OTHERS_CITABLE فیلوژنی جدایه‌های اشریشیا‌کلی مؤثر در موارد کلی‌باسیلوز و سلولیت طیور گوشتی درشهربابک به‌روش Multiplex PCR سابقه و هدف: عفونت‌های ناشی از اشریشیاکلی در طیور انتشار جهانی دارد. سروتیپ­های O1، O2، O8، O35 و O78، اشریشیاکلی در ایجاد بیماری کلی‌باسیلوز نقش دارند. ژن‌هایی مانند F17، SFa، pap، aFa، fimH، CrL، iuc، bla، yja و chu به­عنوان فاکتور حدت اشریشیا به ­شمار می‌روند. هدف از مطالعه حاضر تعیین فیلوژنی جدایه‌های اشریشیا‌کلی دخیل در موارد کلی‌باسیلوز و سلولیت طیور گوشتی در شهربابک (استان کرمان) به­روش  Multiplex PCR بود. مواد و روش ­ها: از 117 نمونه اشریشیاکلی (83 نمونه کلی­ باسیلوزی و34 نمونه سلولیتی) جدا گردید. این نمونه‌ها به روش‌های بیوشیمیایی مورد بررسی و تأیید قرار گرفتند. یافته­ ها: جدایه‌های مربوط به موارد کلی‌باسیلوز متعلق­ به گروه‌های فیلوژنی، گروه  A (27/54 درصد)، گروه  B1 (22/7درصد)، گروه B2 (03/6 درصد) و گروه D (53/32 درصد) بودند. موارد سلولیت جدا شده متعلق­به سه گروه اصلی فیلوژنی A  (88/55 درصد)، گروهB1  (88/5 درصد) و گروه  D (24/38 درصد) تعلق داشتند. نتیجه­ گیری: آنالیز آماری ارتباط ویژه‌ای بین حضور ژن حدت crL و گروه‌های فیلوژنی A و D را در جدایه‌های حاصل از کلی‌باسیلوز نشان داد (05/0>P). نتایج مطالعه نشان داد که جدایه‌های هر دو بیماری در جوجه‌های گوشتی می‌تواند در گروه‌های فیلوژنی مختلف (به­طور عمده A) تقسیم­بندی شود. هم­چنین پروفایل ژن‌های حدت در اشریشیاکلی جدا شده از موارد سلولیت با پروفایل موارد کلی‌باسیلوز در این منطقه کامل متفاوت بود. http://ncmbjpiau.ir/article-1-1290-fa.pdf 2020-06-24 9 18 گروه فیلوژنی اشریشیاکلی کلی‌باسیلوز سلولیت ژن حدت IAU science. The phylogeny of Escherichia coli isolates involved in Colibacillosis and cellucitis in broiler chickens in shahrebabak by Multiplex PCR Technique Aim and Background: Escherichia coli infections in poultry have a word wide spread. Serotypies O1, O2, O8, O35, O78 Escherichia coli is involved in the development of generalized colibacillosis disease. Genes such as F17, Sfa, pap, afa, , fimH , crl , iuc, bla, yja, chu, are considered as an Escherichia coli acuity factoro. the aim of the present study were Phylogentic of Escherichia coli isolates involved in Colibacillosis and cellucitis in broiler chickens in shahrebabak(Kerman Province) by Multiplex PCR Technique  Material and methods: From 117 samples of Escherichia coli (83 colibacillosis samples and 34 cellulitis samples) were isolated. These samples were examined and confirmed by biochemical methods. Results: Colibacillosis isolates were belonged to A (54.27%), B1 (7.22%), B2 (6.03%) and D (32.53%) phylogroups. Where as, the isolates from cellulitis cases were belonged to three main phylogroups; A (55.88%), B1 (5.88%) and D (38.24%). Conclusion: Statistical analysis showed a specific association between the presence of crl virulence gene and Phylogrups of A and D (P<0.05) in colibacillosis isolates. The results showed that the isolates from both diseases in broiler chickens could be assigned to various phylogenetic groups (mainly A). Also, the virulence genes profile of cellulitis E.coli is completely different from that of colibacillosis in this region http://ncmbjpiau.ir/article-1-1290-en.pdf 2020-06-24 9 18 Escherichia coli colibacillosis phylogenetic group cellulitis virulence genes IAU science. Akbar Asadi Dr.asadi44@yahoo.com 1 ShahrBabak Branch Islamic Azad University, Shahrebabak, Iran AUTHOR Taghi Zahraei Salehi 2 Department of Microbiology, Faculty of Veterinary Medicine, University of Tehran, Tehran, Iran AUTHOR Reza Ghanbarpour 3 Department of Microbiology and Immunology ،Faculty of Veterinary Medicine ،Shahid Bahonar ،Kerman ،Iran AUTHOR navid asadi 4 Veterinary student of Bahonar university,kerman,Iran AUTHOR
