دوره 11، شماره 41 - ( 9-1399 )                   جلد 11 شماره 41 صفحات 17-28 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Investigation of Molecular Mechanisms in Inhibiting the Function of Spike, Main Protease and Papain Like Protease in Coronavirus Using Simulation and Docking. NCMBJ. 2020; 11 (41) :17-28
URL: http://ncmbjpiau.ir/article-1-1337-fa.html
بهمن‌پور سیمین، ضیاء جهرمی نوشا. بررسی مکانیسم های مهاری پروتئین های Spike، Protease اصلی و Papain like protease در کرونا ویروس با استفاده از شبیه سازی و داکینگ. مجله تازه هاي بيوتكنولوژي سلولي و مولكولي. 1399; 11 (41) :17-28

URL: http://ncmbjpiau.ir/article-1-1337-fa.html


گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران
چکیده:   (587 مشاهده)
سابقه و هدف: آسم یکی از شایع­ ترین بیماری مزمن دوران کودکی است که که باعث مراجعه مکرر آن­ها به بیمارستان و غیبت از مدرسه می­ شود. در این مطالعه به تعیین اثر درمانی افزودن پروبیوتیک به درمان استاندارد در کودکان مبتلا به آسم خفیف تا متوسط پرداخته شد.
مواد و روش­ ها: این مطالعه کارآزمایی بالینی دو سوکور بر روی120 بیمار 3 تا 8 ساله مبتلا به آسم خفیف تا متوسط مراجعه­ کننده به درمانگاه تخصصی اطفال بیمارستان حشمتیه سبزوار صورت گرفت. بیماران با روش نمونه­ گیری تصادفی ساده بر اساس بلوکی جای­گشتی در دو گروه مداخله و کنترل قرار گرفتند و قطره­ های پروبیوتیک و پلاسبو به­ مدت دو ماه در اختیار آن­ها قرار گرفت و نحوه استفاده صحیح آموزش داده شد. در انتهای ماه دوم پرسش­نامه استاندارد تست کنترل آسم (ACT) توسط پژوهش­گر تکمیل شد. داده ­های گردآوری شده با استفاده از نرم افزار SPSS19 تحلیل شد.
یافته­ ها: در بررسی پیامدها به­ دنبال افزودن پروبیوتیک­ ها به درمان استاندارد به­ مدت دو ماه در این بیماران، تغییر معنی­ دار آماری درکنترل آسم (کنترل نسبی و عدم کنترل) بین دو گروه مشاهده نشد (05/0<P).
نتیجه ­گیری: با توجه­ به نتایج این مطالعه و عدم ایجاد تأثیر معنی­ دار آماری بین دو گروه مداخله و کنترل اضافه کردن پروبیوتیک­ ها به درمان استاندارد آسم درکودکان مبتلا به آسم خفیف تا متوسط پیشنهاد نمی ­شود.
متن کامل [PDF 563 kb]   (61 دریافت)    
نوع مطالعه: مقاله تحقیقی | موضوع مقاله: سلولی و مولکولی
دریافت: 1399/10/12 | پذیرش: 1399/9/10 | انتشار: 1399/9/10

