ارتباط پلی مورفیسم های rs737008 در ژن PRM1 و
rs4780356 در ژن PRM2 با ناباروری ادیوپاتیک مردان ایرانی
الهام سیاسی *1، احمد ال یاسین2.
1- گروه ژنتیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه آزاد اسلامی ،واحد تهران شمال، تهران، ایران.
2- گروه ژنتیک پزشکی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری ،تهران ، ایران.
چکیده
سابقه و هدف: در روند اسپرماتوژنز پستانداران، پروتئینهای پروتامین با اتصال به DNA سر اسپرم، جایگزین هیستونها شده و سبب بلوغ اسپرم میشوند. تغییر در ژنهای کدکننده پروتامینها منجر به آسیب DNA اسپرم و در نتیجه ایجاد ناباروری در مردان میگردد. بنابراین هدف این تحقیق بررسی ارتباط دو پلیمورفیسم rs737008 در ژن PRM1 و rs4780356 در ژن PRM2 با ایجاد ازواسپرمی و الیگواسپرمی در مردان نابارور ادیوپاتیک ایرانی بود.
مواد و روشها: از نمونه خون 96 مرد نابارور ادیوپاتیک که ازواسپرم و اولیگو اسپرم بودند و 100 نفر گروه کنترل، استخراج DNA انجام گرفت. حضور دو پلیمورفیسم مورد مطالعه با روش PCR-RFLP بررسی شد .سپس نتایج با روش Sequencing تأیید شدند.
یافته ها: فراوانی آلل موتان A از پلیمورفیسم rs737008 در ژن PRM1 در مقایسه بین گروه بیمار با گروه کنترل متفاوت بود ولی با آنالیز آماری اختلاف معنیدار بین حضور این پلیمورفیسم بین گروه بیمار و کنترل مشاهده نشد (05/0 <P ). با ژنوتایپینگ حضور پلیمورفیسم rs4780356 در ژن PRM2، در هیچیک از گروه بیمار و کنترل مشاهده نشد.
نتیجه گیری: یافتههای این تحقیق مشخص نمود که ارتباطی بین حضور دو پلیمورفیسم rs737008 در ژن PRM1 و rs4780356 در ژن PRM2 با ایجاد ازواسپرمی و اولیگواسپرمی و در نتیجه ناباروری ادیوپاتیک جمعیت مردان ایرانی، وجود ندارد. مطالعههای بیشتر نیاز است تا نقش این دو پلیمورفیسم با ایجاد ناباروری ادیوپاتیک در مردان ایرانی مشخص گردد.
واژه های کلیدی: ناباروری مردان، پلی مورفیسم، ژنهای PRM1 و PRM2، PCR-RFLP.
مقدمه
ناباروری در میان 15 درصد زوجین در دنیا وجود دارد ولی در ایران این میزان از آمار جهانی بالاتر است و در حدود 50 درصد از موارد بهدلیل ناباروری در مردان[1] است. ناباروری مردان بهعنوان یک بیماری کمپلکس مطرح بوده که در بیش از نیمی از موارد بهعلل ناشناخته است و در 15 درصد موارد بهعلت ناهنجاریهای کروموزومی و تغییرهای ژنتیکی است (2،1). از سایر عوامل ناباروری میتوان به اختلال در تعداد، حرکت و مورفولوژی اسپرم و اختلالهای ساختمانی، عدم تعادل هورمونی و عوامل ژنتیکی که در روند اسپرماتوژنز دخالت دارند، اشاره نمود (1،2،3). عوامل ژنتیکی که تا به امروز مشخص شدهاند و در ناباروری مردان مؤثر هستند، عبارتند از: اختلالهای کرموزومی، بیماریهای تک ژنی، اختلال در میوز و اندوکرین (2،4). علیرغم تمام عوامل ذکر شده، 25% از مردان نابارور دارای آنالیز اسپرم غیرطبیعی هستند که هیچ اتیولوژی برای آنها شناسایی نشده است. این حالت را ناباروری ادیوپاتیک مردان مینامند، که با دلایل ژنتیکی متعددی مشخص میشود (4،5،6). از عوامل ایجاد کننده ناباروری ادیوپاتیک، که با بررسی کیفیت اسپرم مشخص شدهاند، میتوان به فاکتورهای ژنتیکی همچون ژنهای کروموزوم Y، ژن رسپتور اندروژن و ژنهای تنظیم کننده هورمونهای جنسی، تغییرهای اپیژنتیک و اشکال غیرمعمولIncRNA, miRNA, piRNA, RNAها که روی پروسه اسپرماتوژنز تأثیر میگذارند، اشاره نمود (1،2،5).