OTHERS_CITABLE بررسی اثر حلال و روش استخراج بر مقدار ترکیبات فنولی و اثر آنتی اکسیدانی روغن دانه کتان Linum usitatissimum L.)) سابقه و هدف: کتان نوعی دانه مغذی است که به­دلیل داشتن ترکیب­هایی چون اسید چرب امگا 3 ، فیبر رژیمی، پروتئین و لیگنان می­تواند سبب جلوگیری از بیماری­های قلبی عروقی و سرطان شود . این مطالعه با هدف بررسی تأثیر روش استخراج روغن بر راندمان استخراج و میزان مواد فنلی و آنتی­اکسیدان انجام شد. مواد و روش ها: در این پژوهش دو نوع دانه کتان زرد و قهوه ­ای جهت استخراج روغن با روش پرس سرد و حلال (پترولیوم اتر و اتانول) مورد استفاده قرار گرفت و میزان بازده استخراج و ترکیب­های فنولی و آنتی ­اکسیدانی آن­ها، مقایسه گردید. یافته­ ها: نتایج نشان داد که استخراج روغن با روش پرس سرد از کتان زرد امکان­پذیر نبود و فقط کنجاله حاصل شد. بازده استخراج روغن برای کتان زرد و قهوه ­ای با استفاده از حلال اتانول به­ترتیب 55/0± 6/6 و15/1±3/42 و حلال پترولیوم اتر 98/0± 3/11 و 5/2 ± 03 /63 به­دست آمد. ارزیابی ترکیب­های فنولی کل و اثر آنتی­اکسیدانی روغن­های استخراج شده با حلال و پرس سرد نشان داد که مقدار ترکیب­های فنولی استخراج شده با روش پرس سرد نسبت­ به روش حلال، تفاوت معناداری وجود دارد و هم­چنین حلال اتانول و پترولیوم اتر نیز تفاوت معناداری در استخراج ترکیب­های فنولی دارند. نتیجه ­گیری: روش استخراج روغن بر میزان روغن استحصال شده بسیار مؤثر است. مقدار روغن موجود در تخم کتان قهوه­ای به­طور معنی­داری بیش­تر از تخم کتان زرد بوده ولی میزان ترکیب­های فنولی و آنتی­اکسیدانتی آن کم­تر از تخم کتان زرد است. http://ncmbjpiau.ir/article-1-1292-fa.pdf 2020-06-24 19 28 تخم کتان فعالیت آنتی‌اکسیدانتی پرس سرد استحصال روغن IAU science. Investigating the effect of solvent and extraction method on the amount of phenolic compounds and the antioxidant activity of flax (Linum usitatissimum L.) oil seed Aim and Background: Flax seed is a nutritive grain which can prevent cancers and cardiovascular diseases, due to compounds such as omega 3 fatty acid, dietary fiber, protein and lignan. The aim of this study was to investigate the effect of oil extraction method on extraction efficiency and the amount of phenolic and antioxidant substances. Materials and Methods: In this research two kinds of yellow and brown flaxseed were used for extraction of oil by cold press and solvent method (petroleum ether and ethanol) and extraction efficiency and phenolic and antioxidant compounds were compared. Results: The results showed that oil extraction was not possible with cold pressing method of yellow flax, and only meal was obtained. The yield of oil extraction for yellow and brown flax using ethanol were (6.6 ± 0.55 and 42.3 ± 1.15) and, for petroleum ether was (11.3 ± 0.98 and 63.03 ± 2.5) respectively. The evaluation of total phenolic compounds and the antioxidant effect of extracted solvents and cold press showed that there was a significant difference between the amount of phenolic compounds extracted by cold pressing method compared to the solvent method, as well as ethanol and petroleum ether solvents. The amount of phenolic compounds and antioxidant activity in yellow flax was higher than brown flax. Also, the amount of these compounds in the cold pressing method was higher than that of solvents. Conclusion: The type of oil extraction method is highly impacts on the yield of extracted oil from flaxseeds. Brown flaxseed has significantly more oil and less phenolic and antioxidants compounds compared to yellow flaxseed. http://ncmbjpiau.ir/article-1-1292-en.pdf 2020-06-24 19 28 Flax seed (Linum usitatissimum L.) Antioxidant activity Cold press Oil Extraction IAU science. Mohammad-karim Emadzadeh 1 Department of Nursing, Dehaghan branch, Islamic Azad University, Dehaghan, Iran. AUTHOR Aazam Aarabi aazam 9531@yahoo.com 2 Department of Food Science and Technology, Shahreza Branch, Islamic Azad University, Shahreza, Iran AUTHOR Farinaz Aarabi Nazhvani 3 Department of Food Science and Technology, Shahreza Branch, Islamic Azad University, Shahreza, Iran AUTHOR Mohsen Chiani 4 AUTHOR Mohammad Reza Mehrabi 5 Department of Nanobiotechnology, Pasteur Institute of Iran, Tehran, Iran AUTHOR
