دوره 11، شماره 42 - ( 1-1400 )                   جلد 11 شماره 42 صفحات 9-17 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Hashemzadeh M, asareh zadegan dezfuli A, Afzal zadeh S. Isolation and identification of Nocardia species from bronchial lavage and sputum specimens of patients suspected of Nocardiasis using molecular method based on PCR sequence in Khuzestan province. NCMBJ. 2021; 11 (42) :9-17
URL: http://ncmbjpiau.ir/article-1-1368-fa.html
هاشم زاده محمد، عصاره زادگان دزفولی آرام، افضل زاده سارا. جداسازی و شناسایی گونه ‌های نوکاردیا از نمونه های شست وشوی برونش و خلط بیماران مشکوک به نوکاردیازیس با استفاده از روش مولکولی مبتنی بر توالی PCR در استان خوزستان. مجله تازه هاي بيوتكنولوژي سلولي و مولكولي. 1400; 11 (42) :9-17

URL: http://ncmbjpiau.ir/article-1-1368-fa.html


گروه بیماری‌های عفونی، بیمارستان آموزشی رازی، دانشگاه علوم پزشکی جندی شاپور اهواز ، ایران.
متن کامل [PDF 381 kb]   (85 دریافت)     |   چکیده (HTML)  (444 مشاهده)
متن کامل:   (70 مشاهده)

جداسازی و شناسایی گونه­‌های نوکاردیا از نمونه­های

 شست وشوی برونش و خلط بیماران مشکوک به

نوکاردیازیس با استفاده از روش مولکولی مبتنی­بر توالی

 PCR در استان خوزستان

محمد هاشم زاده1،2، آرام عصاره زادگان دزفولی1*، سارا افضل زاده3

1- گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی اهواز، اهواز، ایران

2- دانشگاه علوم پزشکی جندی شاپور اهواز، کمیته تحقیقات دانشجویی، دانشگاه علوم پزشکی جندی شاپور اهواز، اهواز، ایران

3- گروه بیماری­های عفونی، بیمارستان آموزشی رازی، دانشگاه علوم پزشکی جندی شاپور اهواز ، ایران.


چکیده

سابقه‌ و هدف: نوکاردیا عضوی از خانواده نوکاردیاسه است که54 گونه برای انسان بیماری­زا هستند. با توجه­به اینکه مطالعه­های کمی در خصوص شیوع نوکاریازیس در استان خوزستان انجام گرفته است هدف از انجام این مطالعه جداسازی و شناسایی گونه­‌های نوکاردیا از نمونه­های شست­وشوی برونش و خلط بیماران مشکوک به نوکاردیازیس با استفاده از روش مولکولی PCR در استان خوزستان است.

مواد و روش‌ها: در این بررسـی تعـداد 178 نمونه شست­وشوی برونش و 100 نمونه خلط از بیماران مشکوک به نوکاردیازیس در طی مدت 1سال جمع­آوری گردیده و به آزمایشگاه میکروب­شناسی شهر اهواز جهت شناسایی دقیق فرستاده شدند سپس از شناسایی از طریق PCR  ردیابی ژن­های 16 S rRNA، NG  و Betانجام گرفت و محصولات PCR  تعیین توالی گردید

یافته‌ها: در این مطالعه 278 نمونه شامل 178 نمونه شست­وشوی برونش و 100 نمونه خلط اخذ شده از بیماران مشکوک به نوکاردیوزیس مورد بررسی قرار گرفتند.. نتایج تعیین توالی نـشان داد که 27 مورد از نمونه­ها از نظر گونه­های نوکاردیا مثبت بود .از 7 نمونه شست­و شوی برونش، 6 مورد متعلـق­بـه گونـهN . Nova  و 1 مورد متعلق­به گونه farcinica..N  است. 20 نمونه مربوط به خلط و8 متعلق­به  N. cyriacigeorgica 4نمونه مربوط به farcinica..N 3 نمونه مربوط­به  N. asteroides و5 نمونه مربوط­به  N. nova بود.

نتیجه‌گیری: مطالعه حاضر نشان از توانای بالای روش مولکولی در تشخیص دقیق جنس و گونه نوکاردیا دارد و لزوم مطالعه بیش­تر این بیماری در مطالعه­های آینده بیش از پیش احساس می­شود. نوکاردیوزیس نباید به­عنوان یک بیماری غیرمعمول تلقی شود هم­چنین در مطالعه ما نشان داده شد که شاخص بالایی از از نظر شیوع بالینی به­خصوص در بیماران نقص ایمنی و بیماران ریوی و مبتلا به سل دارد.

