New Cellularand Molecular Biotechnology Journal

other طراحی و تولید آپتامرعلیه کلرا توکسین با استفاده از تکنیک سلکس Design and Production of Aptamer Against CholeraToxin Using SELEX Technique سلولی و مولکولی Cellular and molecular مقاله پژوهشی Research Article <h1 dir="RTL" style="text-align:justify">سابقه و هدف: اسهال، دومین عامل مرگ و میر در جهان محسوب می شود. مهمترین عامل ایجاد این بیماری کلرا توکسین می‌باشد که توسط باکتری با همین نام (ویبریو کلرا) تولید می‌شود. تشخیص سریع در مراحل اولیه بیماری، می‌تواند از مرگ و میر ناشی از آن جلوگیری کند. روش‌های تشخیصی بسیاری در این زمینه وجود دارد ولی این روش‌ها یا زمانبر بوده یا ارزش تشخیصی کمی دارند. آپتامرها، نوکلئوتیدهای تک رشته‌ای هستند که برای شناسایی طیف وسیعی از مولکول‌ها و بیومولکول‌ها استفاده می‌شوند. هدف از تحقیق حاضر، جداسازی آپتامری مناسب جهت تشخیص کلرا توکسین و استفاده از آن در کیت‌های تشخیصی سریع می‌باشد.</h1> <h1 dir="RTL" style="text-align:justify"> </h1> <h1 dir="RTL" style="text-align:justify">مواد و روش‌ها:  در این تحقیق، جداسازی آپتامر علیه کلرا توکسین صورت گرفت. ابتدا از تکنیک PCR نامتقارن برای تولید آپتامرها استفاده شد و سپس با استفاده از تکنیک SELEX(11 دور)، جداسازی آپتامرهای اختصاصی انجام شد. در مراحل انجام کار، با کمک تکنیک الازا ( ELASA) جداسازی آپتامر مناسب انجام شد. </h1> <h1 dir="RTL" style="text-align:justify">یافته ها: آپتامرهای مناسب علیه کلرا توکسین جداسازی و توالی یابی شدند. از بین آپتامرهای جداشده یکی به عنوان آپتامر منتخب مورد بررسی قرار گرفت. این آپتامر، بیشترین تمایل به کلرا توکسین وکمترین تمایل را به پروتئین‌های مشابه نشان داد. این بررسی با کمک الازا انجام شد ومیزان جذب برای کلرا توکسین 8/1 به دست آمد. همچنین بررسی های بیوانفورماتیکی پایداری آپتامر را نشان دادند. نتیجه گیری: آپتامر انتخاب شده دارای برهمکنش مناسب با کلرا توکسین بوده و به طور اختصاصی با میل ترکیبی بالا به مولکول هدف (کلرا توکسین) متصل می شود. با بکارگیری آپتامر به دست آمده در کیت های تشخیصی، می‌توان رقت‌های کم توکسین را در نمونه های مورد ارزیابی شناسایی و اقدام موثر و سریع انجام داد.</h1> <h1 style="text-align:justify">Aim and Background: Diarrhea is the second main cause of mortality in the world that produced by vibrio cholera. Vibrio cholera is the important microorganism related with pandemic and epidemic cholera outbreaks. Detection in the early stage is considered to prevent the distribution of disease. Cholera toxin (CT) is the major virulence factor of disease.  