---

سابقه و هدف: در تشخیص هپاتیت ناشی از ویروس هپاتیت B (HBV )، بکارگیری تکنیک های آزمایشگاهی حساس و اختصاصی همچون PCR ضروری است. روشهای سرولوژیکی موجود، قابلیت تشخیص سریع و دقیق آلودگی را نداشته درحالیکه روشهای نوین مولکولی مانند PCR ابزار کارآمدی برای ارزیابی میزان شیوع HBV می باشد. بروز نتایج متفاوت در آزمایشگاهها بدلیل استاندارد نبودن از معایب این تکنیک مولکولی قوی است. یکی از مهم ترین موانع در استفاده وسیع از تکنیک PCR تشخیصی، نداشتن اینرنال کنترل مناسب در اکثر تستهای PCR می باشد. هدف این مطالعه طراحی و ساخت اینترنال کنترل پلاسمیدی (IAC) جهت شناسایی ممانعت کننده ها در تست PCR ویروس هپاتیت B و کاربردهای بعدی در آزمایشگاه های تشخیصی است.

موارد و روش ها: در این مطالعه برای ساخت اینترنال کنترل داخلی، ابتدا پرایمرهای ویژه تست PCR، برمبنای ژن هدف HBsAg ویروس هپاتیت B، بهینه و سپس حساسیت و ویژگی مشخص شد. پرایمرهای مرکب (Composite Primer) برای IAC-HBV نیز طراحی و از طریق PCR تکثیر و سپس کلون گردید. تعداد حداقل IC در هر واکنش PCR از طریق رقیق سازی و همین طور طیف پاسخ PCR همراه با IC مورد بررسی قرار گرفت.

یافته ها: اندازه محصول تشخیصی HBV با پرایمرهای اختصاصی آن برابر با bp ۲۶۲ و محصولIAC-HBV برابر با ۶۶۰ جفت باز بود، که از نظر اندازه، اختلاف مطلوب را با هم دارند. تعداد حداقل IC در هر واکنش ۱۰۰۰ عدد تعیین شد. حداکثر حساسیت تست PCR همراه با IC برای DNA ویروس هپاتیت B تا شانزده میلیون پارتیکل ویروس مشخص گردید. در تست ویژگی با عوامل مختلف هیچ محصول ناخواسته ای مشاهده نشد.

نتیجه گیری : استفاده از یک اینترنال کنترل در تشخیص مولکولی ویروس هپاتیت B به عنوان کنترل داخلی، می تواند خطاها را شناسایی و باعث استاندارد شدن این تکنیک حساس شود.

---

سابقه و هدف : آلودگی لاین های سلولی و فراورده های بیولوژیکی یکی از مشکلات عمده تکنیک کشت سلولی می باشد. تشخیص سریع و دقیق آلودگی مایکوپلاسما قسمت مهمی از کنترل آزمایشگاه های کشت سلول است، وباید روشی در هر آزمایشگاه کشت سلول وجود داشته باشد. سلول های آلوده منتهی به نتایج غیر قابل اطمینان می شود، بنابراین نیاز به یک روش مطمئن در آزمایشگاه امری ضروری می باشد. واکنش زنجیره ای پلیمراز یک تکنیک سریع، حساس و با ویژگی بالا در تشخیص باکتریها به شمار می رود. هدف از این مطالعه بررسی کارآیی PCR در شناسایی آلودگیهای کشت سلول و سایر فرآورده های بیولوژیک است.

---

سابقه و هدف: هلیکوباکترپیلـوری (H.pylori) به عنوان یک عامل عمده خطـر زخم‌های معده و دوازدهه و سرطان معده شناخته شده است . روش های مختلفی برای تشخیص این میکروارگانیسم شناخته شده که متداول ترین آن ها به خصوص در بیمارانی که تحت آندوسکوپی قرار می گیرند، تست اوره آز سریع (RUT) می باشد ، اما این تست برای ایجاد نتایج مثبت و منفی کاذب بالقوه می باشد . لذا بکارگیری روشی سریع ، ساده و آسان اما با دقت بالا جهت تایید این تست در آزمایشگاه ها مورد نیاز می باشد . هدف این مطالعه ارزیابی ارزش تشخیصی تست اوره آز سریع در قیاس با روش ملکولی PCR در شناسایی هلیکوباکترپیلوری می باشد .