واژه­های کلیدی: نوکاردیا، تعیین توالی،نوکاردیازیس، برونش، خلط، IAU science


 

ـــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــ

نویسنده مسئول:

دانشگاه علوم پزشکی جندی­شاپور اهواز، اهواز، ایران

پست الکترونیکی:  aramasareh836@yahoo.com

تاریخ دریافت: 18/12/1399

تاریخ پذیرش: 03/01/1400

مقدمه

 

نوکاردیا عضوی از خانواده نوکاردیاسه و از دسته اکتینومایست­های هوازی هستند که گرم مثبت، هوازی اجباری، کاتالازمثبت، غیرمتحرک، نیمه اسیدفست و کنـد رشـد بوده و در محیط­های کشت و بافت­ها اغلب تشکیل فیلامنت­هایی را تشکیل می­دهند که بـه عناصرکوکـسی و به شکل باسیل تبدیل می­شوند (1) .تـاکنون بـیش از 109 گونـه نوکاردیا شناسـایی شـده اسـت کـه 54 گونه برای انسان بیماری­زا هستند. از جمله مهم­ترین گونه­های بیماری­زا برای انسان : N. nova complex, N. abscessus complex, N. transvalensis complex N. farcinica, N. asteroides type VI (N. cyriacigeorgica), N. brevicatena/N. paucivorans complex است (2). این باکتری­های فرصت­طلب، در زیستگاه­های طبیعی مانند خاک، هـوا و آب حضورداشـــته و ســـبب ایجـــاد عفونـــت در قسمت­های مختلف بـدن و ایجـاد اشـکال بـالینی هم­چون عفونت­هـای تنفسـی، جلـدی، زیرجلـدی، جلـدی- لنفـاوی، مایسـتومایی، عصـبی و چشـمی می­گردند که اگر به­موقع تـشخیص داده و درمان نشود، در بدن پخش می­شوند و برای انسان کشنده خواهند بود (3،4). از آنجایی­که بیماران دچار نقص سیستم ایمنی، بـدخیمی­های هماتولوژیک، گیرندگان پیوند اعضاء، ایدز، مـصرف طـولانی مدت کورتیکواستروئیدها، الکلیـسم مـزمن و دیـابتی­هـا، دچـار کمبـود سـلول T هستـند، ایـن بیمـاران مـستعد ابـتلا بـه نوکاردیوزیس ریوی هستند (5). نوکاردیوزیس بیماری نگران­کننده جهانی است که سالانه 1000-500 مورد در ایالات متحده گزارش می­شود و میزان بروز آن در ایران مشخص نبوده و اغلب به­صورت موردی دیده می­شود (6). این بیماری می‌تواند ریه یا کل بدن (نوکاردیوز سیستمیک) را مبتلا کند. شایع‌ترین عوامل آن نوکاردیا آستروئیدس و نوکاردیا برازیلینسیس است. در بیماران مبتلا به نوکاردیوز مغزی، میزان مرگ و میر تا ۸۰٪ می‌رسد. در سایر اشکال بیماری، میزان مرگ و میر حتی درصورت درمان مناسب تا ۵۰٪ می‌رسد (7،8).

