دوره 12، شماره 45 - ( 8-1400 )
جلد 12 شماره 45 صفحات 38-27 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Heidari S, Heidari P, Heidari B. A survey of evolutionary changes of fatty acids and storage proteins
in three Brassica species by comparative genomics method. NCMBJ 2021; 12 (45) :27-38
URL: http://ncmbjpiau.ir/article-1-1447-fa.html
URL: http://ncmbjpiau.ir/article-1-1447-fa.html
حیدری شادی، حیدری پیوند، حیدری بهارک. بررسی تغییرهای تکاملی اسیدهای چرب و پروتئینهای ذخیره‌ای در سه گونه Brassica با روش ژنومیکس مقایسه‌ای. مجله تازه هاي بيوتكنولوژي سلولي و مولكولي. 1400; 12 (45) :27-38
گروه اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران.
چکیده: (3255 مشاهده)
سابقه و هدف: Brassica napus دارای یکی از مهمترین محصولات روغنی در جهان است که به دنبال هیبریداسیون بین گونه‌ای Brassica rapa و Brassica oleracea، تحت بازسازی گسترده ژنوم قرار گرفته است. به منظور درک تغییرات کارکردی ژنوم B. napus در طی تکامل، مقایسه بیان ژن در سه گونه Brassica انجام شد.
مواد و روش‌ها: اطلاعات اولیه بذر سه کتابخانه Brassica از بانک اطلاعات دانشگاه هاروارد جمع‌آوری شد. برای پیدا کردن شباهت بین سه کتابخانه، همه توالی‌های EST با استفاده از نرم‌افزار EGassembler دسته‌بندی شدند. سپس همه کانتیگ‌ها به وسیله جستجوگر بلاست X توسط نرم افزارCLC Protein Workbench در مقابل پروتئینهای غیر تکراری بانک ژن آنالیز شدند. برای شناسایی ژنهای با بیان متفاوت در بین کتابخانه‌ها، نرم افزارIDEG6 مورد استفاده قرار گرفت. برای دسته‌بندی کاتالوگ‌های عملکردی، ابزار طبقه‌بندی MapMan استفاده شد.
یافته‌ها: مقایسه بیان ژن بین3 گونه نشان داد که 23 ژن در 5 گروه کارکردی شامل اسیدهای چرب، پروتئینهای ذخیره‌ای، اسیدهای آمینه، تنظیم رونویسی و پیام‌رسانی از نظر آماری تفاوت معنی‌دار دارند.
نتیجه گیری: در حالیکه B. rapa و B. oleracea بیشترین تعداد EST موثر در بیوسنتز اسید چرب اروسیک و اسید لینولنیک را رمزگذاری می‌کنند، ژنوم در B. napus به سمت تولید اسید اولئیک و اسید لینولئیک بیشتر تکامل یافته است که ممکن است به دنبال حذف و یا مضاعف شدگی ژنوم در طی تکامل ایجاد شده باشد. به علاوه، رونوشت های کروسیفرین 40 درصد کل رونوشت های پروتئین های ذخیره ای بذور را تشکیل داد. این مطالعه زمینه‌ساز انجام تحقیقات بیشتر در زمینه پیامدهای ژنتیکی پلی پلوئیدی طی تکامل در راستای به نژادی کلزا است.
مواد و روش‌ها: اطلاعات اولیه بذر سه کتابخانه Brassica از بانک اطلاعات دانشگاه هاروارد جمع‌آوری شد. برای پیدا کردن شباهت بین سه کتابخانه، همه توالی‌های EST با استفاده از نرم‌افزار EGassembler دسته‌بندی شدند. سپس همه کانتیگ‌ها به وسیله جستجوگر بلاست X توسط نرم افزارCLC Protein Workbench در مقابل پروتئینهای غیر تکراری بانک ژن آنالیز شدند. برای شناسایی ژنهای با بیان متفاوت در بین کتابخانه‌ها، نرم افزارIDEG6 مورد استفاده قرار گرفت. برای دسته‌بندی کاتالوگ‌های عملکردی، ابزار طبقه‌بندی MapMan استفاده شد.
یافته‌ها: مقایسه بیان ژن بین3 گونه نشان داد که 23 ژن در 5 گروه کارکردی شامل اسیدهای چرب، پروتئینهای ذخیره‌ای، اسیدهای آمینه، تنظیم رونویسی و پیام‌رسانی از نظر آماری تفاوت معنی‌دار دارند.
نتیجه گیری: در حالیکه B. rapa و B. oleracea بیشترین تعداد EST موثر در بیوسنتز اسید چرب اروسیک و اسید لینولنیک را رمزگذاری می‌کنند، ژنوم در B. napus به سمت تولید اسید اولئیک و اسید لینولئیک بیشتر تکامل یافته است که ممکن است به دنبال حذف و یا مضاعف شدگی ژنوم در طی تکامل ایجاد شده باشد. به علاوه، رونوشت های کروسیفرین 40 درصد کل رونوشت های پروتئین های ذخیره ای بذور را تشکیل داد. این مطالعه زمینه‌ساز انجام تحقیقات بیشتر در زمینه پیامدهای ژنتیکی پلی پلوئیدی طی تکامل در راستای به نژادی کلزا است.
نوع مطالعه: مقاله پژوهشی |
موضوع مقاله:
ژنتیک
دریافت: 1400/6/28 | پذیرش: 1400/8/8 | انتشار: 1400/10/1
دریافت: 1400/6/28 | پذیرش: 1400/8/8 | انتشار: 1400/10/1
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