---

سابقه و هدف: Symbiodinium جلبک تک سلولی دو تاژکی است که با تعدادی از بی مهرگان هم زیستی دارد و تاکنون ۹ کلاد از آن با روش های مولکولی شناسایی شده است. کلادهای مختلف Symbiodinium خصوصیات فیزیولوژیکی متنوعی دارند که می‌توانند تأثیرات متفاوتی بر دوام و بقای میزبان آن ها در برابر شرایط مختلف محیطی و موقعیت‌های جغرافیایی داشته باشند. در این تحقیق، کلادهای زوگزانتله هم زیست با مرجان های آبسنگ ساز در شرق جزیره کیش با نمونه های مورد بررسی در سال ۲۰۰۷ مقایسه گردیدند.
مواد و روش ها: از ۵ گونه مرجان Acropora arabiensis، Acropora downingi، Porites compressa ، Platygyra daedalea، Psammacora contigua، از عمق ۲ تا ۵ متری نمونه‌برداری انجام گرفت. بعد از جدا کردن بافت نرم حاوی Symbiodinium مرجان-ها توسط پمپ هوا، استخراج DNA به روش CTAB-Chloroform به منظور بررسی کلادها و زیرکلاد های Symbiodinium، با استفاده از ژن LSU (Large Subunit Ribosomal DNA) انجام شد. پس از انجام واکنش زنجیره ای پلیمراز، نمونه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ ها توالی‌یابی شدند.
یافته‌ها: نتایج تعیین ترادف ژنی نشان داد که هیچ تفاوتی بین کلادهای به دست آمده و کلادهای گزارش شده در سال ۲۰۰۷ وجود ندارد. هیچ یک از گونه های مرجانی بررسی شده تغییر و جابجایی در جوامع هم زیست خود ایجاد نکرده‌اند.
نتیجه‌گیری: با توجه به عمق کم و شرایط سخت در ناحیه شرقی جزیره کیش، حضور کلاد D ممکن است یک پاسخ سازشی یا اقلیمی شدن به شرایط محیطی غالب در منطقه باشد.

---

سابقه و هدف: فوزاریوم سولانی می تواند به صورت توام در کراتیت های هرپتیک حضور یابد. به علاوه نمای بالینی این دو کراتیت به علت تشابه، باعث خطای تشخیص تمایزی می شود. هدف این مطالعه تشخیص حضور فوزاریوم سولانی در نمونه های مشکوک به کراتیت هرپتیک به عنوان عامل اصلی یا عفونت همراه می باشد.
مواد و روش ها: ۱۰۰ نمونه DNA استخراج شده، از موارد بالینی مشکوک به کراتیت هرپتیک (شامل ۶۵ نمونه منفی از نظر عفونت HSV ، و ۳۵ نمونه مثبت) انتخاب گردید. به منظور تشخیص فوزاریوم سولانی در این نمونه ها، تست PCR با پرایمرهای اختصاصی f‏fuso۱ و rfuso۲ و ژن هدف سیتوکروم بی میتوکندریایی با محصول bp ۳۳۰ بهینه گردید. ویژگی و حساسیت تست مورد ارزیابی قرار گرفت و محصول PCR به روش T/A Cloning کلون گردید.
یافته ها: در میان ۶۵ نمونه منفی از جهت HSV ، دو نمونه از نظر فوزاریوم سولانی مثبت بوده و محصول bp ۳۳۰ در آن ها تکثیرشد. حساسیت تست در حد یک کپی از DNA فوزاریوم سولانی و ویژگی آن ۱۰۰% تعیین گردید.
بحث: نتایج تست PCR نشان داد که برخی از کراتیت های مشکوک به هرپتیک، ناشی از فوزاریوم سولانی می باشد.
نتیجه گیری: تشخیص دقیق عامل اتیولوژیک در موارد تشابه نمای بالینی و نیز در عفونت های توام از طریق روش های مولکولی میسر است.

---

سابقه و هدف : باکتری لیستریامونوسایتوژنز به عنوان یک عامل بیماریزای قابل انتقال از طریق مواد غذایی و مسئول ایجاد بیماری در انسان شناخته شده است. این باکتری عامل مننژیت، سقط جنین و مسمومیت غذایی در انسان است. سس های صنعتی به عنوان یک ماده غذایی پرطرفدار روز به روز مصرف بیشتری در بین عامه مردم پیدا کرده اند. این ماده غذایی، بستر مناسبی برای ایجاد مسمومیت های غذایی می باشد.  بنابراین آلودگی با  لیستریامونوسیتوژنز تهدیدی برای سلامتی به ویژه افراد با سرکوب سیستم ایمنی محسوب میگردد. هدف از این مطالعه تشخیص سریع ملکولی لیستریامونوسایتوژنز در سس های صنعتی سرد ایران است.
 
مواد و روش ها : تعداد ۲۵ نمونه از سس های صنعتی از بازار ایران جمع آوری گردید. DNA نمونه ها به روش استاندارد فنل/ کلروفرم استخراج شد. تست PCR  تشخیص لیستریامونوسایتوژنز با استفاده از پرایمرهای اختصاصی بهینه و از جهت ویژگی و حد تشخیص (LOD) بررسی شد. همه نمونه ها از جهت حضور لیستریامونوسایتوژنز با استفاده از تست بهینه PCR  مورد ارزیابی قرار گرفتند.
 
یافته ها : تست PCR بهینه و محصول ۲۲۶ bp در ژل آگاروز ۲% مشاهده شد. LOD تست در حد ۱۰ genome/reaction بدست آمد و در آزمون ویژگی به غیر از لیستریا مونوسایتوژنز با هیچ نمونه ای آمپلیکون مشاهده نگردید. از ۲۵ نمونه سس، ۴ عدد از نظر لیستریامونوسایتوژنز مثبت گردید.
 
نتیجه گیری: تکنیک PCR با استفاده از پرایمرهای اختصاصی، بسیار دقیق  و سریعترنسبت به متدهای سنتی برای تشخیص لیستریا مونوسایتوژنز عمل می نماید. نتایج این پژوهش نشان میدهد که تکنیک PCR روشی مناسب جهت پایش میکروارگانیسم ها در مواد غذایی همچون سس ها می باشد.

---

سابقه و هدف: آرتریت باکتریایی یکی از انواع آرتریت­های شناخته شده است که به­سرعت باعث تخریب مفاصل می­شود. از بین باکتری­های مولد آرتریت عفونی، مایکوباکتریوم تربرکلوزیس (MTB) یکی از باکتری­هایی است که می­تواند به­طور نادر ایجاد کننده این عارضه باشد. هدف از این مطالعه بررسی وجود مایکوباکتریوم تربرکلوزیس در مایع مفصلی بیماران مبتلا به آرتریت از طریق روش PCR است.
مواد و روش­ها: این مطالعه بر روی مایع مفصلی ۷۰ بیمار مراجعه کننده به بیمارستان شریعتی تهران که دچار آرتریت بوده ­اند صورت گرفت. DNA از مایع مفصلی این ۷۰ بیمار با روش فنل کلروفرم استخراج شد. پرایمر، برای ژن هدف IS۶۱۱۰ انتخاب و بعد از تأیید حساسیت و اختصاصیت، تست PCR بهینه بر روی نمونه‌ها انجام و مورد ارزیابی قرار گرفتند.
یافته­ ها: تست PCR بهینه و آمپلیکون bp ۳۱۷ به­وسیله آگاروزژل الکتروفورز %۵/۱ مشاهده گردید. حد تشخیص تست ۱۰۰ و با ویژگی صد درصد ارزیابی گردید. DNA مایکوباکتریوم توبر کلوزیس در ۴ نمونه مایع مفصلی بیماران مبتلا به آرتریت (%۷/۵) دیده شد.
نتیجه­ گیری: اولین قدم در درمان بیماری، تشخیص درست و سریع آن است. مایکوباکتریوم توبرکلوزیس مشخصه­هایی از قبیل رشد کند دارد که شناسایی این باکتری را از طریق کشت و تست­های بیوشیمیایی مشکل و طاقت فرسا می­کند. نتایج این مطالعه مؤید آرتریت‌های مایکوباکتریوم توبرکلوزیس موجود است که تشخیص سریع و به­موقع آن­ها از طریق PCR امکان درمان صحیح آن­ها را مهیا می­نماید.
 

---

سابقه و هدف: عفونت های باکتریایی سیستم تناسلی، از عوامل شایع ناباروری می باشند. یکی از مهم ترین علت های ناباروری مردان، عفونت های مایع منی و مجاری تناسلی است. در این میان، طیف وسیعی از باکتری ها، با درجه های مختلف، در ایجاد ناباروری در مردان نقش دارند. هلیکوباکترپیلوری ممکن است باعث ناباروری در مردان شود، زیرا به طور معنی داری آنتی بادی های ضد این باکتری در مایع تناسلی بیماران نابارور یافت شده است. هدف بررسی حضور هلیکوباکترپیلوری در مایع منی مردان نابارور با روش سریع مولکولی PCR و تعیین درصد آن است.
مواد و روش ها: جمع آوری ۱۰۰ نمونه مایع منی (Semen) از بیمارستان صارم و استخراج DNA از این نمونه ها به روش DNG_PLUS Boiling/ صورت گرفت. تست PCR بر روی DNA استخراج شده از نمونه ها انجام گرفت. هم چنین تست بهینه شده از نظر حساسیت و اختصاصیت مورد بررسی قرار گرفت.
یافته ها: تست PCR بهینه و آمپلیکون bp ۲۹۴ با استفاده از پرایمر های اختصاصی هلیکوباکترپیلوری تکثیر شدند. در بررسی تست ویژگی، پرایمر ها فقط با DNA هلیکوباکترپیلوری باند ایجاد کردند و با DNA سایر میکروارگانیسم ها باندی ایجاد نشد. میزان حد تشخیص تستCopy/reaction ۱۰ اندازه گیری شد. از ۱۰۰ نمونه مورد بررسی، ۱۰ نمونه (۱۰%) مثبت گردید.
نتیجه‌گیری: با توجه به نتایج حاصل از این مطالعه، هلیکوباکترپیلوری از عوامل باکتریایی است که ممکن است در زمینه بخشی از ناباروری آقایان در نظر گرفته شود، که البته نیاز به مطالعه بیشتری دارد. هم چنین روش PCR روش مولکولی مناسب، سریع و حساس نسبت به روش های سنتی برای تشخیص هلیکوباکترپیلوری در مردان نابارور است.
 