OTHERS_CITABLE بهینه سازی pH و غلظت گلوکز محیط کشت جهت افزایش تولید هیالورونیک‌اسید توسط سویه‌های Streptococcus equisimilis گروه‌های Cو G سابقه و هدف: هیالورونیک ­اسید بیوپلی­مری طبیعی و خطی است که به­ دلیل خصوصیت ویسکوالاستیک، ظرفیت بالای جذب آب و زیست­ سازگاری کاربردهای وسیعی در پزشکی، دارورسانی و صنایع آرایشی دارد. امروزه تولید صنعتی آن از طریق فرمنتاسیون سویه­ های استرپتوکوکی است. تحقیق کنونی گزارشی از غربالگری و بهینه­ سازی شرایط تولید هیالورونیک­اسید توسط سویه ­های استرپتوکوکی بالینی گرو ه ­های C و G جدا شده از بیماران ایرانی است. مواد و روش ­ها: یازده سویه استرپتوکوک اکوئیسیمیلیس(S.equisimilis)  شامل نه سویه گروه C و دو سویه گروه G شناسایی و تولید اولیه هیالورونیک ­اسید به­ روش کمپلسومتری با کاربازول تعیین شد و بر اساس نتایج سه سویه با بیش­ترین تولید جهت بهینه ­سازی انتخاب شدند. جهت تعیین pH بهینه، دوازده نقطه در دامنه 1/3-5/7 و غلظت گلوکز در یازده نقطه در دامنه 3/0تا 15 میلی­ گرم در میلی­ لیتر و در pH بهینه ارزیابی و بازده هیالورونیک­ اسید توسط سویه­ های منتخب تعیین شد.  یافته­ ها: میانگین غلظت هیالورونیک­اسید تولید شده در یازده سویه بالینی بین6/216 تا 7/729میکروگرم در میلی­ لیتر متغییر بود. سه سویه با بیش­ترین تولید شامل سویه ­های GCS-08،GGS-88 و GGS-132و میانگین غلظت هیالورونیک ­اسید به­ترتیب 0/573، 7/579 و 7/729میکروگرم در میلی ­لیتر جهت مطالعه­ های بهینه­سازی انتخاب شدند. pH بهینه و مقدار هیالورونیک­اسید برای هر سویه به­ترتیب (5/6  pHو 3/744)GCS-08 ، (8/4 pH و 9/598) GGS-88 و (8/6 pH و 8/1041)  GGS-132بود. کشت در محیط حاوی گلوکز با غلظت 15 میلی­گرم در میلی­لیتر باعث افزایش تولید هیالورونیک­اسید توسط سویه­ ها به­ ترتیب 6/1096GCS-08: ، 3/1234 GGS-88:و 6/ 1993GGS-13: میکروگرم در میلی­لیتر شد. نتیجه­گیری: نتایج نشان دهنده اثر معنی­دار pH و رابطه مستقیم غلظت گلوکز بر بازده هیالورونیک­اسید است که می­تواند باعث افزایش تولید تا 73/2برابر شود. شناسایی سویه تولید کننده در pH اسیدی 8/4 مزیتی برای تولید صنعتی هیالورونیک­اسید در شرایط غیر معمول است. http://ncmbjpiau.ir/article-1-1289-fa.pdf 2020-06-24 29 38 هیالورونیک‌اسید S.equisimilis فرمنتاسیون بهینه‌سازی گلوکز pH IAU science Optimization of pH and glucose concentration of culture media for enhancement of hyaluronic acid production by Streptococcus equisimilis group C and G Aim and background: Hyaluronic acid (HA) is a natural linear polysaccharide with excellent viscoelasticity, high water retention capacity and biocompatibility finding wide-range of application in medicine, drug delivery and cosmetics. Currently, microbial fermentation is used for industrial HA production. The present study reports screening and optimization of HA production by clinical Streptococcus equisimilis group C and G (GCS and GGS) isolates from Iranian patients. Materials and Methods: The 11 S.equisimilis strains including 9 GCS and 2 GGS were characterized and primary HA production was quantified by carbazol assay. Accordingly, three strains were selected for further optimization. The effect of pH on HA yields at 12 points ranging from 3.1-7.5 and glucose concentrations ranging from 0.3-15 mg/ml at 11 points at optimized pH were determined for selected strains. Results: The range of HA concentration among 11 strains was 216.6-729.7 µg/ml. The three higher producer strains including GCS-08, GGS-88 and GGS132 with an average production of 573.0, 579.7 and 729.7 µg/ml, respectively was selected. The HA concentrations at optimized pH of selected strains were (6.5, 744.3 µg/ml), (4.8, 598.9 µg/ml) and (6.8, 1041.8 µg/ml) respectively. Cultivation at 15 mg/ml of glucose led to increasing HA yield by GCS-08:1096.4, GGS-88:1234.3 and GGS-132:1993.6 µg/ml. Conclusion: The findings showed the significant effect of pH and direct correlation of glucose concentration on HA production that can increase the yield up to 2.73 