اسپرماتوژنز روند حیاتی برای تکامل اسپرم است که با تراکم هیستونهای هسته اسپرم کامل میشود. پروتئینهای پروتامین با جایگزین شدن بهجای هیستونها در مرحلههای تمایز هسته اسپرم در بلوغ سلولهای اسپرم نقش دارند. این پروتئینها غنی از اسید آمینههای آرژنین و سیستئین هستند، که برای تشکیل باندهای DNA و پلهای دیسولفیدی در هسته اسپرم و تجمیع در قسمت سر اسپرم مورد نیاز هستند (2،7،8). دسته اول پروتئینهای پروتامینی با ژنهای PRM کد میشوند. تمامی پستانداران دارای ژن PRM1 برای پروتامینها هستند اما انسان و موش علاوهبر آن، ژن PRM2 را نیز دارند. این ژنها در لوکوس مولتی ژنی در ناحیهای بهطول 28 کیلو باز روی کروموزوم 16 که در روند اسپرماتوژنز دخالت دارند قرار دارند و تغییر در آنها سبب ایجاد آزواسپرمی و اولیگواسپرمی در مردان میگردد. در تحقیقات گذشته مشخص شده است که بین حضور برخی پلیمورفیسمها و جهشها در ژنهای پروتامینها، با ناباروری مردان ارتباط وجود دارد. این ارتباط میتواند با اثرهای آن تغییرهای ژنتیکی بر روی روند اسپرماتوژنز و دخالت در تغییرها پس از ترجمه پروتئینهایی که در تشکیل اسپرم بالغ مؤثر هستند، همراه باشد. در نتیجه باعث ناباروری و پیامدهایی همچون تغییر در هورمونهای مردانه، ایجاد الیگواسپرمی یا ازواسپرمی، عدم توانایی ورود اسپرم به تخمک، انجام نپذیرفتن لقاح موفق و همچنین عدم رشد جنین (حتی در لقاح آزمایشگاهی) میگردد (8،9،10). مطالعهها روی انواع پروتامینها و نقشی که در روند اسپرماتوژنز دارند مشخص نموده است که تنظیمهای اپیژنتیک همچون تغییرها و بازاراییهای پروتئینهای هیستونی و نقش آنها بر عوامل رمدلینگ کننده کروماتینها میتواند در جایگزینی پروتامینها بهجای هیستونها در پروسه تجمیع هسته اسپرم و تشکیل سلولهای جنسی بالغ در روند اسپرماتوژنز تأثیرگذار باشد. همچنین وجود پروتامینها در بستهبندی صحیح کروماتین که بر عملکرد و حرکت اسپرم بالغ تأثیر دارد و نقش هیدرودینامیکی سر اسپرم که در حفظ اطلاعات ژنتیکی اسپرم مؤثر است ضروری هستند (3،8،10).
بنابراین بررسی مکانیسمهای مولکولی در خصوص جایگزینی پروتئینهای پروتامینی در هسته اسپرم میتواند مشخص کننده بیومارکرهای اپیژنتیکی برای شناسایی مردان نابارور بوده و با پتانسیل بالا در درمان این بیماران مطرح باشند. از این رو در این مطالعه به بررسی ارتباط بین حضور دو پلیمورفیسم rs737008 در ژن PRM1 و rs4780356 در ژن PRM2 و ناباروری ادیوپاتیک مردان ایرانی با روش PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) پرداخته شد و نتایج ژنوتایپینگ، با روش تعیین توالی (Sequencing) تأیید شدند.