فهرست منابع
1. Li Q, Guan X, Wu P, Wang X, Zhou L, Tong Y, et al. Early transmission dynamics in Wuhan, China, of novel coronavirus–infected pneumonia. New England Journal of Medicine. 2020.
2. Tavakoli A, Vahdat K, Keshavarz M. Novel coronavirus disease 2019 (COVID-19): an emerging infectious disease in the 21st century. ISMJ. 2020;22(6):432-50.
3. Novel CPERE. The epidemiological characteristics of an outbreak of 2019 novel coronavirus diseases (COVID-19) in China. Zhonghua liu xing bing xue za zhi= Zhonghua liuxingbingxue zazhi. 2020;41(2):145.
4. Carlos WG, Dela Cruz CS, Cao B, Pasnick S, Jamil S. Novel Wuhan (2019-nCoV) Coronavirus. Am J Respir Crit Care Med. 2020:P7-P8.
5. Guan W-j, Ni Z-y, Hu Y, Liang W-h, Ou C-q, He J-x, et al. Clinical characteristics of coronavirus disease 2019 in China. New England journal of medicine. 2020;382(18):1708-20.
6. Chu DK, Pan Y, Cheng SM, Hui KP, Krishnan P, Liu Y, et al. Molecular diagnosis of a novel coronavirus (2019-nCoV) causing an outbreak of pneumonia. Clinical chemistry. 2020;66(4):549-55.
7. Loeffelholz MJ, Tang Y-W. Laboratory diagnosis of emerging human coronavirus infections–the state of the art. Emerging microbes & infections. 2020;9(1):747-56.
8. Goo J, Jeong Y, Park Y-S, Yang E, Jung D-I, Rho S, et al. Characterization of novel monoclonal antibodies against MERS-coronavirus spike protein. Virus Research. 2020;278:197863.
9. Peng X, Xu X, Li Y, Cheng L, Zhou X, Ren B. Transmission routes of 2019-nCoV and controls in dental practice. International Journal of Oral Science. 2020;12(1):1-6.
10. Coutard B, Valle C, de Lamballerie X, Canard B, Seidah N, Decroly E. The spike glycoprotein of the new coronavirus 2019-nCoV contains a furin-like cleavage site absent in CoV of the same clade. Antiviral research. 2020;176:104742.
11. McCallum M, Walls AC, Bowen JE, Corti D, Veesler D. Structure-guided covalent stabilization of coronavirus spike glycoprotein trimers in the closed conformation. Nature Structural & Molecular Biology. 2020:1-8.
12. Tian X, Li C, Huang A, Xia S, Lu S, Shi Z, et al. Potent binding of 2019 novel coronavirus spike protein by a SARS coronavirus-specific human monoclonal antibody. Emerging microbes & infections. 2020;9(1):382-5.
13. Elfiky A, Ibrahim NS. Anti-SARS and anti-HCV drugs repurposing against the Papain-like protease of the newly emerged coronavirus (2019-nCoV). 2020.
14. Harcourt BH, Jukneliene D, Kanjanahaluethai A, Bechill J, Severson KM, Smith CM, et al. Identification of severe acute respiratory syndrome coronavirus replicase products and characterization of papain-like protease activity. Journal of virology. 2004;78(24):13600-12.
15. Hilgenfeld R. From SARS to MERS: crystallographic studies on coronaviral proteases enable antiviral drug design. The FEBS journal. 2014;281(18):4085-96.
16. Zhao Q, Li S, Xue F, Zou Y, Chen C, Bartlam M, et al. Structure of the main protease from a global infectious human coronavirus, HCoV-HKU1. Journal of virology. 2008;82(17):8647-55.
17. Aanouz I, Belhassan A, El-Khatabi K, Lakhlifi T, El-Ldrissi M, Bouachrine M. Moroccan Medicinal plants as inhibitors against SARS-CoV-2 main protease: Computational investigations. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. 2020:1-9.
18. Ghosh R, Chakraborty A, Biswas A, Chowdhuri S. Evaluation of green tea polyphenols as novel corona virus (SARS CoV-2) main protease (Mpro) inhibitors–an in silico docking and molecular dynamics simulation study. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. 2020:1-13.
19. Morris G, Goodsell D, Pique M, Lindstrom W, Huey R, Forli S, et al. AutoDock 4.2 with AutoDockTools. 2009.
20. Ma C, Sacco MD, Hurst B, Townsend JA, Hu Y, Szeto T, et al. Boceprevir, GC-376, and calpain inhibitors II, XII inhibit SARS-CoV-2 viral replication by targeting the viral main protease. bioRxiv. 2020.
21. Cao L, Goreshnik I, Coventry B, Case JB, Miller L, Kozodoy L, et al. De novo design of picomolar SARS-CoV-2 miniprotein inhibitors. Science. 2020.
22. Gao X, Qin B, Chen P, Zhu K, Hou P, Wojdyla JA, et al. Crystal structure of SARS-CoV-2 papain-like protease. Acta Pharmaceutica Sinica B. 2020.
23. Kozakov D, Hall DR, Xia B, Porter KA, Padhorny D, Yueh C, et al. The ClusPro web server for protein–protein docking. Nature protocols. 2017;12(2):255.
24. Stierand K, Rarey M. PoseView--molecular interaction patterns at a glance. Journal of cheminformatics. 2010;2(1):1-.
25. Dai W, Zhang B, Jiang X-M, Su H, Li J, Zhao Y, et al. Structure-based design of antiviral drug candidates targeting the SARS-CoV-2 main protease. Science. 2020;368(6497):1331-5.
26. Rut W, Lv Z, Zmudzinski M, Patchett S, Nayak D, Snipas SJ, et al. Activity profiling and structures of inhibitor-bound SARS-CoV-2-PLpro protease provides a framework for anti-COVID-19 drug design. bioRxiv. 2020.
27. Jin Z, Du X, Xu Y, Deng Y, Liu M, Zhao Y, et al. Structure of M pro from SARS-CoV-2 and discovery of its inhibitors. Nature. 2020:1-5.
28. Ortega JT, Serrano ML, Pujol FH, Rangel HR. Unrevealing sequence and structural features of novel coronavirus using in silico approaches: The main protease as molecular target. EXCLI journal. 2020;19:400.
29. Alamri MA, ul Qamar MT, Mirza MU, Alqahtani SM, Froeyen M, Chen L-L. Discovery of human coronaviruses pan-papain-like protease inhibitors using computational approaches. Journal of Pharmaceutical Analysis. 2020.
30. Guillén J, Pérez-Berná AJ, Moreno MR, Villalaín J. Identification of the membrane-active regions of the severe acute respiratory syndrome coronavirus spike membrane glycoprotein using a 16/18-mer peptide scan: implications for the viral fusion mechanism. Journal of virology. 2005;79(3):1743-52.

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به مجله تازه های بیوتکنولوژی سلولی - مولکولی می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2021 All Rights Reserved | New Cellular and Molecular Biotechnology Journal

Designed & Developed by : Yektaweb