علائــم بــالینی و ویژگــی­هــای رادیولوژیــک نوکاردیوزیس ریوی شبیه بیماری سل ریوی است، اما پیـشرفت آن نسبت­به بیماری سل سریع­تر بوده و دوره بیماری چند مـاه است. ضایعه ریوی ناشی از نوکاردیوزیس ریوی موضعی و بـدون علائم بالینی همراه با آبسه و گـاهی بـه­صـورت پنومـونی دیـده  می­شود. دراغلب موارد، عفونت­هـای نوکـاردیوزیس بـه­علـت فقـدان علائم کلینیکی ویژه به­صـورت صـحیح و سـریع تـشخیص داده نمی­شود (9). روش­های تشخیصی مولکولی به­علت دارا بودن سرعت بالا جایگاه مهمی در تکنیک­های تشخیصی نوین دارند. کاربرد این تکنیک­ها در بیماری­هایی مانند نوکاریازیس از اهمیت خاصی برخوردار است.  PCR مبتنی­بر توالی یکی از مؤثرترین روش­ها برای شناسایی عفونت­های نوکاردیا است. این روش شامل تقویت DNA با پرایمرهای اختصاصی جنس است. در این روش، توالی نوکلئوتیدی ارگانیسم  با توالی­های مرجع مقایسه و شناسایی  می­شود (10). نوکاردیا باکتری کنـد رشـد بوده و برای شخیص سریع و دقیق آن و هم­چنین برای درمـان، از روش­های مولکولی که در مقایسه با کـشت از سـرعت، دقت، حساسیت و اختصاصیت بالاتری در شناسـایی گونـه­هـای نوکاردیا برخوردار هستند استفاده می­شود. با توجه­به این­که سل در ایران اندمیک است و تحت کنترل است اما به­خاطر همسایگی ایران با کشورهای همسایه در چند سال اخیر جنگ را تجربه کرده­اند باز هم احتمال ورود آن از مرز‌ها وجود دارد و با توجه­به این‌که سل از راه تنفس سرایت می‌کند کسانی که واکسن آن را دریافت کرده‌اند نیز بین 3 تا 80 درصد در معرض ابتلا به آن قرار دارد. با توجه­به این­که مطالعه­های کمی در خصوص شیوع نوکاریازیس در استان خوزستان انجام گرفته است هدف از انجام این مطالعه جداسازی و شناسایی گونه­‌های نوکاردیا از نمونه­های شست وشوی برونش و خلط بیماران مشکوک به نوکاردیازیس با استفاده از روش مولکولی PCR در استان خوزستان است.

مواد و روش­ها

در این بررسـی تعـداد 178 نمونه شست­وشوی برونش و 100 نمونه خلط از بیماران مشکوک به نوکاردیازیس در طی مدت از بهمن 1398 تا شهریور 1399 از شهرهای مختلف استان خوزستان شامل (اهواز، دزفول، مسجد سلیمان، لالی، امیدیه، آبادان ) جمع­آوری گردیده و به آزمایشگاه میکروب­شناسی شهر اهواز جهت تأیید و شناسایی دقیق فرستاده شدند.

روش اســتخراج DNA

 برای استخراج DNA  اسید نوکلوئیک از کیت کیاژن (QlAamp DNA Mini Kit-QIAGEN) استفاده شد.از سـویه اسـتانداردN. brasiliensis PTCC1422  تهیـه شـده از سـازمان پژوهـش­های علمـی صـنعتی ایـران بـه­عنوان کنترل مثبت استفاده گردید. هم­چنین غلظت DNA استخراج شده با دستگاه اسپکتروفوتومتر (Eppendorf,Germany) با طول موج ۲۶۰ نانومتر اندازه­گیری گردید.

تکثیر DNA استخراج شده از طریق PCR برای ردیابی ژن های 16 S rRNA، NG  و Bet

در این روش بــه منظــور شناســایی عوامــل نوکاردیوزیس همراه با هاوسکیپینگ ژن خانه دار در نمونـه هـای بـرونش از PCR بــا پرایمرهــای شــناخته شــده و اختصاصی جـنس نوکاردیـا شـامل پرایمرهـای NG1 و NG2 بــرای تکثیــر قطعــه 598 جفــت بــاز از ژن16 S rRNA و پرایمرهای BetF و BetR برای تکثیر قطعه 204 جفـت بـازی ژن بتا اکتین موجود در نمونه هـای بـالینی اسـتفاده شـد (11،12)(جدول 1)

 

جدول 1- پرایمر های مورد استفاده در این مقاله

رفرنس 12

bp 1500

(5′- AGA GTC CAT CMT GGC TCA A-3′)

(5′-AAG GGG AGG TGW TCC ARC G-3′)

16 S rRNA

رفرنس 6

bp 204

5'-CTCAGGAGGAGCAATGATCTTG-3'

5' -CTGGGCATGGAGTCCTGTGG-3'

BetF

BetR

رفرنس 6

bp 598

5'-ACCGACCACAAGGGGG-3'

5'-GGTTGTAAACCTCTTTCGA-3'

NG1

NG2

 

 