folds. Identification of high producer strain at pH 4.8 would be an advantage for HA production under unusual condition at industrial scale. http://ncmbjpiau.ir/article-1-1289-en.pdf 2020-06-24 29 38 Hyaluronic acid Streptococcus equisimilis fermentation optimization glucose pH IAU science Fatemeh Khani 1 Basic science faculty, Islamic Azad University, Damghan Branch AUTHOR Malihe Keramati keramati.malihe@gmail.com 2 Department of Nano-Biotechnology, Pasteur Institute of Iran AUTHOR Banafsheh Kazemi 3 Basic science faculty, Islamic Azad University, Damghan Branch AUTHOR Zahra Amini Tehrani 4 Department of Nano-Biotechnology, Pasteur Institute of Iran AUTHOR Fereshteh Shahcheraghi 5 Microbiology Department, Pasteur Institute of Iran AUTHOR
OTHERS_CITABLE بررسی میزان بیان ژن‌GPR83 سلول‌های AGS ترانسفکت شده با وکتور نوترکیب pFLAG-CMV-3-tagD سابقه و هدف: عفونت هلیکوباکترپیلوری از عوامل اصلی ایجاد­کننده سرطان معده در انسان است. ژن tagD هلیکوباکترپیلوری که کد کننده آنزیم تیول پروکسیداز است، نقش مهمی در کلونیزه­شدن باکتری در جدار معده انسان ایفا می­کند. تحقیقات نشان داده است که ژن GPR83 در سرطان معده افزایش بیان دارند و هدف از این تحقیق بررسی میزان بیان ژن­ GPR83، در ﺳﻠﻮل­های ﺳﺮﻃﺎﻧﻲ آدﻧﻮﻛﺎرﺳﻴﻨﻮﻣﺎی ﻣﻌﺪه (adenocarcinoma gastric cell line[S1]  یا (AGS[M2]  ترانسفکت شده با وکتور نوترکیب pFLAG-CMV-3-tagD به­روش Real Time PCR[M3]  است. مواد و روش­ها: سلول­های AGS به کمک محلول لیپوفکتامین و با پلاسمید حامل ژن کد کننده tagD هلیکوباکتر پیلوری یا پلاسمید خالی (کنترل)، ترانسفکت شدند. سپس استخراج RNA از سلول­های کشت داده شده انجام شد و سنتز cDNA صورت پذیرفت و سپس بیان یوکاریوتی ژن tagD[M4]  هلیکوباکترپیلوری در سلول­های AGS با روش RT-PCR بررسی شد. میزان بیان ژن­های GPR83، با روش Real Time PCR ارزیابی گردید. لازم­به ذکر است که برای بررسی آپوپتوز از کیت انکسین استفاده شد و در نهایت با استفاده از نرم­افزار  SPSSو آزمون­های آماری t-test Indepent  بیان هر یک از ژن­ها بررسی شد. یافته­ ها: یافته­های به­ دست آمده از آنالیز بیان ژن نشان داد که بیان ژن GPR83 در سلول­های AGS تیمار شده با tagD نسبت­به سلول­های کنترل افزایش بیان داشت اما این افزایش بیان از لحاظ آماری معنی­دار نبود (P= 0.0888).   نتیجه­ گیری: به­ طور کلی، داده­های به­ دست آمده از این تحقیق حاکی از آن بود که بیان ژن­ GPR83 در سلول­های تحت تیمار با ژن tagD هلیکوباکترپیلوری[M5] ، تغییر می­یابد و به­نظر می­رسد که ژن GPR83 هلیکوباکترپیلوری در ایجاد این تغییر بیان نقش دارد. http://ncmbjpiau.ir/article-1-1298-fa.pdf 2020-03-29 39 48 هلیکوباکترپیلوری tagD GPR83 AGS IAU science Evaluation of GPR83 Gene Expression in AGS Cells Transfected with Pflag-CMV-3-TagD Recombinant Vector Aim and Background: Helicobacter pylori infection is a major cause of gastric cancer in humans. The Helicobacter pylori tagD gene, which encodes the thiol peroxidase enzyme, plays an important role in bacterial colonization in the human stomach wall. Research has shown that the GPR83 gene in gastric cancer increases expression, and the aim of this study was to investigate the expression of the GPR83 gene in AGS cells transfected with the recombinant pFLAG-CMV-3-tagD vector by Real Time PCR. Materials and methods: AGS cells were transfused using lipofactamine solution and plasmid carrying the tagD gene encoding Helicobacter pylori or empty plasmid (control). RNA extraction was then performed from cultured cells and cDNA synthesis was performed, and then the eukaryotic expression of Helicobacter pylori gene tagD in AGS cells was investigated by RT-PCR method. The expression of GPR83 genes was evaluated by Real Time PCR method. It should be noted that the enoxin kit was used to evaluate apoptosis, and finally the expression of each gene was evaluated using SPSS software and t-test Indepent statistical tests. Results: Results: The findings from gene expression analysis showed that the expression of GPR83 gene in