fa بررسی تاثیر pH بر موتاسیون در ژن P53 با استفاده از روش های محاسباتی و مدلسازی بیوشیمی Biochemistry مقاله پژوهشی Research Article <b>سابقه و هدف:</b> ژن سرکوبگر تومور P53 که به عنوان "محافظ ژنوم " شناخته می شود، در بیشتر از نیمی از تمام انواع سرطان-های انسانی جهش یافته  است. پروتئین P53 یک عامل رونویسی است که وظیفه آن کنترل رونویسی از ژن های مسئول آپپتوز و توقف چرخه  سلولی است. هم چنین پروتئین P53 می تواند رونویسی از ژن‌هایی که در پیشرفت چرخه سلولی نقش دارند جلوگیری نماید. بنابراین بدیهی است که از دست دادن فعالیت این ژن با فراوانی بالا در انواع مختلفی از سرطان ها مشاهده  شده است. مشاهدات تجربی هم زمانی بین افزایش اسیدیته و نیز جهش در کدون های خاص ژن P53 (به طور خاص کدون 248) را نشان داده اند. این  امر می تواند تا حدود زیادی ناشی از پروتونه شدن این  توالی سه نوکلئوتیدی باشد. جهش در این کدون خاص باعث جایگزینی اسید آمینه می‌گردد که نتیجه آن ایجاد پروتئینی با خاصیت انکوژنی میباشد. در این مطالعه تأثیر pH اسیدی را بر پایداری کدون 248 در ژن P53 بررسی گردید. <br><b>مواد و روش ها:</b> در این مطالعه از روش مکانیک مولکولی برای پاسخ پرسش این مطالعه استفاده شد. در این مطالعه از نرم-افزار HYPERCHEM استفاده شد. هم چنین به منظور دست یافتن به بهترین پیش بینی از میدان های نیروی AMBER، BIO+، MM+ و OPLS استفاده گردید. <br><b>یافته ها: </b>نتایج به دست آمده در میدان های نیروی مختلف همگی نشان دادند که در pHاسیدی سطح انرژی توالی مورد بررسی به میزان زیادی بالاتر از شرایط فیزیولوژیک می باشد. <br><b>نتیجه گیری:</b> نتایج این مطالعه پاسخ قابل  ملاحظه ای را درباره هدف مطرح  شده ارائه نمود و نشانداد کهpH اسیدی می تواند به لحاظ تئوریک ناپایداری مولکول را نسبت به pH فیزیولوژیک افزایش دهد. <b>Aim and Background:</b> P53 tumor suppressor gene, also known as “genome guardian” is mutated in more than half of all kinds of cancers. P53 protein acts as a tetramer and is a transcription factor, controlling the transcription of genes that are necessary for apoptosis or cell proliferation arrest. Also it inhibits the transcription of genes that are responsible for cell growth. Experimental researches revealed that acidic pH raised the rate of cancer and mutation in 248CGG codon of P53 gene. This may be due to protonation of this three-nucleotide codon. Mutation in this codon changes the encoding amino acid and subsequently produces a protein, which has oncogenic features instead of tumor suppressor characteristics of original p53 protein. In current study, we perform an investigation on the impact of protonation on stability of codon 248CGG in this gene. <br><b>Materials and Methods:</b> Molecular mechanic methods used in this study to calculate energy levels. HYPERCHEM software used in AMBER, BIO+, MM+ and OPLS. <br><b>Results:</b> Obtained results from different force fields all suggest that acidic condition can increase molecular instability in given sequence in comparison with physiological pH. <br><b>Conclusion:</b> Our results suggested a reliable answer about the effect of protonation on mentioned codon and its stability. From theoretical point of view, acidity can increase the instability of this specific codon. Along with the experimental investigations, our results can, to some extent, elaborate the mutagenesis of acidic pH. ژن P53, pH اسیدی, موتاژنز P53 gene, protonation, mutagenesis 75 83 http://ncmbjpiau.ir/browse.php?a_code=A-10-522-1&slc_lang=fa&sid=1 Nastaran Asghari Moghaddam نسترن اصغری مقدم namoghadam@gmail.com 10031947532846003786 10031947532846003786 Yes Science and Research Branch, Islamic Azad University دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات Majid Monajjemi مجید منجمی 10031947532846003787 10031947532846003787 No Science and Research Branch, Islamic Azad University دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات Majid Sadeghizadeh مجید صادقی زاده 10031947532846003788 10031947532846003788 No Faculty of Biological Science, Tarbiat Modares University دانشگاه تربیت مدرس Seyyed Mahdi Rezayat سید مهدی رضایت 10031947532846003789 10031947532846003789 No Pharmaceutical Branch, Islamic Azad University دانشگاه علوم دارویی Maryam Tajabadi Ebrahimi مریم تاج آبادی ابراهیمی 10031947532846003790 10031947532846003790 No Central Tehran Branch, Islamic Azad University دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران مرکز