fa بررسی تغییرهای تکاملی اسیدهای چرب و پروتئین‌های ذخیره‌ای در سه گونه Brassica با روش ژنومیکس مقایسه‌ای ژنتیک Genetics مقاله پژوهشی Research Article <strong><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:16.0pt;">سابقه و هدف:</span></span></strong> <em><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">Brassica napus</span></span></span></em> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;">دارای یکی از مهمترین محصولات روغنی در جهان است که به دنبال هیبریداسیون بین گونه‌ای </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">Brassica rapa</span></span></span></em><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;"> و </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">Brassica oleracea</span></span></span></em><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;">، تحت بازسازی گسترده ژنوم قرار گرفته است. به منظور درک تغییرات کارکردی ژنوم </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">B. napus</span></span></span></em><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;"> در طی تکامل، مقایسه بیان ژن در سه گونه </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">Brassica</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;"> انجام شد. </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;"></span></span></span><br> <strong><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:16.0pt;">مواد و روش‌ها:</span></span></strong> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;">اطلاعات اولیه بذر سه کتابخانه </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">Brassica</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;"> از بانک اطلاعات دانشگاه هاروارد جمع‌آوری شد. برای پیدا کردن شباهت بین سه کتابخانه، همه توالی‌های </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">EST</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;"> با استفاده از نرم‌افزار </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">EGassembler</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;"> دسته‌بندی شدند. سپس همه کانتیگ‌ها به وسیله جستجوگر بلاست </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">X</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;"> توسط نرم افزار</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">CLC Protein Workbench</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;"> در مقابل پروتئین‌های غیر تکراری بانک ژن آنالیز شدند.</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;">برای شناسایی ژنهای با بیان متفاوت در بین کتابخانه‌ها، نرم افزار</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">IDEG6</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;"> مورد استفاده قرار گرفت. برای دسته‌بندی کاتالوگ‌های عملکردی، ابزار طبقه‌بندی </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">MapMan</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;"> استفاده شد.</span></span><br> <strong><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:16.0pt;">یافته‌ها:</span></span></strong><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;"> مقایسه بیان ژن</span></span> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;">بین3 گونه نشان داد که 23 ژن در 5 گروه کارکردی شامل اسیدهای چرب، پروتئین‌‌های ذخیره‌ای، اسید‌های آمینه، تنظیم رونویسی و پیام‌رسانی از نظر آماری تفاوت معنی‌دار دارند. </span></span><br> <strong><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:16.0pt;">نتیجه گیری:</span></span></strong> <span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;">در حالیکه </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">B. rapa</span></span></span></em><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;"> و </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">B. oleracea</span></span></span></em><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;"> بیشترین تعداد </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">EST</span></span></span><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;"> موثر در بیوسنتز اسید چرب اروسیک و اسید لینولنیک را رمزگذاری می‌کنند، ژنوم در </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">B. napus</span></span></span></em><span style="font-family:B Nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;"> به سمت تولید اسید اولئیک و اسید لینولئیک بیشتر تکامل یافته است که ممکن است به دنبال حذف و یا مضاعف شدگی ژنوم در طی تکامل ایجاد شده باشد. به علاوه، رونوشت های کروسیفرین 40 درصد کل رونوشت های پروتئین های ذخیره ای بذور را تشکیل داد. این مطالعه زمینه‌ساز انجام تحقیقات بیشتر در زمینه پیامدهای ژنتیکی پلی پلوئیدی طی تکامل در راستای به نژادی کلزا است.</span></span> <strong>Aim and Background:</strong> <em>Brassica napus</em> has one of the most important oilseed crops in the world, which has undergone extensive genome reconstruction following an interspecies hybridization of <em>Brassica rapa</em> and <em>Brassica oleracea</em>. In order to understand the functional changes of <em>B. napus</em> genome during the evolution, comparison of gene expression was performed in three species of Brassica.<br> <strong>Materials and Methods:</strong> Seed preliminary data of three Brassica libraries were collected from the Harvard university database. To find similarities between three libraries, all EST sequences were assembled using EGassembler software. Then, all contigs were analyzed by X-blast using CLC Protein workbench software against nonredundant proteins of gene bank. IDEG6 software was used to identify genes with different expression between libraries. MapMan comparative classification tool was used to classify functional catalogs.<span dir="RTL"></span><br> <strong>Results:</strong> Comparison of gene expression between the three species showed that 23 genes in 5 functional groups including fatty acids, storage proteins, amino acids, transcriptional regulation and signaling were statistically significant.<span dir="RTL"></span><br> <strong>Conclusion:</strong> While <em>B. rapa</em> and <em>B. oleracea</em> encode the largest number of ESTs involved in the biosynthesis of erucic acid and linolenic acid, genome in <em>B. napus</em> has evolved to produce more oleic acid and linoleic acid, which may have resulted from the deletion or duplication of the genome during evolution. In addition, Cruciferin transcripts accounted for 40% of total seed storage protein transcripts. This study paves the way for further research on the genetic consequences of polyploidy during canola breeding evolution. <span dir="RTL"></span> بیان ژن, برچسب‌های توالی بیان شده, گروه‌های کارکردی, هیبریداسیون, Iau Science Gene expression, Expressed sequence tags, Functional catalogs, Hybridization, Iau Science 27 38 http://ncmbjpiau.ir/browse.php?a_code=A-10-1726-2&slc_lang=fa&sid=1 Shadi Heidari شادی حیدری 100319475328460012652 100319475328460012652 Yes Department of Plant Breeding, Faculty of Agriculture, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran. گروه اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران. Peivand Heidari پیوند حیدری 100319475328460012653 100319475328460012653 No Department of Plant Breeding, Faculty of Agriculture, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran. گروه اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران. Baharak Heidari بهارک حیدری b_heidari@iauksh.ac.ir 100319475328460012654 100319475328460012654 No Department of Computer Engineering, Faculty of Engineering, Kermanshah Branch, Islamic Azad University, Kermanshah, Iran گروه مهندسی کامپیوتر، دانشکده فنی و مهندسی، واحد کرمانشاه، دانشگاه آزاد اسلامی، کرمانشاه، ایران