Aptamers have emerged as highly efficient agents for the specific detection and binding of bacterial targets. These versatile molecules offer a promising alternative to antibodies, finding applications in biomarker discovery, diagnosis, imaging, and targeted therapy. They are produced by asymmetric PCR and selected through the Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment (SELEX).</h1>   <h1 style="text-align:justify"> Material and Methods:  In this study, aptamers generated by asymmetric PCR were utilized, after running 11 rounds of SELEX, numerous aptamers were selected and evaluated using ELASA to check their binding to CtxB and similar proteins.</h1>   <h2 style="text-align:justify; margin-top:3px">Results: Appropriate aptamers were isolated and sequenced. Then the best aptamer with the highest affinity to CtxB (amount of OD was 1.8) and the least cross-reactivity to similar proteins were separated. Bioinformatics studies for this aptamer show the proper interaction between the aptamer and the CtxB.</h2> Conclusion: Selected aptamer has high affinity and specificity to CtxB. We assessed the effectiveness of this aptamer using ELASA. It can be used for diagnostic purposes. <v:shape id="Text_x0020_Box_x0020_49" o:gfxdata="UEsDBBQABgAIAAAAIQC75UiUBQEAAB4CAAATAAAAW0NvbnRlbnRfVHlwZXNdLnhtbKSRvU7DMBSF dyTewfKKEqcMCKEmHfgZgaE8wMW+SSwc27JvS/v23KTJgkoXFsu+P+c7Ol5vDoMTe0zZBl/LVVlJ gV4HY31Xy4/tS3EvRSbwBlzwWMsjZrlprq/W22PELHjb51r2RPFBqax7HCCXIaLnThvSAMTP1KkI +gs6VLdVdad08ISeCho1ZLN+whZ2jsTzgcsnJwldluLxNDiyagkxOquB2Knae/OLUsyEkjenmdzb mG/YhlRnCWPnb8C898bRJGtQvEOiVxjYhtLOxs8AySiT4JuDystlVV4WPeM6tK3VaILeDZxIOSsu ti/jidNGNZ3/J08yC1dNv9v8AAAA//8DAFBLAwQUAAYACAAAACEArTA/8cEAAAAyAQAACwAAAF9y ZWxzLy5yZWxzhI/NCsIwEITvgu8Q9m7TehCRpr2I4FX0AdZk2wbbJGTj39ubi6AgeJtl2G9m6vYx jeJGka13CqqiBEFOe2Ndr+B03C3WIDihMzh6RwqexNA281l9oBFTfuLBBhaZ4ljBkFLYSMl6oAm5 8IFcdjofJ0z5jL0MqC/Yk1yW5UrGTwY0X0yxNwri3lQgjs+Qk/+zfddZTVuvrxO59CNCmoj3vCwj MfaUFOjRhrPHaN4Wv0VV5OYgm1p+LW1eAAAA//8DAFBLAwQUAAYACAAAACEA6YAXZfoEAABbEwAA HwAAAGNsaXBib2FyZC9kcmF3aW5ncy9kcmF3aW5nMS54bWzsWHtv4jgQ//+k+w6W/y4lpOGpTfcK XVaVur2qtB9gcBziq2NnbfPq6b77jR2g0H1qr93TSgUBdjz8PDOep9+8XZWSLLixQquUto4jSrhi