AGS cells treated with tagD increased compared to control cells, but this increase in expression was not statistically significant (P = 0.0888). Conclusion: Overall, the data obtained from this study showed that GPR83 gene expression is altered in cells treated with the Helicobacter pylori tagD gene and seems to play a role in the expression of Helicobacter pylori http://ncmbjpiau.ir/article-1-1298-en.pdf 2020-03-29 39 48 Helicobacter pylori tagD GPR83 AGS IAU science. Fariba Heidari 1 Department of Biology, Faculty of Science, Shahrekord Branch, Islamic Azad University, Shahrekord, Iran AUTHOR Abbas Doosti abbasdoosti@yahoo.com 2 Biotechnology Research Center, Shahrekord Branch Islamic Azad University, Shahrekord, Iran AUTHOR
OTHERS_CITABLE سنتز سبز نانوذرات سیلیس از گیاه دم‌اسب (Equisetum telmateia Ehrh.) سابقه و هدف: با پیشرفت فناوری نانو و افزایش تقاضا، کاربردهای مختلفی برای نانوذرات به­ خصوص نانوذرات سیلیس توسعه یافته است. در نتیجه، تلاش برای یافتن منابع جدید برای تولید نانوذرات با حداقل هزینه و مشکلات زیست­محیطی همواره وجود دارد. در این پژوهش از گیاه دم­اسب (Equisetum telmateia Ehrh.) که در گروه گیاهانی با مقدار بالای سیلیس بیوژنیکی قرار دارد، به­منظور استخراج نانوذرات سیلیس استفاده شده است. مواد و روش‌ها: به­ همین منظور، خاکستر به­ دست آمده از این گیاه پس از فرآیند کلسینه کردن و مراحل متعدد اسیدشویی توسط روش­های مختلف مشخصه ­یابی مورد ارزیابی قرار گرفت. مورفولوژی ذرات سیلیس سنتز­شده توسط میکروسکوپ الکترونی روبشی (SEM)، ترکیب شیمیایی و ساختار کریستالی توسط پراش اشعه ایکس (XRD) و فلوئورسانس اشعه ایکس (XRF) تعیین گردید. هم­چنین، مساحت سطح ویژه ذرات نیز با استفاده از روش BET محاسبه شد. یافته‌ها: نتایج به­دست آمده نشان داد که پودر سیلیس نهایی از خلوص بالا (5/97 درصد)، ساختار آمورف، متوسط اندازه ذرات حدود 30 نانومتر و ساختاری متخلخل با مساحت سطح ویژه حدود /g2m 410 و با قطر حفرات 6/11 نانومتر برخوردار است. نتیجه ­گیری: بنابراین، خاکستر به­ دست آمده از گیاه دم­اسب را می­توان برای تولید نانوذرات سیلیس متخلخل با ویژگی­های کاربردی مناسب مورد استفاده قرار داد. http://ncmbjpiau.ir/article-1-1291-fa.pdf 2020-06-24 49 60 نانوذره‌ سیلیس سنتز سبز دم‌اسب IAU science. Green synthesis of silica nanoparticles from the horsetail (Equisetum telmateia Ehrh.) plant Aim and Background: Todays, the demand and application areas of nanoparticles, especially silica nanoparticles have been increased, progressively. Hence, there is always an effort to find new sources for producing nanoparticles with minimal cost and environmental problems. In this study, the horsetail plant which is categorized in the group of plants with high silica content has been used to synthesis silica nanoparticles. Materials and Methods: To do this, the ash obtained from this plant after the calcination process and several steps of acid leaching was characterized by different methods. The morphology, chemical composition, and crystal structure of the synthesized silica nanoparticles were investigated by the scanning electron microscopy (SEM), X-ray diffraction (XRD), and X-ray fluorescence (XRF) methods, respectively. Also, the specific surface area of the particles was determined by the BET technique. Results: The results showed that the synthesized silica powder had a high purity (97.5 %), amorphous structure, an average particle size of about 30 nm, and a porous structure with surface area of about 410 m2/g, and pore diameter of 11.6 nm. Conclusion: Therefore, the ash obtained from the horsetail plant can be used to produce porous silica nanoparticles with appropriate functional properties. http://ncmbjpiau.ir/article-1-1291-en.pdf 2020-06-24 49 60 Nanoparticle Silica Green Synthesis horsetail IAU science. Niloufar boromand 1 Faculty of Advanced Science and Technologies, University of Isfahan, Isfahan, Iran AUTHOR Mandana Behbahani ma_behbahani@yahoo.com 2 Faculty of Advanced Science and Technologies, University of Isfahan, Isfahan, Iran AUTHOR Ghasem Dini 3 Faculty of Advanced Science and Technologies, University of Isfahan, Isfahan, Iran AUTHOR
