other مدل‌سازی الگوی ترنسکریپتوم سلول‌های اپیتلیال راه هوایی مؤثر در پیشرفت بیماریِ انسداد مزمن ریوی سلولی و مولکولی Cellular and molecular مقاله پژوهشی Research Article <span style="font-size:10pt"><span style="text-justify:inter-ideograph"><span style="line-height:normal"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black"><b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">سابقه و هدف:</span></span></b> <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">بیماری انسداد مزمن ریوی (</span></span>COPD<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">) یک بیماری ریویِ پیشرونده است که بر سلامت جامعه تأثیر مهمی می‌گذارد. سلول‌های اپیتلیال راه هوایی، به‌عنوان سد دفاعی در برابر تهدیدهای خارجی، نقش مهمی در حفظ سلامت راه هوایی ایفا می‌کنند. در این مطالعه، با استفاده از مدل‌سازی دادۀ ترانسکریپتوم، ژن‌های مرتبط با بیماری </span></span>COPD<span style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> در سلول‌های هوایی اپیتلیال شناسایی ‌شده‌اند. هدف اصلی این مطالعه، شناسایی خوشه‌های عملکردی مرتبط با </span></span>COPD<span style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> در این سلول‌ها &nbsp;می&shy;باشد.</span></span></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:10pt"><span style="text-justify:inter-ideograph"><span style="line-height:normal"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black"><b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">مواد و روش &shy;ها: </span></span></b><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">در این مطالعه، نقش سلول‌های اپیتلیال در </span></span>COPD<span style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> با استفاده از مدل‌سازی دادۀ ترانسکریپتوم بررسی‌ &nbsp;شد. نمونه‌های ترانسکریپتوم از گروه‌های غیرسیگاری و بیماران در مراحل مختلف بیماری تحلیل‌ شد و با استفاده از روش ترسیم درخت‌های فراگیر و شبکۀ تنظیم بیان‌ژن، خوشه‌های عملکردی شناسایی‌شدند.</span></span></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:10pt"><span style="text-justify:inter-ideograph"><span style="line-height:normal"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black"><b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">یافته &shy;ها: </span></span></b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">در این مطالعه، یک خوشۀ عملکردی شناسایی ‌شدکه نقش فرآیندهای زیستی سمیّت‌زدایی از سلول‌ها و رگ</span></span>‌<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">زایی را پُررنگ‌تر از سایر فرآیندهای زیستی نشان می‌دهد. ژن‌های </span></span><i>PLAG1</i><i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">، </span></span></i><i>CYP4Z1</i><i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">، </span></span></i><i>ME1</i><i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">، </span></span></i><i>MUCL1</i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> و </span></span><i>TLR5</i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> دارای بالاترین شاخص‌های مرکزی و ژن‌های </span></span><i>CYP4Z1</i><i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">، </span></span></i><i>PLAG1</i><i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">، </span></span></i><i>SLITRK6</i><i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">، </span></span></i><i>GLI3</i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> و </span></span><i>CABYR</i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> دارای بالاترین درجه در شبکۀ به‌دست‌آمده از خوشه‌های عملکردی بودند.</span></span></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:10pt"><span style="text-justify:inter-ideograph"><span style="line-height:normal"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black"><b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">نتیجه‌گیری:</span></span></b> <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">شناخت بهتر از مکانیسم‌های زیستی و عوامل مؤثر در </span></span>COPD<span style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> می‌تواند به توسعۀ روش‌های جدید در تشخیص، پیشگیری و درمان این بیماری کمک کند. با ادامۀ تحقیق‌ها و آزمایش‌های بیشتر، می‌توان نقش سلول‌های هوایی اپیتلیال در </span></span>COPD<span style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> را بهبود داده و به توسعۀ روش‌های نوین و کارآمدتر در مقابله با این بیماری کمک نمود.</span></span></span></span></span></span></span></span></span><br> &nbsp; <span style="font-size:12pt"><span style="background:white"><span style="text-justify:inter-ideograph"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black"><b><span style="font-size:10.0pt"><span style="letter-spacing:-.1pt">Aim and Background</span></span></b><b><span style="font-size:10.0pt">: </span></b><span style="font-size:10.0pt">Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) is a progressive respiratory disease that has a significant impact on community health. Airway epithelial cells play a crucial role in maintaining airway health as a defensive barrier against external threats. In this study, using transcriptome data modeling, genes associated with COPD have been identified in airway epithelial cells. The main objective of this study was to identify functional modules related to COPD in these cells.</span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:12pt"><span style="background:white"><span style="text-justify:inter-ideograph"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black"><b><span style="font-size:10.0pt">Material and methods: </span></b><span style="font-size:10.0pt">The role of airway epithelial cells in COPD was investigated in this study using transcriptome data modeling. Transcriptome samples from non-smoker groups and patients at different stages of the disease were analyzed, and functional modules were identified using gene co-expression network analysis and gene regulatory network plotting methods.</span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:12pt"><span style="background:white"><span style="text-justify:inter-ideograph"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black"><b><span style="font-size:10.0pt">Results: </span></b><span style="font-size:10.0pt">The genes <i>PLAG1,</i></span><i> </i><i><span style="font-size:10.0pt">CYP4Z1,</span></i><i> </i><i><span style="font-size:10.0pt">ME1, MUCL1,</span></i><span style="font-size:10.0pt"> and <i>TLR5</i> have the highest betweenness centrality scores and the genes <i>CYP4Z1, PLAG1, SLITRK6, GLI3</i>, and <i>CABYR</i> have the highest degrees in the resulting functional cluster. </span><span lang="AR-SA" dir="RTL" style="font-family:"B Nazanin""></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:10pt"><span style="text-justify:inter-ideograph"><span style="line-height:normal"><span style="text-autospace:none"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black"><b>Conclusion: </b>A better understanding of the biological mechanisms and contributing factors in COPD may help to develop to new approaches for diagnosis, prevention, and treatment of this disease. With further research and experimentation, the role of airway epithelial cells in COPD can be enhanced, leading to the development of novel and more effective strategies to combat this condition.</span></span></span></span></span></span><br> &nbsp; انسداد مزمن ریوی, اپیتلیال, مدل‌سازی شبکۀ تنظیمی, ترنسکریپتوم. COPD, epithelial, gene regulatory network modeling, transcriptome. 15 41 http://ncmbjpiau.ir/browse.php?a_code=A-10-1998-2&slc_lang=other&sid=1 Sadegh Azimzadeh صادق عظیم زاده azimzadeh.jam.sadegh@gmail.com 100319475328460014895 100319475328460014895 Yes Chemical Injuries Research Center, Systems Biology and Poisonings Institute, Baqiyatallah University of Medical Sciences, Tehran, Iran مرکز تحقیقات آسیب‌های شیمیایی، انستیتو سیستم بیولوژی و مسمومیت‌ها، دانشگاه علوم پزشکی بقیه الله، تهران، ایران Jafar Salimian جعفر سلیمیان 100319475328460014896 100319475328460014896 No Ali Ahmadigorgani علی احمدی 100319475328460014897 100319475328460014897 No