OhNqltK723GjR4l1oDKQWvGUrrmlb09//+0NDGYGqkIwggjKDiClhXPVoNm0rOAl2GNdcYVruTYl OJyaWTMzsETkUjbjKOo0SxCKnj5CnYMDMjfiB6CkZvc8G4FagEVIyQb7TzY8SvbfkWGgFu9NNamu jeecXS2uDRFZSlFzCkpUEW1uFjZkOG0++dfsEWCVm9LT6zwnq5TGSbfTRqh1SvsnnX4St2s4vnKE 4Xq3Hbfa3TYlDCk6vZO4E232K/78OgIr3n0dA5msmcHBHoO28uypxacSJ/2tyLeevaFeEXy0ld7T E7fCp2hX4ZRtdYmnZInSowLUjJ8Zo5cFh8x6ilpNqM96o6Cy7Z7WY02XH3SG+oW50wHveVS3ExsG lbHuPdcl8YOUGs5c2AgWl9bV/G1JvE6sliIbCynDxMymI2nIAmRKx+G1EemATKqgTe3/ViPWT1CB uIdf86oMPvB3vxUn0TDuN8adXreRjJN2o9+Neo2o1R/2O1HST87H/3gGW8mgEFnG1aVQfOuPreQT Yy8FM9rq3B0zXTbR4gTjW59Ej2xFtUeSJRpfGy0vyPVFIaPw+pyQpXDcECnKlPZ2RDDwR/1OZcFA HAhZj5uH7AdnQR1sf4NW8Iy8CXh+3GoSDNJbVrb2T6b4i+ZhNB4Zeg4GMxwU2jxQssQQlVL7cQ6G UyIvFFpav5UkSObCJGl3Y5yY/ZXp/goohlApdZTUw5HDGf5lXhkxK3Cn2raVPkOzzMXGTGqePHfS uolbSx6kDpxvBLEVO8vDiePo2tnacoI3B3HrVRxu6IP0BgWV6Dsp5apxN8HY/IAcoI4pmXpWyBzF VbNwcjzP0YBry0U+wAlF3LriOTD0oltRckuu+JLc6BIUJRUobXEhivHdiU6idpTgJ8ZRgqvCsWIM pZAYd1qYFFgBxvKg8iAahz3wEUgxNeIAdBzAPHiCkPj9BPQEHzwFZXYP9MwIkAeQQ+QzQajt+9uQ qE5UYbCj05E2httKK5/sCEYVPOiBD9W17QUqrrJrMHDzWbVjDvsORT+XLn4ZBT/qLPhwbfNe5S9j +B75fzT15/ajA5Mfkit4AIVV0qN7+oCahKi6+3riSfGeIzW6vU2E3tn9WVVJwTMyFNpxVigt9WxN brjlYFhBRlxh9D4ik7V1vLSeLBBgDUiutbAa2ZlZgkHSCTd3/IgM4aNYY+kmJRTkTolQTro10Tn5 wDPBQJIJE1hWcntEbnlhQB2RC/x+dbbHY42jH4pmP9nZXrPM9ySu/SzzDpsc+ZpW9gLYL2Lpe5XU l4r2g8re7jcAUbtzMtr2NAdku1Tl85bG+GkmRbYkUzk3N5Cl9KSH5RwlmfAdSKuPRZOfYM0Zd0O8 xzpUzrBVdzLUHqHZ5rvGI7uvy1GQVQF1RRlyxbZK9625pw6Zebd7XWtvy0XP2E+tFl80hT5H1Yit ixTqfiQFu9+0V3gg377uqDusc83mJSbV+s7DcK9brWwhKoudx8DfHZiLbGssuzT9F+RgjgFrc/HH zAcR37S9ZswXyJi+5N91k3PLJ9UNNk51d163m0jhr0GaT66Vgt9srsH83dX+/PRfAAAA//8DAFBL AwQUAAYACAAAACEAZ+QlM0EGAADPGQAAGgAAAGNsaXBib2FyZC90aGVtZS90aGVtZTEueG1s7FnN bhs3EL4X6Dss9t5YsvUTG5EDW5LjNlYSREqKHKldapcxd7kgKTu6FcmxQIGiadFDA/TWQ9E2QAL0 kj6N2xRtCuQVOuT+iJSo2jF8MIrIgLE7+81wODP7Dcm9dv1RQr0jzAVhacevX6n5Hk4DFpI06vj3 RnsfXfU9IVEaIspS3PFnWPjXtz/84BraCijJxgzxcBTjBHtgKBVbqOPHUmZba2siADESV1iGU3g2 YTxBEm55tBZydAwDJHRtvVZrrSWIpP42WJTKUJ/Cv1QKJQgoHyoz2EtRAqPfnkxIgDU2PKwrhJiJ LuXeEaIdH2yG7HiEH0nfo0hIeNDxa/rnr21fW0NbhRKVK3QNvT39K/QKhfBwXY/Jo3E1aKPRbLR2 KvsaQOUyrt/ut/qtyp4GoCCAmea+mDabu5u7vWaBNUD5pcN2r93bqFt4w/7Gks87TfVn4TUot99Y wu/tdSGKFl6DcnxzCd9otNe7DQuvQTm+tYRv13Z6jbaF16CYkvRwCV1rtja65WwryITRfSd8s9nY a68XxucoqIaqutQQE5bKVbWWoIeM7wFAASmSJPXkLMMTFEBNdhElY068AxLFUg2DtjAynueiQCyJ 