New Cellularand Molecular Biotechnology Journal

fa اهمیت مسیر سیگنالینگ ErbB در شناسایی بیومارکرهای تأثیرگذار بر توسعه بیماری عروق کرونری: یک مطالعه in-silico The importance of ErbB signaling pathway in identifying biomarkers influencing the development of coronary artery disease: an in-silico study سلولی و مولکولی Cellular and molecular مقاله پژوهشی Research Article سابقه و هدف: عروق کرونری، عروق خونی هستند که خون را به قلب منتقل می کنند. با ایجاد پلاک در دیواره این رگ ها، عمل خون رسانی با مشکل مواجه می شود. تشخیص بیماری عروق کرونری به دلیل خطراتی که برای سلامتی شخص دارد، بسیار مهم می باشد. هدف از این مطالعه بررسی ژنهای دارای تفاوت بیان بین بیماران و افراد نرمال در مسیر سیگنالینگ ErbB، به عنوان یکی از مسیرهای مهم در ایجاد این بیماری و بررسی اهمیت آنها در شناسایی بیومارکرهای بیماری عروق کرونری است. مواد و روشها: ابتدا فایلهای خام حاصل از RNA-sequencing نمونه های بیماران عروق کرونری و افراد نرمال، به ترتیب از دیتاست های با شماره GSE99985 و GSE<a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE100206">100206</a> بدست آمده و مراحل آنالیز نمونه ها انجام شد. ژنهای دارای تفاوت بیان در زبان برنامه نویسی R و با پکیج DESeq2 جداسازی شد. سپس آنالیز عملکردی ژنها از جمله مسیرهای سیگنالینگ، فرآیندهای بیولوژیکی و ژنهای دارای تفاوت بیان در مسیر ErbB و نحوه تغییرات بیان آنها مورد بررسی قرار گرفت. یافته ها: نتایج نشان داد 1069 ژن در بین نمونه های موردنظر دارای افزایش بیان و 851 ژن نیز کاهش بیان داشتند. بعلاوه با بررسی آنالیزهای عملکردی مشخص شد ژنهایی مانند CAMK2D، SHC3،ERBB3، NRG4، RPS6KB2، MAPK1، BRAF، AREG و  CRKاز جمله ژنهایی هستند که هم در بیماران تغییرات بیانی را نشان می دادند و هم مسیر سیگنالینگ ErbB را تحت تأثیر قرار میدادند. نتیجه گیری: درنهایت ، بررسیهای مولکولی دقیقتر منجر به دستیابی به ژنهای  قابل اعتماد برای شناسایی بیومارکرهای بیماری عروق کرونری خواهد شد که برای تحقیقات زیست پزشکی ، توسعه دارو و کاربردهای بالینی ضروری است.   Aim and Background: Coronary arteries are blood vessels that carry blood to the heart. With plaque forming on the walls of these arteries, the blood supply becomes problematic. The diagnosis of coronary artery disease is very important because of the risks to person's health. The aim of this study is to determine genes with differential expression between CAD patients and normal individuals in the ErbB signaling pathway, as one of the important pathways in the development of this disease, and to investigate their importance in identifying biomarkers of coronary artery disease. Material and methods: The raw files of RNA-sequencing of samples of coronary artery patients and normal individuals were obtained from datasets with numbers GSE99985 and GSE100206, respectively, and the steps of sample analysis were performed. Genes with different expression in R program were isolated with DESeq2 package. Then, functional analysis of genes including signaling pathways, biological processes and genes with different expression in the ErbB pathway and how they change were examined. Results: The results demonstrated upregulation of 1069 genes and downregulation of 851 genes among samples. In addition, functional analysis revealed that genes such as CAMK2D, SHC3, ERBB3, NRG4, RPS6KB2, MAPK1, BRAF, AREG and CRK had differentially expression among patients could affect ErbB signaling pathway as well. Conclusion:  Molecular studies can help to achieve the reliable biomarkers of coronary artery disease which is important for biomedical research, drug development and clinical applications.   بیماری عروق کرونری, مسیر سیگنالینگ ErbB, بیومارکرهای ژنی , Iau Science coronary artery disease, ErbB signaling pathway, genes biomarkers , Iau Science 63 72 http://ncmbjpiau.ir/browse.php?a_code=A-10-1676-2&slc_lang=fa&sid=1 Akram Gholipour اکرم قلی پور 100319475328460011976 100319475328460011976 No Department of Biology, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran دانشگاه آزاد اسلامی، واحد علوم و تحقیقات ، گروه زیست شناسی، تهران، ایران فرشاد شاکریان 100319475328460011977 100319475328460011977 No Cardiogenetic Research Center, Rajaie Cardiovascular Medical and Research Center, Iran University of Medical Sciences, Tehran, Iran ﻣﺮﻛﺰ ﺗﺤﻘﯿﻘﺎت کاردیو ژنتیک، مرکز آموزشی، تحقیقاتی و درمانی قلب و عروق شهید رجایی، دانشگاه علوم پزشکی ایران، تهران، ایران علی زاهدمهر 100319475328460011978 100319475328460011978 No Head of Cardiogenetic Research Center,Rajaie Cardiovascular, Medical, and Research Center,Iran University of Medical Sciences, Tehran, Iran ﻣﺮﻛﺰ ﺗﺤﻘﯿﻘﺎت ﻣﺪاﺧﻼت ﻗﻠﺒﻲ و ﻋﺮوﻗﻲ ، مرکز آموزشی، تحقیقاتی و درمانی قلب و عروق شهید رجایی، دانشگاه علوم پزشکی ایران، تهران، ایران Shiva Irani شیوا ایرانی 100319475328460011979 100319475328460011979 No Department of Biology, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran دانشگاه آزاد اسلامی، واحد علوم و تحقیقات ، گروه زیست شناسی، تهران، ایران Seyed Javad Mowla سید جواد مولی sjmowla@yahoo.com 100319475328460011980 100319475328460011980 No Department of Molecular Genetics, Faculty of Biological Sciences, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran دانشگاه تربیت مدرس، دانشکده علوم زیستی، گروه ژنتیک مولکولی، تهران، ایران Mahshid Malakootian مهشید ملکوتیان Malakootian@rhc.ac.ir 100319475328460011981 100319475328460011981 Yes Cardiogenetic Research Center, Rajaie Cardiovascular Medical and Research Center, Iran University of Medical Sciences, Tehran, Iran ﻣﺮﻛﺰ ﺗﺤﻘﯿﻘﺎت کاردیو ژنتیک، مرکز آموزشی، تحقیقاتی و درمانی قلب و عروق شهید رجایی، دانشگاه علوم پزشکی ایران، تهران، ایران