New Cellularand Molecular Biotechnology Journal

other مقایسۀ تأثیر مسترمیکس‌های مختلف بر کاراییِ تکنیکِ Real-time PCR در تشخیصِ ویروسِ پاپیلومای انسانی (HPV) Comparison of the Effects of Different Master Mixes on the Efficiency of Real-time PCR Technique in Diagnosing Human Papillomavirus (HPV) ژنتیک Genetics مقاله پژوهشی Research Article <div style="border-bottom:solid #002465 1.5pt; border-top:none; border-left:solid #002465 1.5pt; border-right:none; padding:0in 4.0pt 1.0pt 0in">زمینه و هدف: آگاهی از ژنوتایپ‌های ویروسِ پاپیلومای انسانی (HPV) برای مدیریتِ درمان و پیشگیری از رشد و تقسیمِ سلولیِ غیرطبیعی و سرطانِ دهانۀ رحم بسیار مهم است. ویروسِ HPV بیش از 200 ژنوتایپ دارد که حدودِ 40 نوع آن باعث عفونتِ دستگاهِ تناسلی می‌شود. شیوعِ جهانیِ HPV در مناطقِ مختلف، بین 2/1 تا 6/25 درصد گزارش شده است. مواد و روش‌ها:  در این مطالعۀ توصیفی-آزمایشگاهی، 58 نمونۀ بالینی از زنانِ مراجعه‌کننده به بیمارستانِ میلادِ تهران با علائمِ واژنیت جمع‌آوری شد. حضورِ ژنوتایپِ HPV-6 با استفاده از روشِ Real-time PCR و پرایمرهای اختصاصی بررسی گردید. به‌منظورِ بهینه‌سازیِ واکنش، چهار ترکیبِ متفاوتِ مسترمیکس شامل مقادیرِ مختلفِ Tris HCl، KCl و MgCl2 طراحی و عملکردِ آن‌ها در تشخیصِ HPV-6 مقایسه شد. نتایج: از مجموعِ 58 نمونه، 8 نمونه (79/13 درصد) مثبت برای HPV-6 گزارش شدند. نتایج نشان دادند که مسترمیکسِ حاوی Tris-HCl 10 mM، KCl 50 mM و MgCl2 2 mM بهترین عملکرد را از نظرِ حساسیت و اختصاصیت داشتند و نیز مقادیرِ Ct پایین‌تری در این گروه مشاهده شد. منحنیِ ذوبِ محصولاتِ PCR اختصاصیتِ واکنش را تأیید کرد و عدم‌وجودِ پرایمر دایمر و محصولاتِ غیراختصاصی را نشان داد.</div> نتیجه‌گیری: بهینه‌سازیِ ترکیب‌های مسترمیکس در روشِ Real-time PCR می‌تواند حساسیت و دقتِ تشخیصِ HPV-6 را افزایش دهد و روشی کارآمدتر و مقرون‌به‌صرفه‌تر برای تشخیصِ این ژنوتایپ ارائه نماید. این رویکرد می‌تواند به توسعۀ کیت‌های تشخیصیِ مؤثرتر کمک کرده و مشارکتِ بیماران در برنامه‌های غربالگریِ HPV را افزایش دهد که در نهایت به پیشگیریِ بهتر از سرطانِ دهانۀ رحم منجر خواهد شد. <div style="border-bottom:solid #002465 1.5pt; border-top:none; border-left:none; border-right:solid #002465 1.5pt; padding:0in 0in 1.0pt 4.0pt">Background and Aim: Awareness of human papillomavirus (HPV) genotypes is crucial for the management and prevention of dysplasia and cervical cancer. HPV comprises over 200 genotypes, approximately 40 of which infect the genital tract. The global prevalence of HPV varies between 1.2% and 25.6% across different regions. Materials and Methods: In this descriptive-experimental study, 58 clinical samples were collected from women presenting with vaginitis symptoms at Milad Hospital, Tehran. The presence of the HPV-6 genotype was detected using Real-time PCR with specific primers. To optimize the assay, four different master mix formulations containing varying concentrations of Tris-HCl, KCl, and MgCl₂ were designed and compared for their performance in HPV-6 detection. Results: Eight (13.79%) of the 58 samples tested positive for HPV-6. The master mix containing 10 mM Tris-HCl, 50 mM KCl, and 2 mM MgCl2 demonstrated the best sensitivity and specificity, yielding lower Ct values. Melting curve analysis confirmed the specificity of the PCR products and ruled out primer-dimer and non-specific amplification. Conclusion: Optimization of master mix components in Real-time PCR can enhance the sensitivity and accuracy of HPV-6 detection, providing a more efficient and cost-effective method for genotype identification. This approach may facilitate the development of improved diagnostic kits and increase patient participation in HPV screening programs, ultimately contributing to better prevention of cervical cancer.</div> ویروسِ پاپیلومای انسانی (HPV), Real-time PCR, مسترمیکس, PCR, تشخیصِ مولکولی, بهینه‌سازی, Human Papillomavirus (HPV), Real-time PCR, Master Mix, PCR, Molecular Diagnostic, Optimization, 36 48 http://ncmbjpiau.ir/browse.php?a_code=A-10-2074-2&slc_lang=other&sid=1 Nasim Rahmani نسیم رحمانی 100319475328460015873 100319475328460015873 No Department of Biology, ET.C., Islamic Azad University, Tehran, Iran گروه زیست‌شناسی، دانشکدۀ علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد تهران شرق، تهران، ایران Dariush Norouzian داریوش نوروزیان 100319475328460015874 100319475328460015874 Yes Nasim Institute, Genomics Pole Laboratory, Health Technology Park, Shahid Beheshti University of Medical Sciences مؤسسۀ نسیم، آزمایشگاهِ قطبِ ژنومیکسِ پارکِ فناوریِ سلامت، دانشگاه علوم‌پزشکیِ شهید بهشتی، تهران، ایران Akram Sadat Tabatabaee Bafroee اکرم سادات طباطبایی بفرویی 100319475328460015875 100319475328460015875 No Department of Biology, ET.C., Islamic Azad University, Tehran, Iran گروه زیست‌شناسی، دانشکدۀ علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد تهران شرق، تهران، ایران