مواد و روشها
نمونهگیری- در این تحقیق، 96 مرد نابارور که بهدلایل علل ناشناخته ژنتیکی، نابارور ادیوپاتیک تشخیص داده شده بودند و با کسب رضایتنامه و اگاهی افراد از مطالعه، برای نمونهگیری انتخاب شدند. این مردان دو زیر گروه، آزواسپرم که فاقد اسپرم و 77 نفر بودند و اولیگو اسپرم که دارای کمتر از پنج میلیون سلول اسپرم در میلیلیتر و 19 نفر بودند، را شامل میشدند که گروه بیمار بودند. آنان در گروه سنی 30 تا 45 سال قرار داشتند. گروه کنترل شامل 100 نفر از مردان بارور سالم بود، که درگروه سنی مشابه قرار داشتند و از نظر پارامترهای فیزیولوژی و ساختمانی و نتایج کاریو تایپینگ دارای حالت نرمال بودند و دارای حداقل یک فرزند بودند. برای نمونهگیری، از کلیه افراد 5 میلیلیتر خون محیطی در فالکونهای حاوی 500 میکرولیتر محلول آنتیکوالانت EDTA (با غلظت µM 10-1 و pH برابر با 6-4) و میزان 100 میکرولیتر به ازاء هر یک میلیلیتر خون محیطی گرفته شد. نمونههای خون تا زمان استخراج DNA از هسته گلبولهای سفید خون در دمای C˚20- نگهداری شدند.
انجام روشهای مولکولی برای بررسی حضور پلیمورفیسمهای rs737008 در ژن PRM1 و rs4780356 در ژن PRM2
استخراج DNA و کنترل کیفیت ژنوم استخراج شده- استخراج DNA ژنومیک از خون، با روش استخراج نمکی DNA انجام گرفت. بهمنظور ارزیابی کمیت و کیفیت DNAهای استخراج شده و آگاهی از غلظت و درجه خلوص آن، از دستگاه نانو دراپ و الکتروفورز روی ژل اگاروز استفاده شد.
انجام PCR و الکتروفورز محصول PCR - واکنش PCR برای تکثیر هریک از پلیمورفیسمهای مورد مطالعه، با مواد مورد نیاز و پرایمرها و برنامه دستگاه PCR که بهترتیب در جداول 1 و 2 و 3 آورده شده است، انجام گرفت. سپس صحت محصولات PCR با الکتروفورز روی ژل اگاروز و عکسبرداری با دستگاه ژل داک کنترل شد.
جدول 1- مواد مورد نیاز برای واکنش PCR
مواد مورد نیاز
|
حجم
(میکرولیتر) |
آب مقطر دونیزه |
19
|
بافر PCR
|
5/2 |
Mgcl2
|
1 |
dNTP
|
5/0 |
هر یک از پرایمرهای راست و چپ
|
5/0
|
DNA ژنومی نمونه مورد نظر |
2/1-1
|
آنزیم Taq پلیمراز
|
2/0
|
حجم نهایی
|
25
|
جدول 2- مشخصات پرایمرهای مورد استفاده در انجام PCR
نام ژن |
توالی پرایمرها |
رفرنس |
PRM1 |
F- cccctggcatctataacaggccgc R-tcaagaacaaggagagaagagtgg |
11 |
PRM2 |
F- ctccagggcccactgcagcctcag R- gaattgctatggcctcacttggtg |
11 |
جدول 3- برنامه PCR برای تکثیر پلیمورفیسمهای مورد مطالعه.
