fa استفاده از تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی برای شناسایی اهداف بالقوه پروتئینی در پاتوژن Pseudomonas syringae به‌منظور کنترل این پاتوژن سلولی و مولکولی Cellular and molecular مقاله پژوهشی Research Article <strong><span style="font-family:b nazanin;"><span style="font-size:16.0pt;">سابقه و هدف</span></span></strong><strong><span style="font-family:b nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;">:</span></span></strong><span style="font-family:b nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;"> شناسایی اهداف اختصاصی در هر پاتوژن برای جلوگیری از اثرهای سوء&shy;مصرف سموم شیمیایی ضروری است. در مطالعه حاضر، با استفاده از یک روش‌ بیوانفورماتیکی مبتنی بر همولوژی، پروتئوم پاتوژن </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;">P</span></span></em><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">. </span></span></span></em><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;">syringae</span></span></em> <span style="font-family:b nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;">با پروتئوم گیاه گوجه‌فرنگی و دیگر محصول&shy;های کشاورزی میزبان آن مقایسه و تعدادی پروتئین به&shy;عنوان اهداف بالقوه برای مبارزه در پاتوژن انتخاب شدند. </span></span><br> <strong><span style="font-family:b nazanin;"><span style="font-size:16.0pt;">مواد و روش‌ها</span></span></strong><strong><span style="font-family:b nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;">:</span></span></strong><span style="font-family:b nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;"> پروتئوم پاتوژن با گیاهان میزبان مقایسه و پروتئین‌های غیرمشابه انتخاب شدند. این پروتئین‌ها با پروتئوم انسان و سایر موجودات غیرهدف مقایسه و پروتئین‌های غیرمشابه انتخاب و اهداف بالقوه تحت آنالیزهای کیفی مختلفی قرار گرفتند.</span></span><br> <strong><span style="font-family:b nazanin;"><span style="font-size:16.0pt;">یافته‌ها</span></span></strong>: <span style="font-family:b nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;">نتایج آنالیزها، 95 پروتئین‌ را به&shy;عنوان اهداف منحصر بفرد مشخص کرد. از مجموع پروتئین‌ها،‌ 59 پروتئین در سیتوپلاسم، 15 پروتئین در غشاء داخلی، 17 پروتئین در فضای پری&shy;پلاسمیک، 3 پروتئین در غشاء خارجی و 1 پروتئین در خارج از سلول پاتوژن </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;">P.syringae</span></span></em> <span style="font-family:b nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;">تجمع پیدا می‌کردند.</span></span><br> <strong><span dir="RTL"><span style="font-family:b nazanin;"><span style="font-size:16.0pt;">نتیجه‌گیری</span></span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:b nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;">:</span></span></span></strong><span dir="RTL"><span style="font-family:b nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;"> پروتئین‌های مشخص شده در این مطالعه، اهدافی بسیار مؤثر برای مبارزه بوده و هدف قرار دادن چنین پروتئین‌هایی می‌تواند به</span></span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">&shy;</span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:b nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;">طور مؤثری باعث کنترل پاتوژن </span></span></span><em><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:11.0pt;">P.syringae</span></span> </em><span dir="RTL"><span style="font-family:b nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;">شود. هم</span></span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:b nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;">&shy;</span></span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:b nazanin;"><span style="font-size:12.0pt;">چنین طراحی و تولید مواد شیمیایی علیه این پروتئین‌های هدف، در کنار کنترل مؤثر این پاتوژن، می‌تواند طیف وسیعی از پاتوژن‌ها را کنترل کرده و از اثرهای مضر بر انسان، موجودات غیرهدف و محیط زیست جلوگیری کند.&nbsp;&nbsp; </span></span></span> <strong>Aim and Background</strong>: <em>P. syringae </em>have different pathological variants and causes disease in a wide range of plants. Annually, this pathogen causes high damage to tomato crops. Despite the different methods, the control of this pathogen still depends to chemicals. Due to similarity of chemical targets in pathogens to non-target organisms such as humans, these chemicals have harmful side effects on human, other organism and environment. Therefore, identification of specific targets in each pathogen is necessary to prevent the harmful effects of chemicals. In this study, using a homology-based bioinformatic approach, proteome of <em>P. syringae </em>were compared with tomato and other host plants proteomes and a number of proteins were selected as potential targets.<br> <strong>Material and Methods</strong>:&nbsp; In the first stage of the study, proteome of <em>P. syringae </em>were compared with host plants and non-similar proteins were selected. In the second stage, these proteins were compared with human, gastrointestinal microbial flora and non-target organisms (including vertebrates, arthropods and molluscs) proteomes and non-similar proteins were selected. In the third stage, selected proteins were compared with essential genes and resulting proteins were considered as potential targets. In the final stage, the potential targets were subjected to various qualitative analyzes, including subcellular localization search, metabolic pathways search and broad-spectrum analysis.<br> <strong>Results</strong>: Results of analyses identified 95 proteins as unique targets. Of 95 proteins, 22 proteins were broad-spectrum and 73 proteins were specific to <em>P. syringae</em>. Some targets involved in metabolism of carbohydrate,&nbsp; energy, fat, nucleotides, amino acids, other amines, glycans, vitamins, cofactors and secondary metabolites. Some targets involved in genetic and environmental information processing and some have played role in cellular processes. Of 95 proteins, 59 proteins are localized in cytoplasm, 15 proteins in inner membrane, 17 proteins in periplasmic space, 3 proteins in outer membrane and 1 protein in extracellular of <em>P. syringae</em>.<br> <strong>Conclusion</strong>: Identified proteins in this study are very effective targets and targeting of such proteins can efficiently control the <em>P</em>.<em>syringae</em> pathogen. Also, design and production of chemicals against these target proteins, along with the effective control of this pathogen, can control a wide range of pathogens and prevents the harmful effects on the human, non-target organisms and environment.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; بیوانفورماتیک, گوجه‌فرنگی, پاتوژن P. syringae, پروتئین‌های هدف bioinformatics, tomato, P. syringae pathogen, target proteins 39 48 http://ncmbjpiau.ir/browse.php?a_code=A-10-1172-2&slc_lang=fa&sid=1 Kamran Samiei کامران سمیعی kamransamiei@yahoo.com 10031947532846008519 10031947532846008519 Yes Faculty Members of Agriculture, Islamic Azad University kangavar branch, Kangavar, I.R. of Iran 1- گروه مهندسی کشاورزی، واحد کنگاور، دانشگاه آزاد اسلامی، کنگاور، ایران Seyed Mohsen Sohrabi سید محسن سهرابی 10031947532846008520 10031947532846008520 No Young Researchers and Elite Club, Khorramabad Branch, Islamic Azad University, Khorramabad, Iran. 2- باشگاه پژوهشگران جوان و نخبگان، واحد خرم‌آباد، خرم‌آباد، ایران