تهیه Master Mix و انجام PCR

جهت انجام PCR، از مسترمیکس آماده جهت جلوگیری از ایجاد آلودگی و سرعت کار استفاده گردید. حجم کلی مسترمیکس در هر آزمایش با یک حجم اضافی محاسبه گردید. سپس به میکروتیوب­های استریل که از قبل به تعداد نمونه­ها و کنترل مثبت و منفی نام­گذاری شده بود، ۲۰ میکرولیتر Master Mix و ۵ میکرولیتر DNA اضافه گردید. پس از اطمینان از بسته بودن درب میکروتیوپ­ها، در دستگاه ترموسایکلر جهت تکثیر ژن­های موردنظر از DNA های استخراج شده براساس برنامه اجرایی، بـا اسـتفاده از دستگاه ترموسایکلر (Techne) با شـرایط حـرارت 95 درجه سانتی­گراد 3 دقیقه (واسرشت سـاز ابتـدایی)، 95 درجه سانتی­گراد 20 ثانیه (واسرشت سـازی )، 58 درجه سانتی­گراد 40 ثانیه (اتصال پرایمر) 72 درجه سانتی­گراد 90 ثانیه (گسترش پرایمر) و 72 درجه سانتی­گراد 5 دقیقه گسـترش نهـایی انجام گردید. درنهایت 1۰ میکرولیتر از محصول  PCR برروی ژل آگارز 5/1 درصد واجد Safe stain منتقل گردید و پس از الکتروفـورزتوسـط دسـتگاه تـرانس لومیناتور مورد بررسی قرار گرفت. از DNA سویه N. Brasiliensis PTCC1422 به­عنوان کنترل مثبت و از آب مقطر استریل به­عنوان کنترل منفی استفاده گردید.

برنامه اجرایی دستگاه ترموسایکلر برای ژن NG1,2 و BetFR به­روش PCR Duplex

انجام PCR طبق مراحل ذکر شده انجام گرفت. پس از اطمینان از بسته بودن درب میکروتیوپ­ها، در دستگاه ترموسایکلر جهت تکثیر ژن­های موردنظر از DNA های استخراج شده براساس برنامه اجرایی، بـا اسـتفاده از دستگاه ترموسایکلر (Techne) با شـرایط حـرارت 94 درجه سانتی­گراد 5 دقیقه (واسرشت سـاز ابتـدایی)، 94 درجه سانتی­گراد 30 ثانیه (واسرشت سـازی)، 60 درجه سانتی­گراد 45 ثانیه (اتصال پرایمر) 72 درجه سانتی­گراد 90 ثانیه ( گسترش پرایمر) و 72 درجه سانتی­گراد 5 دقیقه گسـترش نهـایی انجام گردید. درنهایت 1۰ میکرولیتر از محصول  PCR برروی ژل آگارز 5/1 درصد واجد Safe stain منتقل گردید.

تعیین توالی

بـه­منظـور شناسـایی گونـه­هـای نوکاردیـا، محصولات PCR  حاوی قطعه ژن به­طول 598 جفت بـازی و 1500 بازی را پس از تخلیص از روی ژل، جهت تعیین توالی به شرکت تکاپوزیست ارسال نموده و نتایج تعیـین تـوالی به­وسـیله نـرم­افزار Mega5 آنالیز گردید

یافته­ها

در این مطالعه اپیدمیولوژیک توصیفی، 278 نمونه شامل 178 نمونه شست­وشوی برونش و 100 نمونه خلط اخذ شده از بیماران مشکوک به نوکاردیوزیس که به­دستور پزشک متخصص براساس علائم بالینی مشخص شده بودند در بازه زمانی سال­های ۱۳۹۹-۱۳۹8مورد بررسی قرار گرفتند. تمامی بیمارانی که مشکوک به نوکاردیوزیس بودند از نظر متغیرهایی مانند سن، جنس، ملیت و بیماری زمینه­ای مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. در مجموع 278 مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج تعیین توالی حاصل از محصولات  PCR بـا پرایمر اختصاصی جنس و گونه نوکاردیا و نـشان داد که 27 مورد از نمونه­ها از نظر گونه­های نوکاردیا مثبت بود 261 مورد (93%( منفی گزارش شدند. از 7 نمونه شست­و شوی برونش ، 6 مورد متعلـق­بـه گونـهN . Nova  و 1 مورد متعلق­به گونه farcinica..N  است. 20 نمونه مربوط­به خلط و 8 مورد متعلق­به N. cyriacigeorgica، 4 نمونه مربوط­به farcinica..N، 3 نمونه مربوط­به  N. asteroides و5 نمونه مربوط­به  N. nova بود. از 2۷ مورد دارای نوکاردیوزیس،2۴  (92%( بیمار ملیت ایرانی و ۳ (8/2%( بیمار ملیت عراقی داشتند. تمام ۱۷ مورد دارای سل خارج مثبت ساکن شهر بودند و بیمار ساکن روستا در مطالعه یافت نشد. آمارهای توصیفی سن در بیماران مبتلا به نوکاردیوزیس در جدول 2 نشان داده شده است. از نظر محل سکونت، ۱5 (55%) بیمار ساکن شهر اهواز و ۳ (11%) بیمار به­ترتیب ساکن شهرهای دزفول و امیدیه،2 نفر ساکن لالی، 2 نفر ساکن مسجدسلیمان و2 نفر ساکن آبادان بودند.

