fa بررسی ژنوم بیان‌شده در سلول‌های غدد برگی گیاه دارویی Fruticosa Salvia برای تعیین عناصر مهم ژنومی ژنتیک Genetics مقاله پژوهشی Research Article <p dir="RTL"><strong>سابقه و هدف :</strong> روش های ژنومیکس نظیر تجزیه و تحلیل توالی های <span dir="LTR">EST</span>، امکان شناسایی مارکرهای مرتبط با ژن های بیان شده و <span dir="LTR">miRNA</span> های شبکه های تنظیمی و متابولیکی را فراهم می آورند. در این مقاله شناسایی عناصر مرتبط با ژنوم بیان شده در غدد برگی &nbsp;<em><span dir="LTR">Salvia fruticosa</span></em>مورد بررسی قرار گرفت.</p> <p dir="RTL"><strong>مواد و روش ها :</strong> 1465 توالی <span dir="LTR">EST</span> مربوط به کتابخانه ژنوم بیان شده در سلول غدد برگی گیاهان جنس <em><span dir="LTR">Salvia</span></em> از خانوادۀ نعناعیان از پایگاه داده <span dir="LTR">NCBI</span> دریافت شد. پس از جمع آوری و حذف‌ توالی های مربوط به وکتور، کلروپلاست، توالی های تکراری، سر هم بندی آن ها، توالی های کانتیگ و&nbsp; سینگلتون ایجاد شد. با استفاده از جستجوی <span dir="LTR">BlastX</span>، <span dir="LTR">hit </span>&nbsp;های موجود و هم چنین فراوانی و توزیع نشانگرهای <span dir="LTR">EST-SSR</span> با استفاده از <span dir="LTR">SSRTools</span> مشخص شد. <span dir="LTR">miRNA</span> های مرتبط با توالی های مورد نظر با استفاده از مدل سازی و جستجو در گیاه آرابیدوپسیس مشخص شدند.</p> <p dir="RTL"><strong>یافته ها :</strong> تعداد 153 کانتیگ و 777 سینگلتون مشخص شد. <span dir="LTR">BLASTX</span>، 477<span dir="LTR">unigene</span> دارای <span dir="LTR">hit</span> را مشخص نمود. <span dir="LTR">Gene enrichment analysis</span> توالی ها را در گروه های کارکردی مختلف قرار داد. در بین نشانگرهای مولکولی <span dir="LTR">EST-SSRs</span> مشخص شده دی<strong>-</strong> نوکلئوتیدهای <span dir="LTR">AT/GA</span> ، تری- نوکلئوتیدهای <span dir="LTR">GCC</span> ، تترانوکلئوتیدهای <span dir="LTR">TAAT</span> دارای حداقل چهار تکرار بیش ترین فراوانی را دارد، برای تکرار های پنتا و هگزا نوکلئوتیدی <strong><span dir="LTR">A</span></strong><span dir="LTR">AGAG</span> و&nbsp; <span dir="LTR">AGTATT</span> ، <span dir="LTR">CGTGGT</span> به صورت سه تکرار پشت سر هم یک بار گزارش شد. برای ژنوم بیان شده تعداد 40 عدد<span dir="LTR">miRNA</span> مرتبط با ژن های مختلف مشخص شد.</p> <p dir="RTL"><strong>نتیجه گیری :</strong> <span dir="LTR">EST-SSRs</span> مشخص شده در این گیاه می تواند برای تعیین تنوع بین گونه های مختلف این جنس در خانوادۀ گیاهان <span dir="LTR">lamiaceae</span>&nbsp; استفاده شود. دو<span dir="LTR"> miRNA </span>&nbsp;مهم&nbsp; مرتبط برای تنظیم بیان ژن&nbsp; آنزیم مونوترپن سنتاز در مسیر تولید ترپنوئیدهای مهم موجود در این گیاه مورد استفاده قرار گیرد.</p> <p dir="ltr"><strong>Aim and Background:</strong> Genomics methods, such as EST sequences analyses, provide the ability to identify markers associated with expressed genes and miRNAs of regulatory and metabolic networks. In this article, the identification of elements related to the genome expressed in leaf nodes of <em>Salvia fruticosa</em> was examined.</p> <p dir="ltr"><strong>Materials & Methods:</strong> A number of 1465 EST sequences related to the genome library expressed in the leaf node cells of plants of genus Salvia, from Lamiaceae family, were received from the NCBI database. After collecting and removal of sequences related to vector, chloroplasts, repetitive sequence and aligning them, Counting and Singleton sequences were created<span dir="RTL">.</span> Using BlastX search, the existing hits as well as the frequency and distribution of EST-SSR markers were determined by using SSR Tools. The miRNA related to the target sequences were identified using the modeling and searching in Arabidopsis plant.</p> <p dir="ltr"><strong>Results:</strong> A number of 153 Cotig sequences and 777 Singleton sequences were found<span dir="RTL">.</span> The BLASTX revealed 477 unigenes with hit<span dir="RTL">.</span> The gene enrichment analysis put the sequences in various functional groups<span dir="RTL">.</span> Among molecular markers identified in the EST-SSRs, the AT/GA di-nucleotides, GCC tri-nucleotides and TAAT tetra-nucleotides with at least four repeats have the highest frequency. In case of penta and hexa-nucleotide repeats, the AAGAG, AGTATT and CGTGGT were reported as three subsequent repeats. For the expressed genome, 40 miRNAs related to different genes were identified<span dir="RTL">.</span></p> <p dir="ltr"><strong>Conclusion: </strong>The EST-SSRs identified in the plant can be used to determine the variation between different species of this genus in the plant family Lamiaceae. Two important related miRNAs to regulate the gene expression of monoterpene synthase enzyme in the production path of important terpenoids in the plant can be used.</p> ژنوم کارکردی, غدد برگی, گیاه دارویی Functional genome, Leaf nodes, Medicinal herb 77 86 http://ncmbjpiau.ir/browse.php?a_code=A-10-727-2&slc_lang=fa&sid=1 Ziba Fooladvand زیبا فولادوند bfazelinasab@gmail.com 10031947532846006071 10031947532846006071 Yes Agricultural Biotechnology Research Institute and the Institute of Agriculture, University of Zabol, Zabol. پژوهشکده زیست‌فناوری کشاورزی و پژوهشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل Bahman Fazelinasab بهمن فاضلی‌نسب fazelinsb@ut.ac.ir 10031947532846006072 10031947532846006072 No Agricultural Biotechnology Research Institute and the Institute of Agriculture, University of Zabol, Zabol. پژوهشکده زیست‌فناوری کشاورزی و پژوهشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل