دوره 14، شماره 55 - ( 4-1403 )
جلد 14 شماره 55 صفحات 82-73 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Gholipour A, Bagheri Moghaddam M, Malakootian M, Oveisee M. Bioinformatics analyzing of genes expression alterations in peripheral blood monocyte cells of osteoarthritis patients. NCMBJ 2024; 14 (55) :73-82
URL: http://ncmbjpiau.ir/article-1-1683-fa.html
URL: http://ncmbjpiau.ir/article-1-1683-fa.html
قلی پور اکرم، باقری مقدم ماهرخ، ملکوتیان مهشید، اویسی مازیار. بررسی بیوانفورماتیکی پروفایل تغییرات بیان ژنی در سلولهای مونوسیت خون محیطی بیماران مبتلا استئوآرتریت. مجله تازه هاي بيوتكنولوژي سلولي و مولكولي. 1403; 14 (55) :73-82
گروه ارتوپدی، عضو هیات علمی دانشگاه علوم پزشکی بم، بم، ایران ، Maziar.oveisee@gmail.com
چکیده: (150 مشاهده)
سابقه و هدف: استئوآرتریت (OA) شایع ترین بیماری مزمن مفصلی در جهان و علت اصلی اختلال حرکتی در افراد مسن میباشد. با توجه به مشخص نبودن مسیرهای پاتوژنز دقیق مولکولی بیماری استئوآرتریت، تشخیص زود هنگام و درمان موثر برای OA چالش برانگیز است. بنابراین، یکی اهداف کلیدی و مهم بررسی بیماری OA در این مطالعه، شناسایی نشانگرهای زیستی حساس میباشد که با توجه به دست یابی و در دسترس تر بودن نمونه خون محیطی شناسایی بیومارکرهای حساس تشخیصی OA در خون محیطی برای کاربردهای بالینی بسیار ارزشمند و موثر است. مطالعه حاضر با هدف یافتن ژن های با بیان متفاوت و معرفی بیومارکر مولکولی قابل اعتماد برای OA به صورت بیوانفورماتیکی انجام شد.
مواد و روشها: مجموعه داده های ریزآرایه به شماره GSE48556 از پایگاه داده GEO به دست آمد. تجزیه و تحلیل بیان افتراقی بین گروه OA و نرمال با استفاده از GEO2R انجام شد و ژنهای دارای تفاوت بیان با بررسی پارامترهای آماری 05/0 adj.p.vau< و 1/0logFC# در طی آنالیز بیوانفورماتیکی جداسازی شدند، سپس مسیرهای سیگنالینگ و آنالیز GO ژنهای جداسازی شده با استفاده از پایگاه های داده Enrichr تعیین شد. در ادامه ژنهای دارای بیشترین تغییر بیان معرفی شد و برای احتمال بیومارکر بودن ژن با بیشترین تغییر بیان آنالیز منحنی ROC در نرم افزار GraphPad_Prism_8.0.1 انجام شد.
یافته‌ها: نتایج بیوانفورماتیکی بیان ژن نشان داد که 1515 ژن دارای تفاوت بیان معنادار بودند. از این تعداد 657 ژن افزایش بیان و 858 ژن کاهش بیان معنی دار را نشان دادند. تجزیه و تحلیل مسیرهای سیگنالینگ نشان داد که مسیرهای پروتئازوم ، مسیر سیگنالینگ کموکاین و مسیر سیگنالینگ FoxO در این بیماری اهمیت دارند. همچنین مشخص شد که ژن SRSF10 بیشترین کاهش بیان را دارد و آنالیز منحنی ROC نشان داد این ژن میتواند با حساسیت و دقت بالایی توانایی تمایز افراد مبتلا به OA را از افراد سالم داشته باشد زیرا، با استفاده از میزان بیان ژن بدست آمده در بررسی با GEO2R و همچنین آنالیز منحنی ROC در نرم افزار GraphPad_Prism_8.0.1 میزان حساسیت و دقت تعیین شد.
نتیجه‌گیری: در مجموع، داده‌های ما نشان داد که ژنها می توانند به عنوان نشانگرهای زیستی جدید با سودمندی بالقوه در تشخیص OA عمل کنند و به عنوان بیومارکرهای مولکولی جدید برای تشخیص این بیماری در نظر گرفته شوند. در این راستا کاهش بیان ژن SRSF10 احتمالا میتواند یک نشانگر زیستی برای شناسایی بیماری OA در سلولهای PBMC باشد که بایستی به صورت آزمایشگاهی تایید شود.
مواد و روشها: مجموعه داده های ریزآرایه به شماره GSE48556 از پایگاه داده GEO به دست آمد. تجزیه و تحلیل بیان افتراقی بین گروه OA و نرمال با استفاده از GEO2R انجام شد و ژنهای دارای تفاوت بیان با بررسی پارامترهای آماری 05/0 adj.p.vau< و 1/0logFC# در طی آنالیز بیوانفورماتیکی جداسازی شدند، سپس مسیرهای سیگنالینگ و آنالیز GO ژنهای جداسازی شده با استفاده از پایگاه های داده Enrichr تعیین شد. در ادامه ژنهای دارای بیشترین تغییر بیان معرفی شد و برای احتمال بیومارکر بودن ژن با بیشترین تغییر بیان آنالیز منحنی ROC در نرم افزار GraphPad_Prism_8.0.1 انجام شد.
یافته‌ها: نتایج بیوانفورماتیکی بیان ژن نشان داد که 1515 ژن دارای تفاوت بیان معنادار بودند. از این تعداد 657 ژن افزایش بیان و 858 ژن کاهش بیان معنی دار را نشان دادند. تجزیه و تحلیل مسیرهای سیگنالینگ نشان داد که مسیرهای پروتئازوم ، مسیر سیگنالینگ کموکاین و مسیر سیگنالینگ FoxO در این بیماری اهمیت دارند. همچنین مشخص شد که ژن SRSF10 بیشترین کاهش بیان را دارد و آنالیز منحنی ROC نشان داد این ژن میتواند با حساسیت و دقت بالایی توانایی تمایز افراد مبتلا به OA را از افراد سالم داشته باشد زیرا، با استفاده از میزان بیان ژن بدست آمده در بررسی با GEO2R و همچنین آنالیز منحنی ROC در نرم افزار GraphPad_Prism_8.0.1 میزان حساسیت و دقت تعیین شد.
نتیجه‌گیری: در مجموع، داده‌های ما نشان داد که ژنها می توانند به عنوان نشانگرهای زیستی جدید با سودمندی بالقوه در تشخیص OA عمل کنند و به عنوان بیومارکرهای مولکولی جدید برای تشخیص این بیماری در نظر گرفته شوند. در این راستا کاهش بیان ژن SRSF10 احتمالا میتواند یک نشانگر زیستی برای شناسایی بیماری OA در سلولهای PBMC باشد که بایستی به صورت آزمایشگاهی تایید شود.
نوع مطالعه: مقاله پژوهشی |
موضوع مقاله:
فیزیولوژی
دریافت: 1403/5/23 | پذیرش: 1403/4/10 | انتشار: 1403/4/10
دریافت: 1403/5/23 | پذیرش: 1403/4/10 | انتشار: 1403/4/10
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