نام ژن |
مرحله دناتوره شدن دما – زمان |
مرحله اتصال آغازگر دما - زمان |
مرحله طویل شدن دما - زمان |
تعداد سیکل PCR |
طول قطعه تکثیر شده bp |
PRM1 |
°C94- 1دقیقه |
°C66-1دقیقه |
°C72-1دقیقه |
32 |
557 |
PRM2 |
°C94-45ثانیه |
°C70-45ثانیه |
°C72-45ثانیه |
32 |
599 |
جدول 4- قطعههای ناشی از هضم آنزیمی محصولهای PCR بهدنبال استفاده از روش RFLP
ژن |
پلیمورفیسم |
آنزیم |
سایت برش |
برش آللی |
طول PCR |
طول قطعات حاصل بعد از برش bp |
PRM1 |
Rs737008 |
Bstu I |
CG/CG |
آلل وحشی |
557 |
557 و 361 و 196 |
PRM2 |
rs4780356 |
Bsr I |
C/CAGT |
آلل وحشی |
599 |
599 و 400 و 199 |
تأیید صحت نتایج ژنوتایپینگ- برای تعیین سکانس و تأیید محصولات PCR-RFLP نمونههایی از هموزیگوت غالب و هموزیگوت مغلوب و هتروزیگوتها انتخاب شده و پس از خالصسازی با کیت سیناکلون، از طرف شرکت تکاپوزیست به کشور کره جنوبی (به شرکت بایونیر) برای تعیین توالی فرستاده شدند. تعیین توالی انجام شد و در نهایت بلاست انجام گرفت.
آنالیزهای آماری- برای آنالیز نتایج تحقیق از برنامه آماری SPSS و آزمون (Chi-square ) X2در سطح معنیدار 05/0 برای بررسی تفاوتهای فراوانی آللها استفاده شد.
یافته ها
نتایج نمونهها- گروه بیمار مردان نابارور ازواسپرم و اولیگواسپرم را شامل میشدند. این افراد توسط پزشک متخصص اورولوژی مورد بررسی قرار گرفتند. با انجام یک سری آزمایشهای اندرولوژی روی بیماران شامل بررسی تاریخچه پزشکی، معاینههای فیزیکی، آنالیز مایع سیمن، آنالیز هورمونی برای میزان LH, FSH، بررسی کاریوتایپ بیماران و در برخی موارد بیوپسی بیضه، مردان ناباروری که ادیوپاتیک تشخیص داده شدند، انتخاب شدند. نتایج دموگرافی افراد مورد مطالعه در جدول 5 آورده شده است.
نتایج ژنوتایپینگ برای تشخیص پلیمورفیسمهای rs737008 در ژن PRM1 و rs4780356 در ژن PRM2-برای بررسی دو پلیمورفیسم مورد مطالعه از تکنیک PCR – RFLP (هضم آنزیمی با آنزیمهای برش دهنده محصول PCR ) استفاده گردید. نتایج ژنوتایپینگ، حضور پلیمورفیسم rs4780356 در ژن PRM2، را در هیچیک از گروه بیمار و کنترل نشان نداد و برای پلیمورفیسم rs737008 در ژن PRM1 در مقایسه بین گروه بیمار با گروه کنترل آلل موتان A فراوانی متفاوت داشت و بهعنوان ریسک فاکتور مرتبط با ناباروری مطرح است. در شکل 1 نمونههایی از ژنوتایپهای هموزیگوتهای غالب CC و مغلوب AA و نمونههای هتروزیگوت CA در کنار مارکر مولکولی bp 100 آورده شده است که حاصل هضم آنزیمی محصول PCR با انزیم Bstu I بودهاند.
جدول 5- دموگرافی گروه بیمار و کنترل در این مطالعه
افراد مورد مطالعه |
گروه بیمار ازو اسپرم |
گروه بیمار اولیگواسپرم |
گروه کنترل سالم |
تعداد |
77 نفر |
19 نفر |
100 نفر |
گروه سنی |
(57/4 ± 04/37 ) 45-37 |
(57/4 ± 04/37 ) 45-37 |
(31/5 ± 92/37 ) 45-26 |
تعداد اسپرم |
صفر |
کمتر از 106×5 |
بیشتر از106×20 |
حرکت اسپرم |
فاقد حرکت |
فاقد حرکت |
بیشتر از 50% متحرک |
مورفولوژی اسپرم |
نامعمول و غیر طبیعی |
نامعمول و غیرطبیعی |
بیشتر از 30% طبیعی |