1IieCDjJZMf/JEOpb0Devvrp7asX3snjlyePfz158uTk8S+5IUtrH6WRqfXmhy//efaZ9/eL7988 /dqNFyb+j58///23r9xAeInmk3z9zfM/Xz5//e0Xf/341AHf4WhswkckwcK7hY+9uyyBiemo2J7j MX83jVGMiKmxk0YCpUiN4rDfl7GFvjVDFDlwu9iO4H0OJOIC3pg+tBwexnwqicPizTixgAPG6C7j zijcVGMZYR5N08g9OJ+auLsIHbnG7qLUym9/mgF7EpfJbowtN+9QlEoU4RRLTz1jhxg7ZveAECuu AxJwJthEeg+It4uIMyQjMraqaa60TxLIy8zlIOTbis3gvrfLqGvWPXxkI+GtQNTh/AhTK4w30FSi xGVyhBJqBvwAydjl5HDGAxPXFxIyHWHKvH6IhXDp3OYwXyPpN4FA3Gkf0FliI7kkhy6bB4gxE9lj h90YJZkLOyRpbGI/FodQosi7w6QLPmD2G6LuIQ8oXZnu+wRb6T6dDe4Bd5ouzQtEPZlyRy5vYGbV 73BGJwhrqgFqtxg7Iemp9J2PcHHEDVT5+rtnDr8vK2XvcOJ8Z/YXiHoVbpGeu4yH5PKzcw9N0zsY XojlFvWenN+Ts/+/J+dV7/PFU/KchYGg1WIwX27rxXeycu09IZQO5YziA6GX3wJ6T7gHQqWn95i4 2otlMVyqNxkGsHARR1rH40x+SmQ8jFEGS/e6r4xEojAdCS9jAraMWuy0rfB0mgxYmG8563W1vczJ QyA5l9ealRy2CzJHt9rzbVRlXnsb6e1u6YDSfRcnjMFsJzYcTrRLoQqS3lxD0BxO6JldiBebDi+u KvNlqpa8ANeqrMDiyIMlVcdvNkAFlGDPhCgOVZ7yVJfZ1cm8yEyvCqZVATU4wygqYJ7pTeXryump 2eWldoZMW04Y5WY7oSOje5iIUYiL6lTSs7jxrrnenKfUck+FooiF4Ub76n95cd5cg94iN9DUZAqa escdv7XRhJIJUNbxJ7B1h8skg9oRalGLaASHXoHk+Qt/HmbJuJA9JOI84Jp0cjZIiMTcoyTp+Gr6 VRpoqjlE+1ZfB0K4tM5tAq1cNucg6XaS8WSCA2mm3ZCoSOe3wPA5VzifavXzg5Umm0K6h3F47I3p lN9FUGLNdl0FMCQCznfqeTRDAkeSFZHN62+hMRW0a54J6hrK5YhmMSo6iknmOVxTeeWOvqtiYNwV c4aAGiEpGuE4Ug3WDKrVTauukfuwsuuerqQiZ5DmvGdarKK6ppvFrBHKNrAQy/M1ecOrMsTQLs0O n1P3IuVully3sE6ougQEvIqfo+ueoSEYrs0Hs1xTHi/TsOLsQmr3jnKCp7h2liZhsH6rNLsQt6pH OIcD4bk6P+gtVi2IJuW6Ukfa9XlhgDJvHNU7PhzxwwnEI7iCjwQ+yNaVbF3J4ApO/qFd5Mf1Hb+4 KCXwPJdUmI1SslFiGqWkUUqapaRZSlqlpOV7+lwbvqWoI23fK4+toYcVx9zF2sL+BrP9LwAAAP// AwBQSwMEFAAGAAgAAAAhALnfRUDsAAAAzgEAACoAAABjbGlwYm9hcmQvZHJhd2luZ3MvX3JlbHMv ZHJhd2luZzEueG1sLnJlbHOskcFKAzEQQO+C/xDmbrLbg0hpth5U6MGL1A8Yktls2mSyJFHavzda RAsFL14GMpN58yZZrQ8xiHfKxSfW0MsOBLFJ1rPT8Lp9urkDUSqyxZCYNBypwHq4vlq9UMDamsrk 5yIahYuGqdZ5qVQxE0UsMs3ErTKmHLG2Y3ZqRrNHR2rRdbcq/2bAcMYUG6shb+wCxPY4t8l/s9M4 ekMPybxF4nphhKrNixoQs6OqQcpT5hR72VxBXdbo/1Njagvl4Hn/oxLRh5qWOxwxS4zI/t595qRJ 8fvWc7LtHR4PlTLjl6k6+4XhAwAA//8DAFBLAQItABQABgAIAAAAIQC75UiUBQEAAB4CAAATAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAABbQ29udGVudF9UeXBlc10ueG1sUEsBAi0AFAAGAAgAAAAhAK0wP/HBAAAA MgEAAAsAAAAAAAAAAAAAAAAANgEAAF9yZWxzLy5yZWxzUEsBAi0AFAAGAAgAAAAhAOmAF2X6BAAA WxMAAB8AAAAAAAAAAAAAAAAAIAIAAGNsaXBib2FyZC9kcmF3aW5ncy9kcmF3aW5nMS54bWxQSwEC