 

 

 

جدول2- توزیع فراوانی نوکاردیازیس برحسب گروه­های سنی مختلف در بیماران مبتلا به نوکاردیازیس

گروه سنی

نوکاردیازیس ریوی

منفی

(%) تعداد

مثبت

(%) تعداد

11 سال >

  4) 1%(

    0) 0%(

11-20 سال

   2) 0%(

    0) 0%(

21-30 سال

27) 10%(

1) 1%(

31-40 سال

59)23%(

14)51%(

41-50 سال

81)32%)

  1) 1%(

51-60 سال

49)19%(

  3) 1%(

61-70 سال

17)6%)

  5)18%(

71-80 سال

8  )3%(

  2) 2%(

80 سال <

  4) 1%(

  1) 1%(

جمع

251)90%(

  27) 1%(

 

 

 

همان­طور که مشاهده می­شود بیش­ترین گروه سنی متعلق­به 40-31 سال بوده است. از نظر بیماری بیماری زمینه­ای در این مطالعه 89% از بیماران دارای بیماری زمینه­ای بودند در واقع از مجموع 27۸ بیمار مشکوک به نوکاردیوزس، 251 بیمار دارای بیماری زمینه­ای هستندکه آمار بسیار بالایی است .در مورد نوکاردیوزس بیش­ترین موارد بیماری زمینه­ای مربوط به عفونت ریه و عود سل و عفونت فعال توبرکلوزیس بود. در این مطالعه 4 نفر هم­زمان به هر دو عفونت سل و نوکاردیازیس داشتند (جدول3). هم­چنین در جدول 4 نوع نمونه براساس جنسیت را در 27 بیمار نشان می­دهد.

بحث

بررسی شیوع گونه­های نوکاردیا در نمونه­های بالینی، به­دلیل شناسایی و درمان سخت این باکتری بسیار اهمیت دارد. در بسیاری از مطالعه­های انجام گرفته در ایران شناسایی باکتری به­درستی انجام نشده است و هنوز از این بیماری شیوع مناسب و دقیقی گزارش نشده است. در این مطالعه گونه N. nova (27/11) بیش­تر از دیگر گونه­های دیگر یافت شده و به­دنبال آن

 

 

جدول3- بیماری­های زمینه­ای، گونه نوکاریا و نوع نمونه در بیماران مبتلا به نوکاردیوزیس

بیماری زمینه­ای

بیماری نوکاردیازیس منفی

بیماری نوکاردیازیس مثبت

گونه نوکاردیا

نوع نمونه

عود سل ریوی

135

1

farcinica.N

برونش

سل ریوی

55

15

N. Nova

برونش

سل خارج ریوی

20

4

N. Nova

برونش

سرطان ریه

20

4

N. Nova

برونش

آسم و آلرژی

46

3

N. cyriacigeorgica

خلط

پنومونی یا ذات­الریه

19

-

farcinica.N

خلط

سیگاری

56

-

N. asteroides

خلط

مجموع

251

27

N. Nova

خلط

 

جدول 4- بررسی نوع نمونه براساس جنسیت در بیماران مبتلا به نوکاردیازیس

نوکاردیازیس

تعداد زن

تعداد مرد

جمع

برونش

9

7

16

خلط

6

5

11

جمع

7

11

27

 

 

 