OTHERS_CITABLE تأثیر نوع پوشش نانوذرات دی اکسید تیتانیوم در میزان اثرگذاری آن‌ها: برهم‌کنش با DNA سابقه و هدف: در میان نانوذرات نیمه‌هادی، نانوذرات دی اکسید تیتانیوم (NPS TiO2) به­طور گسترده در صنایع نانوتکنولوژی و پزشکی مورد استفاده قرار گرفته‌اند. NPS TiO2 از راه­های مختلف سنتز می‌شوند. هدف از این مطالعه بررسی نقش نوع پوشش مورد استفاده در سنتز NPS TiO2 بر ایجاد تغییرهای ساختاری DNA است. مواد و روش‌ها: از طیف‌سنجی‌های‌ جذبی ماوراء بنفش (UV)، ‌فلورسانس و دورنگ نمایی دورانی (CD) به­همراه آنالیز پتانسیل زتا جهت بررسی تغییرهای ایجاد شده در ساختار DNA در هنگام افزودن NPS TiO2 حل شده در ماتریکس پراکنده اتیلن گلیکول، حاوی پایدارکننده HNO3 و بدون پوشش استفاده گردید. نتایج: مطالعات طیف‌سنجی UV، خاموشی فلورسانس و ثابت‌های اتصال نشان داد نانوذرات حل شده در ماتریکس پراکنده اتیلن گلیکول (M-1 105×2/2) در مقایسه با دو نانوذره دیگر (M-1 104×3/2 برای NPS TiO2 بدون پوشش ویژه و M-1 105×1/1 برای NPS TiO2 حاوی پایدارکننده HNO3)، می‌توانند برهم­کنش قوی‌تر با DNA داشته باشند و موجب تغییر ساختار DNA شوند. طیف‌سنجی CD نشان داد در حضور NPS TiO2 استکینگ بازهای DNA کاهش می‌یابد و مقدار پتانسیل زتا DNA در حضور NPS TiO2 حل شده در ماتریکس پراکنده اتیلن گلیکول کم­تر شده است (mV 60/24-). نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه نشان داد NPS TiO2 حل شده در ماتریکس پراکنده اتیلن گلیکول نسبت­به دو نوع نانوذره دیگر برهم­کنش قوی‌تری با DNA دارد. بنابراین نوع پوشش انتخابی در هنگام سنتز NPS TiO2 در میزان برهم­کنش نانوذرات با DNA حیاتی است و توجه به این نکته در طراحی‌ نانوداروها و درمان سرطان بسیار مهم است. http://ncmbjpiau.ir/article-1-1299-fa.pdf 2020-06-30 61 78 نانوذرات دی اکسید تیتانیوم (TiO2NPs) DNA طیف‌سنجی پتانسیل زتا سنتز IAU science The Effects of Titanium dioxide Nanoparticles Coatings in the extent of their Effectiveness: DNA Interaction Aim and background: Among semiconductor nanoparticles, the titanium dioxide nanoparticles (TiO2NPs) are being widely consumed in the nanotechnology industry and medicine. TiO2NPs are synthesized in various ways. The purpose of this study was to investigate the effect of coating in the synthesis of TiO2NPs on their ability to induce structural disorder in DNA. Materials and methods: Ultraviolet spectroscopy, fluorescence emission spectroscopy, circular dichroism (CD) spectroscopy, and zeta potential analysis were used to study the structural effects of DNA after interaction with TiO2NPs with ethylene glycol dispersion matrix, TiO2NPs contains HNO3 stabilizer and uncoated TiO2NPs. Results: The Ultraviolet spectroscopy, fluorescence quenching and binding constants indicated that TiO2NPs with ethylene glycol dispersion matrix interacted with TiO2NPs with a higher binding constant value (2.2Í105 M-1) compare with two other TiO2NPs (2.3Í104 M-1 for uncoated TiO2NPs and 1.1Í105 M-1 for TiO2NPs contains HNO3 stabilizer). The CD spectra indicated TiO2NPs have significant influence on the DNA base stacking. The zeta potential analysis showed the surface charge of DNA especially after the addition of TiO2NPs with ethylene glycol dispersion matrix (-24.60 mV) was reduced. Conclusion: This study showed that TiO2NPs with ethylene glycol dispersion matrix interact with DNA more strongly compared with two other TiO2NPs. This study indicated that the type of coating of TiO2NPs affects the DNA interaction and consequently the type of coating of nanoparticles is very important in designing nano-drugs especially for cancer treatment. http://ncmbjpiau.ir/article-1-1299-en.pdf 2020-06-30 61 78 titanium dioxide nanoparticles (TiO2NPs) DNA Spectroscopy Zeta Potential Synthesis IAU science Azadeh Hekmat hekmat@ut.ac.ir 1 Department of Biology, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran AUTHOR Kosar Mohsenpour 2 Department of Biology, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran AUTHOR Seyed Mohammad Atyabi 3 Department of Pilot Biotechnology, Pasteur Institute, Tehran, Iran AUTHOR Haleh Bakhshandeh 4 Nanobiotechnology Department, New Technologies Research Group, Pasteur Institute of Iran, Tehran, Iran AUTHOR