---

چکیده
سابقه و هدف: ویروس هرپس سیمپلکس نوع ۲(HSV-۲ ) از مهم­ترین ویروس­های بیماری­زای انسانی است. این ویروس باعث تبخال تناسلی شده و در زنان ممکن است باعث سقط جنین، عوارض بارداری و کاهش باروری شود. هدف این مطالعه تشخیص سریع HSV-۲ در سقط­های ایدیوپاتیک به­روش مولکولی PCR است.
مواد و روش­ ها: ۵۰ نمونه سرم خون زنان با سقط­های ایدیوپاتیک جمع­ آوری و به آزمایشگاه منتقل گردید. آزمون PCR با استفاده از DNA سوش استاندارد HSV-۲ بهینه و سپس حد تشخیص (LOD) و ویژگی تست با استفاده از DNA عوامل مختلف بررسی گردید. آزمون استاندارد با استفاده از کنترل مثبت و منفی بر روی نمونه ­ها انجام و نتایج به­روش آگاروز ژل الکتروفورز بررسی گردید.
یافته ­ها: تست PCR بهینه و محصول bp ۲۳۱ در ژل آگاروز مشاهده گردید. در آزمون ویژگی فقط با DNA ی  HSV-۲نتایج مثبت حاصل و همین­ طور حد تشخیص  Copy/Reaction۱۰به­ دست آمد. از ۵۰ نمونه مورد بررسی، ۹ نمونه (۵/۴ %) مثبت گردید.
نتیجه­ گیری: سقط ­های ایدیوپاتیک، سقط­ هایی هستند که به­ ظاهر عامل مشخص ندارند. اما به­ طور مشخص عوامل متعددی از جمله عوامل عفونی که شناسایی آن­ها مشکل است، می ­توانند موجب سقط جنین گردند. یکی از این عوامل می ­تواندHSV-۲  باشد. نتایج این مطالعه مشخص کرد که در این نوع سقط­ ها HSV-۲ یکی از عوامل مهم است و با آزمون­ هایی مانند PCR به ­سرعت می­توان، HSV-۲ را شناسایی نمود.

---

سابقه و هدف: سایتومگالوویروس (CMV) انسانی از اعضای خانواده ی هرپس ویروس ها است که از علل اصلی عفونت ویروسی داخل رحمی  می باشد. هدف این مطالعه  بررسی تشخیص CMV در زنان با سقط های ایدیوپاتیک توسط تکنیک واکنش زنجیره پلیمراز (PCR)  می باشد.
مواد و روش ها: ۵۰ نمونه خون از زنان مبتلا به سقط های ایدیوپاتیک جمع آوری و توسط کیت تجاری   DNG-Plus ژنوم  ویروسی استخراج گردید. تکنیک PCR با استفاده از ژنوم سویه استاندارد CMV بهینه سازی شد و سپس تعیین حد تشخیص (LOD) و اختصاصیت آزمایش با استفاده از ژنوم های غیر از CMV مورد ارزیابی قرار گرفت. تکنیک PCR بهینه شده بر روی نمونه ها و کنترل های مثبت و منفی انجام شد و نتایج توسط روش الکتروفورز ژل مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت.
یافته ها: با استفاده از تکنیک PCR بهینه شده، محصول ۲۵۷ جفت بازی در ژل آگاروز مشاهده گردید. در آزمون تعیین اختصاصیت، نتایج مثبت فقط با ژنوم CMV  حاصل شد و همینطور حد تشخیص ۱۰۰کپی در هر واکنش بدست آمد. در نهایت، از ۵۰ نمونه ی مورد بررسی، دو نمونه از نظر وجود CMV مثبت گردید.
نتیجه گیری: سقط های ایدیوپاتیک، سقط هایی هستند که ظاهرا عامل مشخص ندارند. اما مشخصا عوامل متعددی از جمله عوامل عفونی که شناسایی آنها مشکل می باشد می توانند موجب سقط جنین گردند. یکی از این عوامل می تواند CMV باشد و نتایج این مطالعه مشخص کرد که بهتراست در این نوع سقط ها توسط آزمون های مولکولی مانند PCR به سرعت، CMV را جستجو و شناسایی نمود.