New Cellularand Molecular Biotechnology Journal
مجله تازه هاي بيوتكنولوژي سلولي و مولكولي
NCMBJ
Basic Sciences
http://ncmbjpiau.ir
1
admin
2228-5458
2228-6926
-
-
-
8888
-
fa
jalali
1395
7
1
gregorian
2016
10
1
6
24
online
1
fulltext
fa
مدل ساز ی به روش شبیه سازی دینامیک مولکولی مونومر Aβ (1-42) و Aβ (1-40) ، به منظور مقایسه نقش آنها در ایجاد بیماری آلزایمر
Molecular dynamics simulations of Aβ (1-42) and Aβ (1-40): A comparative study to determine their role in the development of Alzheimer's disease
بیوشیمی
Biochemistry
مقاله پژوهشی
Research Article
<p dir="RTL"><strong>سابقه و هدف</strong><strong>:</strong> <a name="OLE_LINK1">مطالعه­ های آسیبشناختی، تشکیل پلاکهای فیبری و تودههای تجمع یافته پپتید آمیلوئید بتا (</a><span dir="LTR">Aβ</span>) را یکی از دلایل بیماری آلزایمر پیشنهاد کردهاند. از آن­جا که این بیماری وابسته به ساختار فضایی پروتئین است در این مقاله به روش شبیه­ سازی دینامیک مولکولی مراحل آغازین تغییرهای کنفورماسیون دو مونومر از <span dir="LTR">Aβ</span>، <span dir="LTR">Aβ (1-42)</span> و <span dir="LTR">Aβ (1-40)</span> مورد بررسی قرار می­گیرد.</p>
<p dir="RTL"><strong>مواد و روش­ ها:</strong> <a name="OLE_LINK13">ساختار </a><span dir="LTR">NMR</span> دو پپتید <span dir="LTR">Aβ (1</span><span dir="LTR">-40)</span> و <span dir="LTR"> Aβ (1-42)</span> با کد<span dir="LTR"> 1IYT </span>و <span dir="LTR">1BA4 </span> از بانک اطلاعات پروتئین گرفته شده است. مونومرها در دمای <span dir="LTR">K</span> ۳۱۰ در فشار ثابت ۱ بار در بازه زمانی ۲۰ نانو ثانیه با استفاده از نرم افزار گرومکس شبیه­ سازی شدند.</p>
<p dir="RTL"><strong>یافته­ ها:</strong> جذر میانگین مربع انحراف­ های <span dir="LTR">RMSD</span>، تغییرهای شعاع ژیراسیون و سطح قابل دسترس حلال نشان می­ دهند که تغییرهای ساختاری و سستی مونومر <span dir="LTR">Aβ (1-42)</span> و استعداد آن در تجمع بیش­تر از مونومر <span dir="LTR">Aβ (1-40)</span> است<strong>. </strong></p>
<p dir="RTL"><strong>نتیجه ­گیری:</strong> <a name="OLE_LINK15">مقایسه سطح قابل دسترس حلال نشان می­دهد هیدروفوبیسیتی نقش مهمی در ایجاد کانفورماسیون معیوب مونومر </a><span dir="LTR">Aβ (1-42)</span> دارد. سایر خواص از جمله سستی ساختاری نیز <span dir="LTR">Aβ (1-42)</span> را مستعد تجمع و ایجاد بیماری آلزایمر نشان می دهند.</p>
<p dir="ltr"><strong>Aim and background:</strong> Pathological studies have suggested that formation of fibrous plaques and accumulated masses of amyloid beta peptides in central nervous system is one of the causes to Alzheimer's <a name="OLE_LINK7">disease</a>. Since these diseases depend on conformational structure of protein, we investigate initial conformational changes of Aβ (1-42) and Aβ (1-40 by molecular dynamic simulations in this paper.</p>
<p dir="ltr"><strong>Materials and methods</strong><strong>:</strong> The solution NMR structures of Aβ (1-42) and Aβ (1-40) (protein data bank: 1IYT <span dir="RTL">&</span>1BA4) was chosen as a template for comparative modeling. All simulations and data analysis were performed by GROMACS program with the united-atom protein force field. The final sampling simulations were 20-ns MD simulations, 310K and constant pressure (1 bar).</p>
<p dir="ltr"><strong>Results:</strong>The results of RMSD, radius of gyration and solvent accessible surface area showed that structural changes, flexibility and the propensity to aggregation of Aβ (1-42) is more than Aβ (1-40).</p>
<p dir="ltr"><strong>Conclusions</strong>: The solvent accessible surface area show the hydrophobicity interaction have important role in aggregation and creation of deformed structures. Our data showed that Aβ (1-42) have critical role in the development of Alzheimer's disease</p>
آلزایمر, شبیه سازی دینامیک مولکولی, آمیلوئید بتا, انعطاف پذیری , شعاع ژیراسیون, سطح قابل دسترس حلال
Alzheimer, Molecular dynamics simulation, Aβ, RMSD, Radius of gyration, Solvent Accessible Surface Area
43
50
http://ncmbjpiau.ir/browse.php?a_code=A-10-863-3&slc_lang=fa&sid=1
Sakineh
Mansouri
سکینه
منصوری
sf_mansori@yahoo,com
10031947532846006492
10031947532846006492
Yes
Central Tehran Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran
گروه شیمی دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران مرکزی
Laila
Habibi Fazi
لیلا
حبیبی فیضی
10031947532846006493
10031947532846006493
No
Young Researcher, Central Tehran Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran
گروه شیمی دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران مرکزی
Zarrin
Minuchehr
زرین
مینوچهر
10031947532846006494
10031947532846006494
No
Department of Bioinformatics, National Institute of Genetic Engineering and Biotechnology Tehran, Iran, NIGEB
2. دپارتمان بیوانفوماتیک، پژوهشکده ملی مهندسی ژنتیک و بیوتکنولوژی