OTHERS_CITABLE شناسایی مولکولی لاکتوباسیل های جدا شده از پنیرهای سنتی شهرستان بندرعباس سابقه و هدف: لاکتوباسیل‌ها ارگانیسم‌هایی گرم‌مثبت، کاتالاز منفی، بدون اسپور و میله‌ای شکل هستند. تاکنون بیش از 90 گونه از این باکتری‌ها شناخته شده است. سوش‌های متعددی از لاکتوباسیل‌های پروبیوتیک در طیف وسیعی از محصولات غذایی انسان وجود دارد. شناسایی این باکتری‌ها در محصولات لبنی سنتی، امکان استفاده از آن­ها را در تولید فرآورده‌های لبنی صنعتی مطبوع‌تر فراهم می­آورد. انتخاب روش­های قابل‌اطمینان، برای شناسایی لاکتوباسیل‌ها از اهمیت خاصی برخوردار است. روش‌های بیوشیمیایی ‌وقت­گیر و ابهام‌آمیز هستند. روش‌های مولکولی، مناسب‌تر و دقیق‌تر بوده و می­توانند جایگزین روش­های قبلی شوند. هدف از این تحقیق، جداسازی لاکتوباسیل‌ها از فلور موجود در پنیر سنتی شهرستان بندرعباس و شناسایی آن­ها با استفاده از روش مولکولی PCR به­عنوان یک ابزار مؤثر در شناسایی سویه‌های جدا شده است. مواد و روش­ها: تعداد50 نمونه پنیر سنتی از شهرستان بندرعباس جمع­آوری و سویه‌های لاکتوباسیل توسط روش‌های فنوتیپی جدا شدند. برای شناسایی مولکولی آن­ها، از پرایمرهای s rRNA16 استفاده گردید. سپس محصول PCR جهت توالی­یابی به شرکت پویا ژن گستر ارسال شد. توالی‌های به‌دست‌آمده در بانک ژنی NCBI بلاست شدند. یافته­ها: در مجموع 3 سویه لاکتوباسیل شامل لاکتوباسیلوس پلانتاریوم (Lactobacillus plantarum)، لاکتوباسیلوس هلوتیکوس (Lactobacillus helveticus) و لاکتوباسیلوس مورینوس (Lactobacillus murinus) شناسایی شد. نتیجه­گیری: این سه سویه کیفیت محصولات لبنی این منطقه را تأمین نموده و پتانسیل کاربرد در محصولات تولید شده در صنعت را دارا هستند. http://ncmbjpiau.ir/article-1-1293-fa.pdf 2020-06-24 79 90 لاکتوباسیل پنیر s rRNA16 تعیین توالی PCR IAU science. Molecular identification of lactobacilli isolated from traditional cheeses of Bandar Abbas city Aim and background: Lactobacilli are Gram-positive, catalase-negative, non-spore forming, rod-shaped organisms. So far, more than 90 species of these bacteria have been identified. There are several strains of probiotic Lactobacilli in a wide range of human food products. Identification of these bacteria in traditional dairy products makes it possible to use them in the production of delicious industrial dairy products. The selection of reliable methods for the identification of Lactobacilli is of a particular importance. Biochemical methods are time consuming and ambiguous. Molecular methods are more appropriate and precise and can be a substitute for previous methods. The purpose of this study is the isolation of Lactobacilli from bacterial flora in Bandar Abbas traditional cheese and identification these bacteria by using PCR as an effective tool for the recognizing the isolated strains. Materials and methods: Fifty samples of traditional cheese were collected from Bandar Abbas and strains were obtained by phenotypic methods.16 s rRNA primers were used to identify their molecular identity. Then the PCR product was sent to Poya Gene Gostar for sequencing. Obtained sequences were blasted in NCBI GenBank. Results: 3 strains of Lactobacillus include Lactobacillus murinus, Lactobacillus helviticus and Lactobacillus planatrum were identified. Conclusion: These three strains improve the quality of dairy products in this area and can be used in products manufactured in the industry. http://ncmbjpiau.ir/article-1-1293-en.pdf 2020-06-24 79 90 Lactobacillus Cheese 16srRNA Sequencing PCR IAU science. Niloofar Bazarcheh Shabestari 1 Department of Microbiology, Kerman Branch, Islamic Azad University, Kerman, Iran AUTHOR Masoumeh Hajirezaei ma.hajirezaei@gmail.com 2 Department of Microbiology, Kerman Branch, Islamic Azad University, Kerman, Iran AUTHOR
