهای نوکلئیک و نوکلئوتیدهای انتهایی و آویزان در siRNA می توان نیمه عمر  siRNAها را افزایش داد. در این مقاله درباره خاموشی ژن توسط RNAi و پاسخ ایمنی حاصل از siRNA توضیح داده می شود.