New Cellularand Molecular Biotechnology Journal

fa بررسی مکانیسم های مهاری پروتئین های Spike، Protease اصلی و Papain like protease در کرونا ویروس با استفاده از شبیه سازی و داکینگ Investigation of Molecular Mechanisms in Inhibiting the Function of Spike, Main Protease and Papain Like Protease in Coronavirus Using Simulation and Docking سلولی و مولکولی Cellular and molecular مقاله پژوهشی Research Article سابقه و هدف: آسم یکی از شایع ترین بیماری مزمن دوران کودکی است که که باعث مراجعه مکرر آنها به بیمارستان و غیبت از مدرسه می شود. در این مطالعه به تعیین اثر درمانی افزودن پروبیوتیک به درمان استاندارد در کودکان مبتلا به آسم خفیف تا متوسط پرداخته شد. مواد و روش ها: این مطالعه کارآزمایی بالینی دو سوکور بر روی120 بیمار 3 تا 8 ساله مبتلا به آسم خفیف تا متوسط مراجعه کننده به درمانگاه تخصصی اطفال بیمارستان حشمتیه سبزوار صورت گرفت. بیماران با روش نمونه گیری تصادفی ساده بر اساس بلوکی جایگشتی در دو گروه مداخله و کنترل قرار گرفتند و قطره های پروبیوتیک و پلاسبو به مدت دو ماه در اختیار آنها قرار گرفت و نحوه استفاده صحیح آموزش داده شد. در انتهای ماه دوم پرسشنامه استاندارد تست کنترل آسم (ACT) توسط پژوهشگر تکمیل شد. داده های گردآوری شده با استفاده از نرم افزار SPSS19 تحلیل شد. یافته ها: در بررسی پیامدها به دنبال افزودن پروبیوتیک ها به درمان استاندارد به مدت دو ماه در این بیماران، تغییر معنی دار آماری درکنترل آسم (کنترل نسبی و عدم کنترل) بین دو گروه مشاهده نشد (05/0<P). نتیجه گیری: با توجه به نتایج این مطالعه و عدم ایجاد تأثیر معنی دار آماری بین دو گروه مداخله و کنترل اضافه کردن پروبیوتیک ها به درمان استاندارد آسم درکودکان مبتلا به آسم خفیف تا متوسط پیشنهاد نمی شود. Aim and Backgrounds: Coronavirus is the causative agent of COVID-19 infectious pneumonia, which was introduced by the World Health Organization in 2020 as a global epidemic. Due to the fact that its inhibitory mechanisms have not been well understood so far, in this article we decided to investigate the inhibitory mechanisms of Spike, Main Protease and Papain-like protease proteins in the coronavirus. Materials and methods: In the present study, all calculations were performed by AutoDock 4.2 (2013), AutoDockTools 4.2 (2013) and Cluspro2.0 (2017). Lamarck's genetic algorithm was used to search for protein levels, and 200 were performed in each of the docking models. Finally, the interaction of protein binding and inhibitor compounds and hydrogen and hydrophobic binding was calculated by Poseview and DIMPLOT software.   Results: The interaction study showed that the amino acids His163, His164, Gln189, Glu166, Cys145 and Phe140 play a key role in the inhibitory interaction of GC-376 with Mpro protein due to hydrogen bonds. Also, the study of the binding energy of the inhibitor compound to the protein shows that this compound is attached to the inhibitor with a binding energy of -6.36 kcal / mol. The docking results of PLpro complex showed that the amino acids Tyr268, Gln269, and Asp164 play a key role in the interaction of GRL0617 inhibitor with PLpro protein due to hydrogen bonds and the binding energy of the inhibitor compound to PLpro protein was -9.69. Finally, the study of the interactions of Spike protein and LCB1 peptide using Cluspro and DIMPLOT software showed that there are several hydrophobic and polar interactions between different amino acids of these two compounds, the most important of which can be He noted the interaction of the amino acid Tyr489 in the Spike protein with the amino acids Leu6 and Gln7 in the inhibitory peptide.   Conclusion: The results of this study showed that the inhibitory compounds presented in this article can well inhibit vital proteins important in coronavirus due to polar and hydrophobic interactions. کرونا ویروس, پروتئاز اصلی, پروتئین Spike, پروتئین Papain like protease. , IAU science. Coronavirus, the main Protease protein, Spike protein, Papain like protease protein., IAU science. 17 28 http://ncmbjpiau.ir/browse.php?a_code=A-10-1315-12&slc_lang=fa&sid=1 سیمین بهمن‌پور 100319475328460012425 100319475328460012425 Yes گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران نوشا ضیاء جهرمی Nooshazia.59@gmail.com 100319475328460012426 100319475328460012426 No