 (27/6) N. cyriacigeorgica و (27/3) N. asteroides و (27/1) farcinica. N به­ترتیب فراوانی قرار گرفتند. Famili و همکاران در ایران نیز در مطالعه­ای مشابه نشان دادند N. cyriacigeorgica  بیش­تر از بقیه ایزوله­ها جدا شده بود (6) در دیگر مطالعه­های انجام گرفته در ایران نیز N. asteroides و N. cyriacigeorgica بیش­تر گزارش شده­اند (13.14). برخلاف نتایج ما در مطالعه Wauters و همکاران در سال 2005 بیش­تر ایزوله­های جداشده از بیماران farcinica. N (44%) و بود و N. nova در رده بعدی قرار داشت. یکی از دلایل این تفاوت در شیوع گزارش شده، تفاوت منطقه جغرافیایی و حجم نمونه می­تواند باشد (15). البته گونه­های نوکاردیا گزارش شده در مطالعه ما جز گونه­های شایع در دیگر مناطق جهان است (18-16). در مطالعه ما 4 بیمار هم­زمان به هر دو عفونت سل و نوکاردیازیس بستری بودند و این مسئله میزان مرگ و میر بیماران را افزایش می­دهد و پاسخ بیمار را نسبت­به دارو های درمانی کاهش می­دهد. نوکاردیوزیس در کشورهای در حال توسعه مانند ایران که بیماری­هایی مانند سل به­صورت اندمیک بوده به­دلیل شباهت بالینی یا تشخیص داده نمی­شوند و یا از آن­ها چشم­پوشی می­شود. ویژگی­های رادیولوژیکی بین نوکاردیوز ریوی و سل ریوی از یک طرف و از طرف دیگر به­دلیل توانایی­های ضعیف تشخیصی این بیماری در ایران یک تهدید بزرگ برای بهداشت عمومی است (19). در مطالعه Ekrami و همکاران در سال 2015 در ایران، استان خوزستان، به بررسی نوکاردیازیس در افراد مشکوک به سل در شهر اهواز پرداختند که در این مطالعه از دو روش کشت و هم PCR به­صورت هم­زمان برای شناسایی نوکاردیا استفاده کردند. از 157، نمونه­های مثبت با رنگ­آمیزی اسید فست، کشت و PCR برای ما به­ترتیب برای 6٪ ، 10٪ و 7٪ نمونه گزارش شد، در حالی­که فقط دو نمونه برای گونه­های نوکاردیا نتایج مثبت داشتند. یکی از تفاوت­های مهم این مقاله عدم استفاده از تعیین توالی که دو ایزوله در حد شناسایی نوع باکتری باقی ماندند.هم­چنین مطالعه دیگر نیز بر عفونت هم­زمان سل با نوکاریا و در مواردی دیگر HIV با نوکاریا اشاره داشتند که در مطالعه ما HIV یافت نشد (21،20). در اواخر سال 1990 Wallace  و همکاران، Steingrube و همکاران برای اولین بار استفاده از روش­های مولکولی برای شناسایی جنس و گونه نوکاردیا پیشنهاد دادند. آن­ها اذعان داشتند روش­های فنوتیپی همانند کشت به­دلیل نیاز به انکوباسیون طولانی و کند رشد بودن باکتری، امکان آلودگی محیط کشت را با باکتری یا قارچ­های ساپروفیت بسیار زیاد می­کند (23،22). روش­های مولکولی برای تشخیص سریع گونه­های نوکاردیایی از نمونه بالینی کاربردی است. تشخیص باکتری نوکاردیا در سطح گونه به­منظور مطالعات اپیدمیولوژیک و تعیین توزیع جغرافیایی این باکتری اهمیت داشته و کم بودن مطالعه­ها در این زمینه بر لزوم تشخیص سریع نوکاردیای جدا شده از نظر بالینی تأکید دارد. هم­چنین روش­های مولکولی PCR  مبنتی تعیین توالی با اختصاصیت و حساسیت هرچه بیش­تر نسبت­به روش­های کشت و میکروسکوپی امکان بررسی تمام گونه­های شناخته شده نوکاردیا را فراهم می­کند و قادرنـد جـنس نوکاردیـا را از جـنس­هـای مایکوبـاکتریوم، کورینـه بـاکتریوم و رودوکوکوس افتراق دهند و باعث تشخیص سریع نوکـاردیوزیس قبل از پیشرفت بیماری شوند و جلوی عوارض غیرقابل برگـشت و در نهایـت مـرگ و میـر را بگیرنـد. همگام با مطالعه ما Alfaresi و همکاران در سال 2006 با استفاده از روش RealTime-PCR این روش را نیز برای شناسایی گونه­های نوکاردیا مناسب دیدند و حساسیت و اختصاصیات این روش را به­ترتیب 100% و 90% گزارش کردند ( 24). Fatahi Bafghi و همکاران در سال 2016 در ایران، تهران در مطالعه­ای به شناسایی گونه­ای نوکاردیا از نمونه­های مختلف بالینی به­روش­های مختلف مولکولی پرداختند. برای شناسایی دقیق در سطح گونه از روش  (RFLP)Restriction fragment length polymorphism با استفاده ازژن hsp65  و توالی کامل ژن 16S rRNAاستفاده کردند. بیست و هفت ایزوله نوکاردیا در نتایج آزمون­های فنوتیپی N.asteroides complex , N. otitidiscaviarum N. nova,  و Nocardia spp را نشان می­دادند. توالی ژن  16S rRNA نوکاردیا N.cyriacigeorgica ، N. otitidiscaviarum ، N. cardiafarcinica ، N. transvalensis و N. nova آنها نشان دادند و هم­چنین آن­ها نشان دادند که در روش RFLP برخی از گونه­ها ممکن است تشابه داشته باشند و تعیین توالی ژن کامل 16S rRNA برای تأیید لازم است (25).

