New Cellularand Molecular Biotechnology Journal

fa مدل ساز ی به روش شبیه سازی دینامیک مولکولی مونومر Aβ (1-42) و Aβ (1-40) ، به منظور مقایسه نقش آن‌ها در ایجاد بیماری آلزایمر Molecular dynamics simulations of Aβ (1-42) and Aβ (1-40): A comparative study to determine their role in the development of Alzheimer's disease بیوشیمی Biochemistry مقاله پژوهشی Research Article سابقه و هدف: <a name="OLE_LINK1">مطالعه های آسیب‌شناختی، تشکیل پلاک‌های فیبری و توده‌های تجمع یافته پپتید آمیلوئید بتا (</a>Aβ) را یکی از دلایل بیماری آلزایمر پیشنهاد کرده‌اند. از آنجا که این بیماری وابسته به ساختار فضایی پروتئین است در این مقاله به روش شبیه سازی دینامیک مولکولی مراحل آغازین تغییرهای کنفورماسیون دو مونومر از Aβ، Aβ (1-42) و Aβ (1-40) مورد بررسی قرار میگیرد. مواد و روش ها: <a name="OLE_LINK13">ساختار </a>NMR دو پپتید Aβ (1-40) و  Aβ (1-42) با کد 1IYT و 1BA4   از بانک اطلاعات پروتئین گرفته شده است. مونومرها در دمای K ۳۱۰ در فشار ثابت ۱ بار در بازه زمانی ۲۰ نانو ثانیه با استفاده از نرم افزار گرومکس شبیه سازی شدند. یافته ها: جذر میانگین مربع انحراف های RMSD، تغییرهای شعاع ژیراسیون و سطح قابل دسترس حلال نشان می دهند که تغییرهای ساختاری و سستی مونومر Aβ (1-42) و استعداد آن در تجمع بیشتر از مونومر Aβ (1-40) است. نتیجه گیری: <a name="OLE_LINK15">مقایسه سطح قابل دسترس حلال نشان میدهد هیدروفوبیسیتی نقش مهمی در ایجاد کانفورماسیون معیوب مونومر </a>Aβ (1-42) دارد. سایر خواص از جمله سستی ساختاری نیز Aβ (1-42) را مستعد تجمع و ایجاد بیماری آلزایمر نشان می دهند. Aim and background: Pathological studies have suggested that formation of fibrous plaques and accumulated masses of amyloid beta peptides in central nervous system is one of the causes to Alzheimer's <a name="OLE_LINK7">disease</a>.  Since these diseases depend on conformational structure of protein, we investigate initial conformational changes of Aβ (1-42) and Aβ (1-40 by molecular dynamic simulations in this paper. Materials and methods: The solution NMR structures of Aβ (1-42) and Aβ (1-40) (protein data bank: 1IYT &1BA4) was chosen as a template for comparative modeling. All simulations and data analysis were performed by GROMACS program with the united-atom protein force field. The final sampling simulations were 20-ns MD simulations, 310K and constant pressure (1 bar). Results:The results of RMSD, radius of gyration and solvent accessible surface area showed that structural changes, flexibility and the propensity to aggregation of Aβ (1-42) is more than Aβ (1-40). Conclusions: The solvent accessible surface area show the hydrophobicity interaction have important role in aggregation and creation of deformed structures. Our data showed that Aβ (1-42) have critical role in the development of Alzheimer's disease آلزایمر, شبیه سازی دینامیک مولکولی, آمیلوئید بتا, انعطاف پذیری , شعاع ژیراسیون, سطح قابل دسترس حلال Alzheimer, Molecular dynamics simulation, Aβ, RMSD, Radius of gyration, Solvent Accessible Surface Area 43 50 http://ncmbjpiau.ir/browse.php?a_code=A-10-863-3&slc_lang=fa&sid=1 Sakineh Mansouri سکینه منصوری sf_mansori@yahoo,com 10031947532846006492 10031947532846006492 Yes Central Tehran Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran گروه شیمی دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران مرکزی Laila Habibi Fazi لیلا حبیبی فیضی 10031947532846006493 10031947532846006493 No Young Researcher, Central Tehran Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran گروه شیمی دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران مرکزی Zarrin Minuchehr زرین مینوچهر 10031947532846006494 10031947532846006494 No Department of Bioinformatics, National Institute of Genetic Engineering and Biotechnology Tehran, Iran, NIGEB 2. دپارتمان بیوانفوماتیک، پژوهشکده ملی مهندسی ژنتیک و بیوتکنولوژی