LQAUAAYACAAAACEAZ+QlM0EGAADPGQAAGgAAAAAAAAAAAAAAAABXBwAAY2xpcGJvYXJkL3RoZW1l L3RoZW1lMS54bWxQSwECLQAUAAYACAAAACEAud9FQOwAAADOAQAAKgAAAAAAAAAAAAAAAADQDQAA Y2xpcGJvYXJkL2RyYXdpbmdzL19yZWxzL2RyYXdpbmcxLnhtbC5yZWxzUEsFBgAAAAAFAAUAZwEA AAQPAAAAAA== " stroked="f" style="position:absolute; left:0; text-align:left; margin-left:721px; margin-top:358px; width:592.25pt; height:53.8pt; z-index:-251657216; v-text-anchor:top" type="#_x0000_t202"><v:textbox> <table width="100%"> <tbody> <tr> <td> <div>Corresponding author: Applied Biotechnology Research Center, Systems Biology and Poisonings Institute, Baqiyatallah University of Medical Sciences, Tehran, Iran Email: <a href="mailto:jafar.amani@gmail.com" style="color:#0563c1; text-decoration:underline">jafar.amani@gmail.com</a></div> </td> </tr> </tbody> </table> </v:textbox> <w:wrap anchorx="page" type="tight"> </w:wrap></v:shape><div aria-label="Page Break" class="cke_pagebreak" contenteditable="false" data-cke-display-name="pagebreak" data-cke-pagebreak="1" style="page-break-after:always" title="Page Break"></div>   آپتامر, پروتئین سلکس, زیر واحد B ویبریوکلرا توکسین, PCR نامتقارن, الازا. Cholera toxin B, aptamer, Pr-SELEX, Asymmetric PCR, ELASA. 43 56 http://ncmbjpiau.ir/browse.php?a_code=A-10-1367-9&slc_lang=other&sid=1 Mahboobeh Hasani Fard محبوبه حسنی فرد 100319475328460015526 100319475328460015526 No Department of Molecular Genetics, North Tehran Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran. گروه ژنتیک مولکولی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه آزاد تهران شمال، تهران، ایران Jafar Amani جعفر امانی jafar.amani@gmail.com 100319475328460015528 100319475328460015528 Yes Applied Biotechnology Research Center, Systems Biology and Poisonings Institute, Baqiyatallah University of Medical Sciences, Tehran, Iran. مرکز تحقیقات میکروبیولوژی کاربردی، پژوهشکده فناوری های زیست پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی بقیه الله(عج)، تهران، ایران. Gholamreza Olad غلامرضا اولاد 100319475328460015527 100319475328460015527 No Applied Biotechnology Research Center, Systems Biology and Poisonings Institute, Baqiyatallah University of Medical Sciences, Tehran, Iran. مرکز تحقیقات بیوتکنولوژی کاربردی، دانشگاه علوم پزشکی بقیه الله(عج)، تهران، ایران