نتیجه­گیری

مطالعه حاضر نشان از توانای بالای روش مولکولی در تشخیص دقیق جنس و گونه نوکاردیا دارد و لزوم مطالعه بیش­تر این بیماری در مطالعه­های آینده بیش از پیش احساس می­شود. هم­چنین بررسی مقاومت آنتی­بیوتیکی نیز می­تواند در اهداف ویژه سایر مطالعه­ها باشد. نوکاردیوزیس نباید به­عنوان یک بیماری غیرمعمول تلقی شود و در مطالعه ما نشان داده شد که شاخص بالایی از نظر شیوع بالینی به­خصوص در بیماران نقص ایمنی و بیماران ریوی و مبتلا به سل دارد. برای مطالعه بهتر ویژگی­های بالینی، بیماری­زایی، تشخیص و روش­های درمانی، مطالعه­های آینده نگر بیش­تری از ایران لازم است. در حالی­که با تأکید بر تکنیک­های مولکولی مبتنی­بر توالی بر تشخیص باکتری تا سطح جنس نسبت­به شناسایی دقیق و تست­های حساسیت آنتی­بیوتیکی به­کار گرفته شود.

سپاسگزاری

از کمیته تحقیقات دانشجویی دانشکده پزشکی دانشگاه علوم پزشکی اهواز بـه­خـاطر ایجـاد زمینـه اجـرای ایـن تحقیـق در آزمایشگاه آن مرکز تشکر و قدردانی می­گردد.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

منابع

1- Barka EA, Vatsa P, Sanchez L, Gaveau-Vaillant N, Jacquard C, Klenk HP, Clément C, Ouhdouch Y, van Wezel GP. Taxonomy, physiology, and natural products of Actinobacteria. Microbiology and Molecular Biology Reviews. 2016;80(1):1-43.

2- Duggal SD, Chugh TD. Nocardiosis: a neglected disease. Medical Principles and Practice. 2020;29(6):514-23.

3- Kothavade RJ, Dhurat RS, Mishra SN, Kothavade UR. Clinical and laboratory aspects of the diagnosis and management of cutaneous and subcutaneous infections caused by rapidly growing mycobacteria. European journal of clinical microbiology & infectious diseases. 2013;32(2):161-88.

4- Beaman BL, Beaman L. Nocardia species: host-parasite relationships. Clinical microbiology reviews. 1994;7(2):213-64.

5- Luo N, Tan S, Li X, Liu S, Singh S, Chen M, Yang W, He Y, Chen C, Liang M. Pulmonary nocardiosis in a patient with pemphigus foliaceus: case report and literature review. BMC infectious diseases. 2021;21(1):1-6.

6- Famili A, Kachuei R, Mirnejad R, Mozafari N, Mirhaj Mohammad Abadi H. The identification of Nocardiosis agents in BAL samples of Patients with suspected tuberculosis admitted to hospitals in Tehran by PCR method. yafte. 2015; 16 (4) :79-87.

7- Sethy H, Meher B, Pradhan S, Patro M. Pleuroplumonary Nocardiosis in an Immunocompetent Host. Scholars Journal of Applied Medical Sciences. 2016;2(4):79-83.

8- Lederman ER, Crum NF. A case series and focused review of nocardiosis: clinical and microbiologic aspects. Medicine. 2004;83(5):300-13.

9- da Silva AJ, Pieniazek NJ. Latest advances and trends in PCR-based diagnostic methods. InTextbook-atlas of intestinal infections in AIDS 2003 (pp. 397-412). Springer, Milano.

10- Rao X, Lai D, Huang X. A new method for quantitative real-time polymerase chain reaction data analysis. Journal of Computational Biology. 2013;20(9):703-11.

11- Laurent FJ, Provost F, Boiron P. Rapid identification of clinically relevantnocardia species to genus level by 16S rRNA gene PCR. Journal of clinical microbiology. 1999 1;37(1):99-102.