OTHERS_CITABLE بهبود فعالیت و پایداری آنزیم OPH با استفاده از روش DNA شافلینگ سابقه و هدف: از جمله روش­های مؤثر برای مهندسی پروتئین، به­ویژه برای بهبود قابلیت­های سویه­ های صنعتی، روش ژنوم شافلینگ است. این مطالعه منطبق بر تکنیک­های مهندسی بیوکاتالیستی و بر اساس روش های DNA شافلینگ انجام شده است. مواد و روش­ها: سویۀ وحشی سودوموناس آئروژینوزا به­ شماره دسترسی JQ917006.1 تهیه گردید. سویه ­های جهش یافته به­روش DES و سازگاری با غلظت دیازینون بررسی شدند. پس از آماده سازی پروتوپلاست، برزدن ژنوم انجام شد که از کتابخانۀ جهش یافته حاصل شده بود. پروتوپلاست­های الحاقی از نظر فعالیت بررسی شدند. یافته­ها: فعالیت مربوط به سویه ­های IR1.G1، IR1.D8، IR1.D4 و IR1.D5 به­ ترتیب عبارتند از ۲۳۴/۰ U/ml، ۱/۰  U/ml، ۰۹۸/۰ U/ml و ۰۶۶/۰ U/ml و سویه­ های IRL1.F2 و IRL1.F3 و IRL1.F1 به­ترتیب دارای فعالیت mg/L ۵۴۱/۰، mg/L ۵۲۳/۰ و mg/L ۵۰۹/۰ هستند. نتیجه­ گیری: نتایج حاصل از ارزیابی نسل اول ژنوم شافلینگ (دور اول فیوژن پروتوپلاست) نشان داد که سویه ­های برخورده (شافل شده) که قادر به رشد در مجاورت توکسین (۳۰۰۰ میلی­ لیتر در لیتر غلظت دیازینون) بودند، فعالیت بهتری نسبت ­به سویه­ های جهش یافته با استفاده از هر دو روش (گرادیان غلظت سم و روش DES) را از خود نشان دادند. http://ncmbjpiau.ir/article-1-1294-fa.pdf 2020-06-27 91 102 ژنوم شافلینگ سویه‌های بهبود یافته مهندسی پروتئین دیازینون IAU science Improving the activity and stability of OPH enzyme using DNA Shuffling method Aim and background: One of the effective methods for protein engineering, especially for improving the capabilities of industrial strains, is the genome shuffling method. This study is based on biocatalytic engineering techniques and DNA shuffling methods. Materials and Methods: Pseudomonas aeruginosa wild strain was prepared under the access number JQ917006.1. Mutant strains were evaluated by DES method and compatibility with diazinon concentration. After the protoplast was prepared, the genome was mutated from the mutant library. Fused protoplasts were evaluated for activity. Results: The activities related to IR1.G1, IR1.D8, IR1.D4 and IR1.D5 strains are 0.234 U/ml, 0.1 U/ml, 0.098 U/ml and 0.066 U/ml, respectively, and IRL1.F2, IRL1.F3 and IRL1.F1 strains have activities of 0.541 mg/L, 0.523 mg/L and 0.509 mg/L, respectively. Conclusion: The results of evaluation of the first generation of genome shuffling (first round of protoplast fusion) showed that the shuffled strains that were able to grow in the presence of toxin (3000 ml/L diazinon concentration) had better activity than the obtained strain through both methods (toxin concentration gradient and DES method). http://ncmbjpiau.ir/article-1-1294-en.pdf 2020-06-27 91 102 Genome shuffling improved strains protein engineering diazinon IAU science. Morteza Mirzaei 1 Applied Biotechnology Research Center, Baqiyatallah University of Medical Sciences, Tehran, Iran AUTHOR Mona Rastegar Shariat Panahi 2 Department of Biochemistry, Payame Noor University, Tehran, Iran AUTHOR Enayat Ghahremani 3 Applied Biotechnology Research Center, Baqiyatallah University of Medical Sciences, Tehran, Iran AUTHOR Ehsan Rezae 4 Molecular Biology Research Center, Systems biology and poisonings Institute, Baqiyatallah University of Medical Sciences, Tehran, Iran AUTHOR Rezvan Seid Moradi 5 Applied Biotechnology Research Center, Baqiyatallah University of Medical Sciences, Tehran, Iran AUTHOR Gholamreza Farnoosh 6 Applied Biotechnology Research Center, Baqiyatallah University of Medical Sciences, Tehran, Iran AUTHOR Ali Mohammad Latifi amlatifi290@gmail.com 7 Applied Biotechnology Research Center, Baqiyatallah University of Medical Sciences, Tehran, Iran AUTHOR