12. Amin M, Ardaneh M, Hashemzadeh M, Dezfuli AA, JafarZadeh E. In vitro antibacterial effect of deconex and sodium hypochlorite against bacterial taxa isolated from dental units. Infection and drug resistance. 2019; 12:805.

13- Bolourchi N, Ebrahimi E, Falah J, Javadi A, Eshraghi SS. Detection of Nocardia Asteroides Complex in Clinical Isolates by Real-Time Polymerase Chain Reaction. Journal of School of Public Health and Institute of Public Health Research. 2019;17(3):257-68.

14- Hashemi-Shahraki A, Heidarieh P, Bostanabad SZ, Hashemzadeh M, Feizabadi MM, Schraufnagel D, Mirsaeidi M. Genetic diversity and antimicrobial susceptibility of Nocardia species among patients with nocardiosis. Scientific reports. 2015;5(1):1-9.

15- Wauters G, Avesani V, Charlier J, Janssens M, Vaneechoutte M, Delmée M. Distribution of Nocardia species in clinical samples and their routine rapid identification in the laboratory. Journal of clinical microbiology. 2005;43(6):2624-8.

16- Muricy EC, Lemes RA, Bombarda S, Ferrazoli L, Chimara E. Differentiation between Nocardia spp. and Mycobacterium spp.: Critical aspects for bacteriological diagnosis. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo. 2014;56(5):397-401.

17- Schlaberg R, Huard RC, Della-Latta P. Nocardia cyriacigeorgica, an emerging pathogen in the United States. Journal of clinical microbiology. 2008;46(1):265-73.

18- Elsayed S, Kealey A, Coffin CS, Read R, Megran D, Zhang K. Nocardia cyriacigeorgica septicemia. Journal of clinical microbiology. 2006;44(1):280-2.

19- Baio PV, Ramos JN, dos Santos LS, Soriano MF, Ladeira EM, Souza MC, Camello TC, Ribeiro MG, Junior RH, Vieira VV, Mattos-Guaraldi AL. Molecular identification of Nocardia isolates from clinical samples and an overview of human nocardiosis in Brazil. PLoS Negl Trop Dis. 2013 Dec 5;7(12): e2573.

20- Ekrami A, Khosravi AD, Zadeh AR, Hashemzadeh M. Nocardia co-infection in patients with pulmonary tuberculosis. Jundishapur journal of microbiology. 2014;7(12):1-4.

21- Pintado V, GómezMampaso E, Cobo J, Quereda C, Meseguer MA, Fortún J, Navas E, Moreno S. Nocardial infection in patients infected with the human immunodeficiency virus. Clinical microbiology and infection. 2003;9(7):716-20.

22- Wallace RJ Jr, Brown BA, Blacklock Z, Ulrich R, Jost K, Brown JM, McNeil MM, Onyi G, Steingrube VA, Gibson J J Clin Microbiol. 1995; 33(6):1528-33

23- Steingrube VA, Brown BA, Gibson JL, Wilson RW, Brown J, Blacklock Z, Jost K, Locke S, Ulrich RF, Wallace RJ. DNA amplification and restriction endonuclease analysis for differentiation of 12 species and taxa of Nocardia, including recognition of four new taxa within the Nocardia asteroides complex. Journal of Clinical Microbiology. 1995;33(12):3096-101.

24- Alfaresi M, Elkosh A. Rapid identification of clinically relevant Nocardia species using real-time PCR with SYBR Green and melting-curve analysis. Journal of medical microbiology. 2006;55(12):1711-5.

25. Fatahi Bafghi M, Heidarieh P, Rasouli-Nasab M, Habibnia S, Hashemi-Shahraki A, Eshraghi SS. Comparison of restriction enzyme pattern analysis and full gene sequencing of 16S rRNA gene for Nocardia species identification, the first report of Nocardia transvalensis isolated of sputum from Iran, and review of the literature. Antonie Van Leeuwenhoek. 2016 ;109(10):1285-98.

 

نوع مطالعه: مقاله پژوهشی | موضوع مقاله: سلولی و مولکولی
دریافت: 1399/12/18 | پذیرش: 1400/1/3 | انتشار: 1400/3/31

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA

بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به مجله تازه های بیوتکنولوژی سلولی - مولکولی می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2021 CC BY-NC 4.0 | New Cellular and Molecular Biotechnology Journal

Designed & Developed by : Yektaweb